265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0053 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 71 bp  81.8  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0406  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00766095  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0089  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.548412  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0008  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.297445  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0048  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0072  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0211705  normal  0.918041 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0034  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.849322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0023  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00977111  normal  0.654981 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2627  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2629  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1865  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2218  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2225  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000670564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2228  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000002233  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2313  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0040  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.697667  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0264  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000581931  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0021  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000145093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0043  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.11456  normal  0.782815 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0051  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1215  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09840  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0598581  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0024  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.2412  normal  0.247573 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0058  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0039  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0019  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0013  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179187  normal  0.143307 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>