More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1487 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 588 aa  1221    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1184  cysteinyl-tRNA synthetase  69.46 
 
 		 463 aa  580  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.257527  normal  0.696826 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0713  cysteinyl-tRNA synthetase  67.9 
 
 		 466 aa  579  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1038  cysteinyl-tRNA synthetase  71.81 
 
 		 463 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1228  cysteinyl-tRNA synthetase  60.29 
 
 		 477 aa  546  1e-154  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1488  cysteinyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 		 482 aa  541  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.335509  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0965  cysteinyl-tRNA synthetase  59.64 
 
 		 506 aa  511  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910557  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3374  cysteinyl-tRNA synthetase  49.55 
 
 		 493 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.301866  normal  0.0269367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  52.48 
 
 		 463 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.680985  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2208  cysteinyl-tRNA synthetase  51.92 
 
 		 491 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2086  cysteinyl-tRNA synthetase  48.92 
 
 		 488 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.634388  normal  0.286756 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3498  cysteinyl-tRNA synthetase  53.43 
 
 		 472 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0135  cysteinyl-tRNA synthetase  60.31 
 
 		 449 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1915  cysteinyl-tRNA synthetase  57.87 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0677  cysteinyl-tRNA synthetase  55.18 
 
 		 506 aa  450  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0670  cysteinyl-tRNA synthetase  55.18 
 
 		 506 aa  450  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.438078  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0481  cysteinyl-tRNA synthetase  53.65 
 
 		 500 aa  441  9.999999999999999e-123  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2611  cysteinyl-tRNA synthetase  49.4 
 
 		 505 aa  436  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.536822  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5212  cysteinyl-tRNA synthetase  55.95 
 
 		 462 aa  434  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.253411 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1698  cysteinyl-tRNA synthetase  51.45 
 
 		 458 aa  434  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0508946  normal  0.0729596 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4745  cysteinyl-tRNA synthetase  55.24 
 
 		 462 aa  432  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4717  cysteinyl-tRNA synthetase  50.2 
 
 		 462 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1638  cysteinyl-tRNA synthetase  54.81 
 
 		 460 aa  428  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2661  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5571  cysteinyl-tRNA synthetase  53.55 
 
 		 465 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0459  cysteinyl-tRNA synthetase  54.15 
 
 		 460 aa  423  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0171748 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5285  cysteinyl-tRNA synthetase  54.63 
 
 		 462 aa  424  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.693404  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4529  cysteinyl-tRNA synthetase  46.33 
 
 		 462 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0386515 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0689  cysteinyl-tRNA synthetase  55.99 
 
 		 459 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0435653  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1153  cysteinyl-tRNA synthetase  50.22 
 
 		 457 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.102155  normal  0.0430142 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2398  cysteinyl-tRNA synthetase  45.7 
 
 		 461 aa  406  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0676  cysteinyl-tRNA synthetase  41.59 
 
 		 474 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.02633 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2722  cysteinyl-tRNA synthetase  54.29 
 
 		 499 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0308  cysteinyl-tRNA synthetase  45.55 
 
 		 459 aa  391  1e-107  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1380  cysteinyl-tRNA synthetase  59.82 
 
 		 486 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.194262  normal  0.461821 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2665  cysteinyl-tRNA synthetase  45.44 
 
 		 468 aa  386  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1404  cysteinyl-tRNA synthetase  47.31 
 
 		 449 aa  388  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2071  cysteinyl-tRNA synthetase  57.44 
 
 		 486 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.377072 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0768  cysteinyl-tRNA synthetase  45.34 
 
 		 459 aa  384  1e-105  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.202696  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1958  cysteinyl-tRNA synthetase  44.38 
 
 		 453 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46476  normal  0.773483 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1903  cysteinyl-tRNA synthetase  48.7 
 
 		 459 aa  377  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4063  cysteinyl-tRNA synthetase  60.49 
 
 		 462 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.824791  normal  0.419537 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00355  cysteinyl-tRNA synthetase  48.76 
 
