143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4530 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 152 aa  310  4.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  54.81 
 
 		 138 aa  157  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  54 
 
 		 152 aa  157  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  59.69 
 
 		 135 aa  155  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  52.94 
 
 		 152 aa  152  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  55.15 
 
 		 139 aa  152  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  54.01 
 
 		 140 aa  152  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 139 aa  152  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  58.96 
 
 		 137 aa  149  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  56.49 
 
 		 140 aa  148  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  58.96 
 
 		 137 aa  149  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 137 aa  147  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  54.23 
 
 		 139 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 138 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 139 aa  144  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  52.74 
 
 		 166 aa  144  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 139 aa  144  6e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 139 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 139 aa  142  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  51.45 
 
 		 138 aa  143  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 147 aa  138  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  50.74 
 
 		 141 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  53.28 
 
 		 137 aa  137  7e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  54.2 
 
 		 141 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  48.85 
 
 		 146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  51.16 
 
 		 138 aa  127  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  48.51 
 
 		 137 aa  123  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 140 aa  120  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 161 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 210 aa  114  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 140 aa  114  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 145 aa  114  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 171 aa  110  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  42.66 
 
 		 174 aa  110  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 144 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  41.72 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 136 aa  104  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  40.14 
 
 		 134 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 134 aa  101  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 120 aa  99.4  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 120 aa  99.4  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 120 aa  99.4  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 128 aa  97.4  6e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 140 aa  96.7  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 146 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  37.98 
 
 		 123 aa  92.4  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 149 aa  90.9  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  37.98 
 
 		 135 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  38.69 
 
 		 135 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 123 aa  89.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 119 aa  89.4  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 136 aa  89.4  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  38.28 
 
 		 134 aa  89  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 120 aa  89.4  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  38.17 
 
 		 142 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  36.76 
 
 		 131 aa  88.2  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  38.17 
 
 		 142 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  38.17 
 
 		 135 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  37.96 
 
 		 215 aa  87.4  6e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 134 aa  87  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 162 aa  87  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  37.96 
 
 		 213 aa  87  8e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 134 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  36.69 
 
 		 144 aa  85.9  2e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 156 aa  84.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  42.74 
 
 		 135 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 125 aa  82.4  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  38.28 
 
 		 135 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 126 aa  80.9  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 149 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 143 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 		 135 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 145 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  35.88 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  37.4 
 
 		 134 aa  73.2  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  51.47 
 
 		 121 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 121 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 121 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  38.32 
 
 		 114 aa  60.1  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 113 aa  57.4  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 443 aa  54.7  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 139 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  44.44 
 
 		 303 aa  51.2  0.000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 108 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 149 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 151 aa  49.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3926  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 127 aa  49.3  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3148  XRE family transcriptional regulator  26 
 
 		 185 aa  48.5  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3193  XRE family transcriptional regulator  26 
 
 		 185 aa  48.5  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.324962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>