145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0036 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0036  globin  100 
 
 
145 aa  306  5e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572064  hitchhiker  0.00805011 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0042  globin  97.93 
 
 
145 aa  302  1e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0182573  hitchhiker  8.60997e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0034  globin  97.93 
 
 
145 aa  301  2e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0103941 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0039  globin  95.17 
 
 
145 aa  292  9e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0031  globin  86.21 
 
 
145 aa  264  3e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0800503  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0038  globin  84.83 
 
 
145 aa  262  1e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.22438e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0039  globin  84.83 
 
 
145 aa  262  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.372259  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0038  globin  84.83 
 
 
145 aa  261  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0612769  unclonable  9.27103e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0034  globin  84.83 
 
 
144 aa  258  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.674256  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0031  globin  78.62 
 
 
156 aa  244  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  5.8274e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0031  globin  74.31 
 
 
144 aa  232  1e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0030771  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0039  globin  74.48 
 
 
144 aa  228  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.102658  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0051  globin  67.59 
 
 
143 aa  221  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.294967  normal  0.0701367 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3728  globin  68.97 
 
 
142 aa  219  8e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.325061  hitchhiker  0.00731261 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0046  globin  68.46 
 
 
149 aa  217  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0363016  normal  0.25879 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2330  globin  44.09 
 
 
130 aa  124  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260372  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3147  conserved hypothetical globin-like protein  43.2 
 
 
129 aa  122  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0120923  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3955  globin  43.2 
 
 
128 aa  115  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.405628  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1997  hypothetical protein  40.8 
 
 
129 aa  110  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.174841  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00030  putative hemoglobin-like oxygen-binding protein  39.84 
 
 
143 aa  110  7e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0488861  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1878  hypothetical protein  39.84 
 
 
131 aa  110  8e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2195  globin  41.04 
 
 
136 aa  109  1e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2317  globin  41.04 
 
 
136 aa  109  1e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0999  globin  42.22 
 
 
136 aa  108  2e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0834187  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1030  hypothetical protein  38.69 
 
 
164 aa  108  2e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1263  globin  44 
 
 
129 aa  108  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.932923 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1548  heme-binding protein, putative  44 
 
 
130 aa  108  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2302  globin  41.22 
 
 
136 aa  107  4e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1256  globin  38.76 
 
 
137 aa  107  4e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.331075 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0899  globin  37.06 
 
 
147 aa  107  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1401  hypothetical protein  37.96 
 
 
148 aa  107  8e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2279  globin  41.48 
 
 
136 aa  106  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1667  globin  41.48 
 
 
136 aa  106  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3444  hypothetical protein  39.37 
 
 
130 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237349  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0935  hypothetical protein  39.52 
 
 
139 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1261  hypothetical protein  38.06 
 
 
136 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.100755  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1253  hypothetical protein  38.06 
 
 
136 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1867  hypothetical protein  37.23 
 
 
148 aa  104  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5606  globin-like protein  40.74 
 
 
136 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.62023  normal  0.960923 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1800  globin family protein  41.8 
 
 
128 aa  103  7e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2049  globin  39.39 
 
 
141 aa  103  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.366529  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0378  hypothetical protein  37.21 
 
 
136 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.746099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0772  hypothetical protein  37.21 
 
 
136 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1095  hypothetical protein  37.21 
 
 
136 aa  103  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0132  globin  37.82 
 
 
144 aa  102  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.823311 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3261  globin  38.21 
 
 
136 aa  102  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.4456 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1917  globin  38.17 
 
 
134 aa  102  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.626219  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3244  putative oxygen-binding protein, globin-like  36.57 
 
 
137 aa  103  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0697  globin  41.67 
 
 
142 aa  102  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462727 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2241  globin  38.17 
 
 
134 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.694262 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1316  globin  35.82 
 
 
137 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.129637 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2781  globin  39.68 
 