 		 474 aa  373  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.229746  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0419  cysteinyl-tRNA synthetase  46.68 
 
 		 453 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0310723 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1100  cysteinyl-tRNA synthetase  42.19 
 
 		 472 aa  371  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0132034 
 
 
-
 
NC_002978  WD0149  cysteinyl-tRNA synthetase  43.65 
 
 		 457 aa  368  1e-100  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  40.86 
 
 		 485 aa  367  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  39.67 
 
 		 481 aa  360  3e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  46.27 
 
 		 459 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0415  cysteinyl-tRNA synthetase  40.88 
 
 		 490 aa  356  7.999999999999999e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.148475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 		 459 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 		 459 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 		 459 aa  354  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 		 459 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  47.52 
 
 		 461 aa  354  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  40.56 
 
 		 461 aa  354  2.9999999999999997e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  41.05 
 
 		 455 aa  352  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  41.23 
 
 		 456 aa  350  3e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  47.24 
 
 		 459 aa  349  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0281  cysteinyl-tRNA synthetase  47.61 
 
 		 467 aa  348  2e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  47 
 
 		 494 aa  347  3e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  45.39 
 
 		 459 aa  347  3e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  39.67 
 
 		 459 aa  347  3e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  45.15 
 
 		 461 aa  347  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 		 460 aa  347  4e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0311  cysteinyl-tRNA synthetase  47.61 
 
 		 467 aa  347  4e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1888  cysteinyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 		 464 aa  347  4e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298729  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  45.15 
 
 		 461 aa  346  7e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  45.15 
 
 		 461 aa  346  7e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  47.15 
 
 		 465 aa  346  8.999999999999999e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2731  cysteinyl-tRNA synthetase  48.28 
 
 		 458 aa  346  8.999999999999999e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  45.17 
 
 		 459 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  39.18 
 
 		 468 aa  345  1e-93  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00052706  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  38.06 
 
 		 493 aa  345  1e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  44.9 
 
 		 460 aa  344  2e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  39.11 
 
 		 461 aa  342  9e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01977  cysteinyl-tRNA synthetase  45.45 
 
 		 460 aa  342  1e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  37.27 
 
 		 470 aa  342  1e-92  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0251973  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  40.08 
 
 		 465 aa  341  2e-92  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1084  cysteinyl-tRNA synthetase  41.51 
 
 		 454 aa  341  2e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462524  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  46.74 
 
 		 460 aa  341  2e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  46.43 
 
 		 505 aa  340  2.9999999999999998e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  45.83 
 
 		 459 aa  339  7e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0590  cysteinyl-tRNA synthetase  46.21 
 
 		 461 aa  339  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00144184  normal  0.0627987 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0582  cysteinyl-tRNA synthetase  46.21 
 
 		 461 aa  339  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.193345 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0583  cysteinyl-tRNA synthetase  46.21 
 
 		 461 aa  339  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000237473  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0645  cysteinyl-tRNA synthetase  46.21 
 
 		 461 aa  339  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0585  cysteinyl-tRNA synthetase  46.21 
 
 		 461 aa  339  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307581  normal  0.380825 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 		 493 aa  339  9e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  40.58 
 
 		 487 aa  339  9.999999999999999e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  38.18 
 
 		 461 aa  338  1.9999999999999998e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  38.18 
 
 		 461 aa  338  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  45.5 
 
 		 459 aa  338  1.9999999999999998e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3653  cysteinyl-tRNA synthetase  44.33 
 
 		 465 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  38.76 
 
 		 488 aa  338  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0846  cysteinyl-tRNA synthetase  38.49 
 
 		 466 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000447814  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  45.57 
 
 		 459 aa  338  1.9999999999999998e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  46.97 
 
 		 480 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  38.93 
 
 		 459 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  46.41 
 
 		 485 aa  337  5e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37953  predicted protein  45.94 
 
 		 497 aa  336  5.999999999999999e-91  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.150647  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>