40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3845 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3845  opine dehydrogenase  100 
 
 		 359 aa  720    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.853646 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1521  opine dehydrogenase  59.27 
 
 		 358 aa  418  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1794  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  46.22 
 
 		 358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.626049  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0420  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  39 
 
 		 359 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1563  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  40.18 
 
 		 360 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000158964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4452  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  37.24 
 
 		 359 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576677 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0083  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.53 
 
 		 359 aa  116  5e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09740  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.41 
 
 		 400 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0984  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.55 
 
 		 361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.364733  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2460  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.41 
 
 		 368 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0110066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2108  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.66 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0075  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.42 
 
 		 364 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2335  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  26.79 
 
 		 368 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.713679 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2392  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.69 
 
 		 365 aa  95.5  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.057254  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2489  NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase-like  29.27 
 
 		 421 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2325  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.28 
 
 		 360 aa  84.3  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2368  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.28 
 
 		 360 aa  84.3  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.907021  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3894  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.79 
 
 		 368 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.256011  normal  0.325755 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1882  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  22.04 
 
 		 356 aa  81.6  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3626  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.53 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.194438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4737  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.53 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0764325  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5362  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.31 
 
 		 368 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.538034 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0082  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.93 
 
 		 361 aa  79.7  0.00000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5067  opine dehydrogenase  29.01 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976673  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3532  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.09 
 
 		 368 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.343045 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0881  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  23.69 
 
 		 363 aa  77.4  0.0000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457888  hitchhiker  0.00000000318565 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6050  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  31.91 
 
 		 362 aa  75.1  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0569  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.16 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0336  hypothetical protein  25.84 
 
 		 368 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0736  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.53 
 
 		 360 aa  62.8  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.879185  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2679  putative opine dehydrogenase  23.47 
 
 		 364 aa  60.5  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411102  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1485  Opine dehydrogenase  25.59 
 
 		 357 aa  57.8  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2393  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.93 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.827107  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0671  hypothetical protein  23.14 
 
 		 392 aa  50.1  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0076  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  31.06 
 
 		 286 aa  49.7  0.00009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1678  Opine dehydrogenase  29.77 
 
 		 370 aa  48.5  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23221  normal  0.906291 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8195  D-nopaline dehydrogenase  22.65 
 
 		 378 aa  46.6  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3902  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  30.21 
 
 		 385 aa  44.3  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8271  D-vitopine dehydrogenase  23.68 
 
 		 360 aa  44.3  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655661  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1952  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)+)  32.94 
 
 		 344 aa  43.1  0.007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000241777  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>