42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3655 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2606  radical SAM domain-containing protein  51.63 
 
 		 711 aa  650    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.990376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1803  radical SAM family protein  52.41 
 
 		 714 aa  642    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3655  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 711 aa  1432    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0270  Radical SAM domain protein  24.79 
 
 		 929 aa  81.3  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.669686  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  26.21 
 
 		 598 aa  65.1  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  24.57 
 
 		 553 aa  62.4  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 		 473 aa  60.1  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  26.1 
 
 		 581 aa  58.9  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 		 533 aa  57.4  0.0000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  24.3 
 
 		 451 aa  56.6  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  23.1 
 
 		 426 aa  56.2  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  28.43 
 
 		 437 aa  55.1  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  26.48 
 
 		 458 aa  54.3  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  21.88 
 
 		 545 aa  52.8  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  19.23 
 
 		 562 aa  52.4  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  27.65 
 
 		 471 aa  52.4  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 		 497 aa  52  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.62 
 
 		 554 aa  50.8  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  27.3 
 
 		 563 aa  50.4  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.26 
 
 		 459 aa  49.7  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  22.75 
 
 		 484 aa  49.7  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 		 552 aa  49.3  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 		 429 aa  49.7  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  25.56 
 
 		 577 aa  49.3  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.84 
 
 		 508 aa  48.5  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  27.61 
 
 		 472 aa  48.5  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  21.48 
 
 		 425 aa  47.8  0.0008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.97 
 
 		 518 aa  47.4  0.0009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  24.3 
 
 		 452 aa  47  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  20.43 
 
 		 559 aa  46.6  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  20.93 
 
 		 559 aa  46.2  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  25.24 
 
 		 525 aa  46.6  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 		 622 aa  46.6  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  25.77 
 
 		 521 aa  45.8  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 556 aa  45.8  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  22.62 
 
 		 590 aa  45.8  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  24.1 
 
 		 462 aa  45.4  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  21.81 
 
 		 470 aa  45.1  0.005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2494  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  28.93 
 
 		 463 aa  44.3  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.212042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  24.36 
 
 		 488 aa  44.3  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3991  Radical SAM domain protein  26.5 
 
 		 572 aa  44.3  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  29.28 
 
 		 472 aa  44.3  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>