210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5944 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5944  aspartate racemase  100 
 
 		 489 aa  988    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5638  aspartate racemase  70.74 
 
 		 499 aa  685    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.635745  normal  0.372877 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6217  aspartate racemase  95.24 
 
 		 484 aa  907    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6736  aspartate racemase  73.58 
 
 		 497 aa  707    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.973623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3003  aspartate racemase  55.88 
 
 		 518 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.145787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5339  aspartate racemase  48.97 
 
 		 487 aa  450  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302098  normal  0.0375198 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0629  aspartate racemase  40.33 
 
 		 244 aa  189  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.578464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0308  aspartate racemase  35.19 
 
 		 234 aa  159  9e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1731  aspartate racemase  41.84 
 
 		 244 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0565132  normal  0.107189 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4295  aspartate racemase  41.35 
 
 		 250 aa  153  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.467897  normal  0.0102162 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2741  aspartate racemase  40 
 
 		 236 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4841  aspartate racemase  39.22 
 
 		 244 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4865  aspartate racemase  39.22 
 
 		 244 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.629158  normal  0.603958 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4912  aspartate racemase  39.22 
 
 		 244 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.902486  normal  0.107391 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4914  aspartate racemase  39.22 
 
 		 244 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4766  aspartate racemase  39.22 
 
 		 244 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.782175 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1511  aspartate racemase  34.32 
 
 		 230 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.071584  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1090  aspartate racemase  39.41 
 
 		 239 aa  144  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4590  aspartate racemase  36.93 
 
 		 301 aa  142  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0144088  normal  0.0378027 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0452  aspartate racemase  32.76 
 
 		 226 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000396457  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1778  aspartate racemase  37.44 
 
 		 238 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1263  aspartate racemase  35.62 
 
 		 236 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00631674  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1378  aspartate racemase  36.95 
 
 		 238 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.438637  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5991  aspartate racemase  36.29 
 
 		 233 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.256536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2731  aspartate racemase  32.76 
 
 		 252 aa  131  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0917762  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3504  aspartate racemase  37.71 
 
 		 233 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2004  aspartate racemase  32.92 
 
 		 237 aa  130  6e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.272891  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1034  aspartate racemase  31.62 
 
 		 232 aa  130  7.000000000000001e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00115826  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3987  aspartate racemase  37.29 
 
 		 233 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.767014  normal  0.191158 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3181  aspartate racemase  35.22 
 
 		 220 aa  128  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.405773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1886  aspartate racemase  39.13 
 
 		 242 aa  127  5e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1803  aspartate racemase  33.74 
 
 		 238 aa  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1405  aspartate racemase  34.45 
 
 		 238 aa  124  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1302  aspartate racemase  33.61 
 
 		 241 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00152087  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1720  aspartate racemase  34.73 
 
 		 233 aa  121  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.377946  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4701  aspartate racemase  34.31 
 
 		 233 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0254125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2418  aspartate racemase  33.74 
 
 		 254 aa  117  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.790687  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1573  aspartate racemase  30.87 
 
 		 236 aa  116  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0521541  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2531  aspartate racemase  34.65 
 
 		 240 aa  113  7.000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1048  aspartate racemase  30.51 
 
 		 233 aa  110  6e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.688459  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3404  aspartate racemase  29.34 
 
 		 238 aa  107  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.568997 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4384  aspartate racemase  30.93 
 
 		 241 aa  106  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0465  aspartate racemase  31.22 
 
 		 242 aa  105  2e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0282  aspartate racemase  31.66 
 
 		 236 aa  104  4e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.152976  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3108  aspartate racemase  32.68 
 
 		 259 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1732  aspartate racemase  26.97 
 
 		 249 aa  95.9  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000037531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1663  aspartate racemase  32.55 
 
 		 254 aa  89.7  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.977225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2001  aspartate racemase  33.48 
 
 		 251 aa  87.8  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.782779 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0071  aspartate racemase  30.89 
 
 		 253 aa  87.8  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.937931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4736  aspartate racemase  33.06 
 
 		 246 aa  85.9  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1222  aspartate racemase  24.77 
 
 		 233 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1547  aspartate racemase  31.56 
 
 		 245 aa  76.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4503  aspartate racemase  26.44 
 
 		 224 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4873  probable amino-acid racemase  26.92 
 
 		 224 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2497  aspartate racemase  25.24 
 
 		 230 aa  75.5  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.131585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4485  aspartate racemase  26.44 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2067  aspartate racemase family protein  28.37 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2007  aspartate racemase  31.88 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.273541  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2223  aspartate racemase family protein  28.37 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2251  aspartate racemase family protein  31.88 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.85155e-27 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4889  probable amino-acid racemase  26.44 
 
 		 224 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2006  aspartate racemase  31.16 
 
 		 232 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.975999  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2199  aspartate/glutamate racemase family protein  28.84 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1897  aspartate racemase  24.89 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2048  aspartate racemase  27.14 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00935047  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0212  putative aspartate racemase protein  26.92 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.314318 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4895  aspartate racemase family protein  26.44 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1262  aspartate racemase  28.9 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.399281  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1020  aspartate racemase  25.21 
 
 		 238 aa  69.7  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0557  aspartate racemase  27.2 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4865  aspartate racemase family protein  27.18 
 
 		 224 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3426  aspartate racemase  24.88 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2665  aspartate racemase family protein  21.81 
 
 		 226 aa  67  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00871532  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4650  aspartate racemase family protein  25 
 
 		 224 aa  67  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5005  aspartate racemase family protein  25 
 
 		 224 aa  67  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2501  aspartate racemase  21.81 
 
 		 227 aa  67  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00208009  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2383  aspartate racemase  21.81 
 
 		 226 aa  67  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.135854  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2656  aspartate racemase family protein  22.22 
 
 		 226 aa  67  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000254701 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2459  aspartate racemase family protein  22.22 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0713108  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2639  aspartate racemase family protein  22.22 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0528  aspartate racemase  26.4 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163141  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4003  aspartate racemase  25.23 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000429712  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2253  aspartate racemase family protein  26.81 
 
 		 232 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.159416  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2886  hypothetical protein  28.96 
 
 		 225 aa  66.6  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2205  aspartate racemase family protein  28.99 
 
 		 230 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2661  aspartate racemase family protein  22.22 
 
 		 226 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.561952  hitchhiker  0.0000201094 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0560  aspartate racemase  27.27 
 
 		 234 aa  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0477759  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0374  probable amino-acid racemase  24.04 
 
 		 224 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2335  aspartate racemase family protein  26.81 
 
 		 234 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.209175  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2706  aspartate racemase family protein  22.43 
 
 		 226 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3053  aspartate racemase  23.36 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4583  aspartate racemase  24.4 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2031  aspartate racemase  25.73 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0604958 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3120  aspartate racemase family protein  26.81 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.755099  hitchhiker  0.0000148082 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2422  aspartate racemase  22.86 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00910723  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2663  aspartate racemase family protein  21.4 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2728  hypothetical protein  26.78 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.881231  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4236  glutamate racemase  31.4 
 
 		 269 aa  61.6  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1530  aspartate racemase  27.62 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.204202 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2793  aspartate racemase  30 
 
 		 230 aa  61.6  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>