109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4673 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4673  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 
95 aa  197  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0203068  normal  0.740164 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0767  excinuclease ABC subunit C  57.95 
 
 
102 aa  111  4e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.464931  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4684  excinuclease ABC subunit C  56.52 
 
 
99 aa  110  8e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  50.53 
 
 
95 aa  104  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0706  excinuclease ABC subunit C  51.58 
 
 
101 aa  102  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.200173  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3151  excinuclease ABC subunit C  52.22 
 
 
96 aa  101  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0891506  normal  0.0226516 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0003  excinuclease ABC subunit C  50.55 
 
 
95 aa  99.8  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164369  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0916  excinuclease ABC subunit C  51.06 
 
 
95 aa  99  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0957  excinuclease ABC subunit C  53.26 
 
 
118 aa  99  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00735212  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3672  excinuclease ABC subunit C  53.26 
 
 
118 aa  98.6  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.246174  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2807  excinuclease ABC subunit C  53.26 
 
 
118 aa  98.6  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171123  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1975  excinuclease ABC subunit C  51.16 
 
 
118 aa  97.8  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4335  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50.54 
 
 
95 aa  98.2  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0231895  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0883  excinuclease ABC subunit C  51.72 
 
 
114 aa  97.8  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227593  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1144  hypothetical protein  50 
 
 
97 aa  96.7  9e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1409  excinuclease ABC subunit C  48.35 
 
 
95 aa  96.7  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1362  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
107 aa  94.7  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.679973  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0893  excinuclease ABC subunit C  52.22 
 
 
99 aa  94.4  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0841998  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1328  excinuclease ABC subunit C  46.67 
 
 
95 aa  92.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2181  excinuclease ABC subunit C  45.35 
 
 
113 aa  91.7  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00892068  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3175  excinuclease ABC subunit C  48.89 
 
 
95 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1266  excinuclease ABC subunit C  47.78 
 
 
109 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0720825  normal  0.107878 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3180  excinuclease ABC subunit C  48.89 
 
 
95 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734981  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05230  hypothetical protein  45.35 
 
 
100 aa  90.1  9e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.610254  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0827  excinuclease ABC subunit C  47.73 
 
 
121 aa  89.4  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000437312 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2352  excinuclease ABC subunit C  50.57 
 
 
110 aa  89.7  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.51382  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5085  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 
95 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4225  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.89 
 
 
95 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073463  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2170  excinuclease ABC subunit C  51.14 
 
 
98 aa  89  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.013295  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1053  excinuclease ABC, C subunit  48.31 
 
 
110 aa  88.6  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.175656  normal  0.959304 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1965  excinuclease ABC subunit C  51.76 
 
 
95 aa  88.2  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.70444 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2524  excinuclease ABC subunit C  43.33 
 
 
100 aa  87  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4264  excinuclease ABC subunit C  44.21 
 
 
95 aa  85.5  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.604611  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0294  hypothetical cytosolic protein  46.07 
 
 
96 aa  85.1  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.479939  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1899  GIY-YIG catalytic domain-containing protein  46.07 
 
 
96 aa  85.1  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2226  excinuclease ABC subunit C  44.57 
 
 
119 aa  85.1  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.163339  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0733  excinuclease ABC subunit C  46.07 
 
 
104 aa  84.7  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.579236  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0814  excinuclease ABC subunit C  49.41 
 
 
111 aa  84.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.683613  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2889  excinuclease ABC subunit C  46.15 
 
 
95 aa  84  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0492999  normal  0.0570349 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.31 
 
 
96 aa  84  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.07 
 
 
96 aa  83.6  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3101  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  44.83 
 
 
95 aa  83.6  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  44.21 
 
 
120 aa  83.6  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1984  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.86 
 
 
100 aa  83.6  8e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.569269  normal  0.376959 
 
 
-
 
NC_002978  WD0358  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  45.45 
 
 
96 aa  83.2  1e-15  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0285  excinuclease ABC subunit C  47.13 
 
 
95 aa  82.4  2e-15  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.722146  normal  0.992997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0651  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
115 aa  82.4  2e-15  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0670127  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2430  excinuclease ABC subunit C  48.81 
 
 
102 aa  82  3e-15  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05260  endo/excinuclease amino terminal domain protein  40.96 
 
 
98 aa  81.3  5e-15  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.509703  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4056  excinuclease ABC subunit C  47.06 
 