 
141 aa  102  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.778315  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3454  globin  39.68 
 
 
141 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.273084  normal  0.734777 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18050  globin-like protein  36.8 
 
 
131 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0868344  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3254  globin  38.28 
 
 
134 aa  101  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.512401  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3010  globin  38.21 
 
 
136 aa  101  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2018  globin  39.53 
 
 
133 aa  101  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2697  putative globin  35.82 
 
 
136 aa  100  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0410  globin  36.23 
 
 
144 aa  100  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.236118 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2090  putative oxygen-binding protein (globin)  38.71 
 
 
134 aa  100  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1767  globin  40.17 
 
 
137 aa  99.4  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3650  globin  40.34 
 
 
141 aa  98.6  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.260647 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0774  putative oxygen-binding protein (globin)  39.17 
 
 
126 aa  98.2  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.207145 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5890  putative hemoglobin protein (truncated hemoglobin)  38.33 
 
 
152 aa  96.7  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429127  normal  0.556027 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2614  globin  37.4 
 
 
133 aa  94.4  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.307504  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1355  globin  38.33 
 
 
129 aa  93.6  9e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.610023  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4036  globin  35.88 
 
 
139 aa  91.7  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2346  globin  35.29 
 
 
142 aa  90.1  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.636016  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2370  globin  36.89 
 
 
130 aa  89.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.16985  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1464  putative globin  30.83 
 
 
139 aa  89.4  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00251248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4060  globin family  38.14 
 
 
145 aa  87.4  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.171574 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0847  globin  35.88 
 
 
143 aa  87  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5317  globin  33.87 
 
 
139 aa  86.7  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0702045  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0945  globin  34.81 
 
 
166 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0771  globin  36.13 
 
 
137 aa  84.3  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1573  globin  37.5 
 
 
144 aa  82.4  2e-15  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.732575 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1209  hypothetical protein  31.4 
 
 
132 aa  82  2e-15  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1116  hypothetical protein  31.4 
 
 
132 aa  82  2e-15  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1105  globin  31.4 
 
 
132 aa  82  2e-15  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1355  globin family protein  31.4 
 
 
132 aa  81.6  3e-15  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4091  globin family protein  31.4 
 
 
132 aa  81.6  3e-15  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1092  globin family protein  31.4 
 
 
132 aa  81.3  4e-15  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.720422  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1098  globin family protein  31.4 
 
 
132 aa  81.3  4e-15  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1317  hypothetical protein  31.4 
 
 
132 aa  81.3  4e-15  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.997153  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1279  globin family protein  31.4 
 
 
132 aa  81.3  4e-15  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3575  globin  36.13 
 
 
153 aa  80.9  5e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.425401 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1250  globin family protein  30.58 
 
 
132 aa  80.1  9e-15  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2031  globin  34.92 
 
 
153 aa  80.1  1e-14  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.250624  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2419  globin  42.71 
 
 
123 aa  79.3  1e-14  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1391  globin  38.78 
 
 
135 aa  79.7  1e-14  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.376518  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0911  globin  31.4 
 
 
132 aa  79.3  2e-14  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1149  globin  32.52 
 
 
140 aa  79  2e-14  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.572775  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1626  globin  31.93 
 
 
137 aa  78.2  3e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1135  globin  30.33 
 
 
127 aa  77.8  5e-14  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1823  globin  32.26 
 
 
145 aa  77.8  5e-14  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000381812  normal  0.0630387 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12495  hemoglobin-like oxygen-binding protein glbO  34.43 
 
 
128 aa  77  9e-14  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.134199 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1326  globin  36.96 
 
 
139 aa  76.3  1e-13  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4066  globin  33.08 
 
 
136 aa  75.9  2e-13  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.667271 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11810  truncated hemoglobin  31.09 
 
 
132 aa  75.5  3e-13  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.254894 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1020  globin  34.43 
 
 
121 aa  74.3  5e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0280188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>