50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6050 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6050  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  100 
 
 		 362 aa  717    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2393  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  58.38 
 
 		 359 aa  362  8e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.827107  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2108  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  30.85 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09740  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  31.55 
 
 		 400 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0075  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.36 
 
 		 364 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0984  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.52 
 
 		 361 aa  161  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.364733  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2335  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  34.41 
 
 		 368 aa  160  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.713679 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0083  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.14 
 
 		 359 aa  159  1e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2460  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  33.87 
 
 		 368 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0110066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2392  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  30.22 
 
 		 365 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.057254  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2679  putative opine dehydrogenase  31.71 
 
 		 364 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411102  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0736  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  31.27 
 
 		 360 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.879185  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3532  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  32.02 
 
 		 368 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.343045 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2489  NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase-like  32.8 
 
 		 421 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5362  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  31.83 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.538034 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3626  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  32.8 
 
 		 368 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.194438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4737  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  32.8 
 
 		 368 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0764325  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3894  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  32.53 
 
 		 368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.256011  normal  0.325755 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0569  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  32.4 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0082  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.14 
 
 		 361 aa  122  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0336  hypothetical protein  31.48 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1485  Opine dehydrogenase  32.25 
 
 		 357 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5067  opine dehydrogenase  30.59 
 
 		 368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976673  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1678  Opine dehydrogenase  29.83 
 
 		 370 aa  112  8.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23221  normal  0.906291 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0881  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.79 
 
 		 363 aa  110  3e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457888  hitchhiker  0.00000000318565 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0420  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  32.38 
 
 		 359 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1563  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  32.09 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000158964 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1794  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  30.71 
 
 		 358 aa  104  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.626049  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1882  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  22.97 
 
 		 356 aa  100  6e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2325  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.76 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2368  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.76 
 
 		 360 aa  94.4  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.907021  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4452  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  28.16 
 
 		 359 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576677 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0671  hypothetical protein  25.58 
 
 		 392 aa  90.9  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3845  opine dehydrogenase  31.62 
 
 		 359 aa  83.2  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.853646 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1521  opine dehydrogenase  29.11 
 
 		 358 aa  79.7  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8271  D-vitopine dehydrogenase  24.37 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655661  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1981  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  25.98 
 
 		 330 aa  50.1  0.00006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0030  dehydrogenase  50 
 
 		 603 aa  49.7  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.698391  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3862  dehydrogenase  50 
 
 		 289 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.331286  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36270  putative dehydrogenase  54.35 
 
 		 291 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0172654 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0371  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.52 
 
 		 338 aa  47.4  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8195  D-nopaline dehydrogenase  29.82 
 
 		 378 aa  47.4  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1339  Glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  37.74 
 
 		 333 aa  47.4  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.191532  normal  0.587793 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3801  dehydrogenase  48 
 
 		 289 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0174622  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3122  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase, putative  48 
 
 		 289 aa  47  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.020697  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3270  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.26 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2598  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  51.16 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0803857 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2877  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  51.16 
 
 		 289 aa  45.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000544563  hitchhiker  0.000000000000145798 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1790  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  25.96 
 
 		 323 aa  44.7  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1161  Glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30 
 
 		 346 aa  43.5  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>