 
130 aa  80.5  7e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366291  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0877  excinuclease ABC subunit C  43.53 
 
 
125 aa  79.3  1e-14  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0101  excinuclease ABC subunit C  48.84 
 
 
95 aa  80.1  1e-14  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.873181  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  48.24 
 
 
100 aa  79.3  2e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  44.09 
 
 
101 aa  78.2  4e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0895  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.89 
 
 
99 aa  77  8e-14  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05250  endo/excinuclease amino terminal domain protein  41.76 
 
 
107 aa  76.6  9e-14  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2291  excinuclease ABC subunit C  44.71 
 
 
95 aa  77  9e-14  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.361879  normal  0.317834 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2878  excinuclease ABC subunit C  44.94 
 
 
95 aa  75.9  2e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00418139  hitchhiker  0.000396722 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2317  excinuclease ABC subunit C  44.71 
 
 
98 aa  74.7  4e-13  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0365776  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2227  excinuclease ABC subunit C  38.89 
 
 
107 aa  73.9  6e-13  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  4.08802e-05  hitchhiker  5.27007e-05 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05270  hypothetical protein  41.46 
 
 
100 aa  73.6  8e-13  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2055  hypothetical protein  38.71 
 
 
96 aa  73.6  9e-13  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2602  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.37 
 
 
97 aa  72.8  1e-12  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  8.20325e-08  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2057  excinuclease ABC subunit C  45.35 
 
 
113 aa  73.2  1e-12  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.405746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2914  excinuclease ABC subunit C  42.22 
 
 
101 aa  72.4  2e-12  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00677745  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09001  hypothetical protein  45.83 
 
 
80 aa  71.2  4e-12  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.410175  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1944  hypothetical protein  42.05 
 
 
97 aa  70.9  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0882  hypothetical protein  42.05 
 
 
97 aa  70.9  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1812  hypothetical protein  42.05 
 
 
97 aa  70.9  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1852  hypothetical protein  42.05 
 
 
97 aa  70.9  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2051  hypothetical protein  42.05 
 
 
97 aa  70.9  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2896  hypothetical protein  42.05 
 
 
97 aa  70.9  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0039  hypothetical protein  42.05 
 
 
97 aa  70.9  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0717  hypothetical protein  42.05 
 
 
97 aa  70.9  5e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0331  hypothetical protein  42.05 
 
 
97 aa  70.9  6e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2997  excinuclease ABC subunit C  39.53 
 
 
95 aa  68.2  4e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.867299  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1655  excinuclease ABC subunit C  48.31 
 
 
98 aa  65.1  3e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4036  hypothetical protein  45.59 
 
 
79 aa  60.5  8e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.420287  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2245  excinuclease ABC subunit C  44.74 
 
 
108 aa  53.1  1e-06  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1277  Excinuclease ABC C subunit domain protein  33.7 
 
 
96 aa  52  3e-06  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.129449  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  36.23 
 
 
82 aa  50.1  9e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0522  excinuclease ABC subunit C  39.71 
 
 
82 aa  49.7  1e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.199527  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0509  excinuclease ABC subunit C  39.71 
 
 
82 aa  49.7  1e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.107949  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3906  excinuclease ABC subunit C  41.54 
 
 
141 aa  49.7  1e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647444  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  32.56 
 
 
90 aa  48.1  4e-05  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11350  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.71 
 
 
87 aa  47.8  6e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.651931  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  37.18 
 
 
83 aa  46.2  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0800  O-methyltransferase  35.71 
 
 
338 aa  46.2  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.66383e-11  hitchhiker  1.55907e-17 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  37.66 
 
 
88 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4162  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.97 
 
 
97 aa  45.4  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1913  hypothetical protein  29.21 
 
 
116 aa  45.4  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.915766  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2943  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.79 
 
 
103 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2851  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.79 
 
 
103 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1038  hypothetical protein  37.5 
 
 
93 aa  43.9  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.258363  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1257  GIY-YIG nuclease superfamily protein  32.89 
 
 
104 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  32.47 
 
 
88 aa  43.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.81458e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14150  GIY-YIG nuclease superfamily protein  32.89 
 
 
104 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.121781  normal  0.153151 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1602  excinuclease ABC subunit C  38.67 
 
 
84 aa  43.5  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.316272 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2759  excinuclease ABC subunit C  40.79 
 
 
103 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00570056  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4244  GIY-YIG nuclease superfamily protein  30.49 
 
 
94 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>