50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_1563 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_1563  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  100 
 
 
360 aa  721  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  unclonable  1.58964e-05 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1794  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  44.13 
 
 
358 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.626049  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1521  opine dehydrogenase  42.7 
 
 
358 aa  268  9e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0420  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  42.45 
 
 
359 aa  251  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3845  opine dehydrogenase  39.83 
 
 
359 aa  238  8e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.853646 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4452  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  36.28 
 
 
359 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  5.76677e-06 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0083  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.28 
 
 
359 aa  139  8e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09740  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.78 
 
 
400 aa  133  4e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2460  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.89 
 
 
368 aa  126  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0110066  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2335  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.35 
 
 
368 aa  123  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.713679 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0984  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.79 
 
 
361 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.364733  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0075  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.73 
 
 
364 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2108  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.3 
 
 
366 aa  114  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4737  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.68 
 
 
368 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0764325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3626  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.68 
 
 
368 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.194438  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0336  hypothetical protein  28.07 
 
 
368 aa  102  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0082  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.21 
 
 
361 aa  100  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3894  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.42 
 
 
368 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.256011  normal  0.325755 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5362  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.89 
 
 
368 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.538034 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6050  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  31.45 
 
 
362 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3532  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.17 
 
 
368 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.343045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2679  putative opine dehydrogenase  27.91 
 
 
364 aa  97.4  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411102  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2489  NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase-like  28.11 
 
 
421 aa  96.7  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918419  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2325  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.22 
 
 
360 aa  96.7  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2368  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.22 
 
 
360 aa  96.7  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.907021  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1882  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  22.95 
 
 
356 aa  95.9  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2392  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  26.22 
 
 
365 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.057254  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0671  hypothetical protein  25.77 
 
 
392 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0736  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.14 
 
 
360 aa  85.9  1e-15  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.879185  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2393  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  33.43 
 
 
359 aa  84.3  3e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.827107  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5067  opine dehydrogenase  26.53 
 
 
368 aa  82  2e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976673  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8271  D-vitopine dehydrogenase  24.58 
 
 
360 aa  75.9  1e-12  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655661  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0881  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.13 
 
 
363 aa  75.5  1e-12  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  4.57888e-08  hitchhiker  3.18565e-09 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0569  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.51 
 
 
360 aa  74.3  3e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1485  Opine dehydrogenase  24.22 
 
 
357 aa  71.6  2e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8195  D-nopaline dehydrogenase  23.58 
 
 
378 aa  60.1  6e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3902  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.81 
 
 
385 aa  54.3  3e-06  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1678  Opine dehydrogenase  26.35 
 
 
370 aa  53.9  4e-06  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23221  normal  0.906291 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1096  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.33 
 
 
444 aa  53.9  4e-06  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.268162 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1286  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.33 
 
 
372 aa  53.5  5e-06  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1981  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  25.38 
 
 
330 aa  52  2e-05  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0973  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.98 
 
 
329 aa  49.3  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653227  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0931  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  29.36 
 
 
462 aa  46.2  0.0009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191339  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1477  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  29.29 
 
 
353 aa  45.8  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0371  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  28.45 
 
 
338 aa  45.8  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2467  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.31 
 
 
340 aa  43.5  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.226319  normal  0.866598 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48106  predicted protein  32.86 
 
 
419 aa  43.1  0.007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1952  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)+)  31.11 
 
 
344 aa  43.1  0.007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  2.41777e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4387  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  30.34 
 
 
334 aa  42.7  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1628  Glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  24.38 
 
 
348 aa  42.7  0.01  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000905349 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>