52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2679 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2679  putative opine dehydrogenase  100 
 
 		 364 aa  729    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411102  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3626  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  57.3 
 
 		 368 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.194438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4737  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  57.3 
 
 		 368 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0764325  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3894  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  57.03 
 
 		 368 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.256011  normal  0.325755 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2489  NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase-like  56.91 
 
 		 421 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3532  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  56.76 
 
 		 368 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.343045 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5362  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  57.3 
 
 		 368 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.538034 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0736  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  54.67 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.879185  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5067  opine dehydrogenase  57.03 
 
 		 368 aa  378  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976673  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0336  hypothetical protein  54.32 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1485  Opine dehydrogenase  55.96 
 
 		 357 aa  349  5e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09740  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  30.05 
 
 		 400 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2392  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.76 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.057254  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0075  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  30.77 
 
 		 364 aa  146  6e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0083  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29 
 
 		 359 aa  145  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0984  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.73 
 
 		 361 aa  139  6e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.364733  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6050  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  31.71 
 
 		 362 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2460  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.3 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0110066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2335  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.72 
 
 		 368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.713679 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2108  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.58 
 
 		 366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0082  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.26 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1794  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.34 
 
 		 358 aa  103  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.626049  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2368  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  26.29 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.907021  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2325  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  26.29 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1882  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  25.34 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0420  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.25 
 
 		 359 aa  95.9  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1521  opine dehydrogenase  27.45 
 
 		 358 aa  94  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1563  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.91 
 
 		 360 aa  89.4  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000158964 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0671  hypothetical protein  25.84 
 
 		 392 aa  88.6  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8271  D-vitopine dehydrogenase  27.27 
 
 		 360 aa  86.7  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655661  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2393  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.77 
 
 		 359 aa  75.5  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.827107  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1678  Opine dehydrogenase  28.62 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23221  normal  0.906291 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0881  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  20.44 
 
 		 363 aa  72.8  0.000000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457888  hitchhiker  0.00000000318565 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0569  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.85 
 
 		 360 aa  62.4  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3845  opine dehydrogenase  23.47 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.853646 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4452  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  22.9 
 
 		 359 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576677 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0226  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  38.46 
 
 		 330 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.631957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0598  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.51 
 
 		 336 aa  47.8  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.702044  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1477  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  32.38 
 
 		 353 aa  46.2  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3830  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  34.69 
 
 		 379 aa  46.2  0.0009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03969  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  38.78 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0564  glycerol-3-phosphate dehydrogenase  28.95 
 
 		 340 aa  45.8  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.525167  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0371  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.37 
 
 		 338 aa  45.4  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0136  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  37.76 
 
 		 341 aa  45.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.347598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2098  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  29.7 
 
 		 358 aa  45.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000129117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1221  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.98 
 
 		 346 aa  44.3  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.344134  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1320  NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase-like  36.63 
 
 		 335 aa  44.3  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.385304 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1981  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  30.43 
 
 		 330 aa  43.9  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1129  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.01 
 
 		 346 aa  43.9  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000800663  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0008  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.43 
 
 		 335 aa  43.5  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1214  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  36.79 
 
 		 332 aa  43.9  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2213  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)+)  34.74 
 
 		 341 aa  43.1  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>