More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0072 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0072  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  100 
 
 
303 aa  620  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0957  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  70.57 
 
 
321 aa  404  1e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0992  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  70.57 
 
 
321 aa  404  1e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0978  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  70.57 
 
 
321 aa  404  1e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0999  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  71 
 
 
321 aa  407  1e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3386  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  70.57 
 
 
321 aa  405  1e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0828  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  70.19 
 
 
318 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0444108  normal  0.154729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3195  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  67.6 
 
 
318 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  3.07926e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3047  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  70.19 
 
 
322 aa  404  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3292  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  67.62 
 
 
318 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0851  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  64.86 
 
 
302 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.750207  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0368  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  65.48 
 
 
316 aa  384  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1095  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  68.06 
 
 
298 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.499523  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2406  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  62.64 
 
 
315 aa  363  3e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.855048  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1352  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  62.41 
 
 
309 aa  362  5e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2424  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  65.62 
 
 
313 aa  357  2e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02064  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  65.62 
 
 
310 aa  357  2e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3260  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  65.62 
 
 
313 aa  356  2e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00935294 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2885  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  63.12 
 
 
323 aa  356  2e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1513  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  65.62 
 
 
313 aa  356  2e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0910  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  65.62 
 
 
313 aa  357  2e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.824337  normal  0.342454 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2269  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  65.62 
 
 
313 aa  356  2e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2806  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  63.12 
 
 
311 aa  357  2e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1523  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  65.62 
 
 
313 aa  357  2e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02022  hypothetical protein  65.62 
 
 
310 aa  357  2e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1352  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  63.12 
 
 
311 aa  356  3e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.240224  hitchhiker  0.00135973 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53020  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  57.53 
 
 
310 aa  355  4e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2922  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  61.29 
 
 
315 aa  355  7e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0838  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  65.23 
 
 
313 aa  354  8e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1540  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  60.07 
 
 
315 aa  354  9e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2501  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  61.31 
 
 
319 aa  354  1e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2734  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  61.48 
 
 
315 aa  354  1e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2097  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  59.79 
 
 
296 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.582516  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2122  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  59.86 
 
 
308 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.262762  hitchhiker  0.00124493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0066  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  60.44 
 
 
300 aa  350  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2514  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  64.45 
 
 
302 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2313  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  64.45 
 
 
315 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.805728  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2406  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  64.45 
 
 
302 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0254352  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2357  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  64.45 
 
 
315 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2402  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  64.45 
 
 
302 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2414  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  62.31 
 
 
313 aa  348  7e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0205192  normal  0.811113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3794  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  59.5 
 
 
308 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.106127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1976  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  59.5 
 
 
308 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00633219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4648  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  59.07 
 
 
310 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2681  penicillin-binding protein 7  61.54 
 
 
311 aa  342  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.556656  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3700  D-alanyl-D-alanine endopeptidase  60.38 
 
 
312 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01220  penicillin-binding protein 7 precursor  57.14 
 
 
318 aa  315  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0667  murein-DD-endopeptidase  53.09 
 
 
359 aa  250  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.56881e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3604  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  46.38 
 
 
308 aa  244  1e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1204  murein-DD-endopeptidase  49.4 
 
 
393 aa  242  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000748376  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2608  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  51.44 
 
 
369 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315726  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1498  putative D-alanyl-D-alanine endopeptidase  51.44 
 
 
359 aa  239  3e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2226  putative D-alanyl-D-alanine endopeptidase  51.44 
 
 
359 aa  239  3e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1717  D-alanyl-D-alanine endopeptidase, putative  51.44 
 
 
394 aa  239  3e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12236  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2663  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  51.44 
 
 
369 aa  239  3e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2741  peptidase  51.44 
 
 
394 aa  239  3e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3094  putative D-alanyl-D-alanine endopeptidase  51.44 
 
 
363 aa  240  3e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.130357  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2296  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  51.19 
 
 
278 aa  239  4e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2323  murein-DD-endopeptidase  50.4 
 
 
353 aa  238  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.488834  normal  0.516334 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2887  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  49.38 
 
 
323 aa  235  8e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.103148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1722  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  50 
 
 
363 aa  235  8e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103428  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1137  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  51.23 
 
 
381 aa  234  1e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0291755  normal  0.94086 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1868  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  51.03 
 
 
415 aa  234  2e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.278882  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2346  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.39 
 
 
346 aa  232  5e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3107  murein-DD-endopeptidase  50 
 
 
371 aa  232  6e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.790462  normal  0.308616 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2150  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  50 
 
 
388 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118676  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2133  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  50 
 
 
388 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0581137  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5944  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  50 
 
 
388 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.487197  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1545  murein-DD-endopeptidase  49.21 
 
 
389 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00314169  normal  0.0179188 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2587  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  49.38 
 
 
395 aa  229  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  hitchhiker  0.00138384 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0226  murein-DD-endopeptidase  45.14 
 
 
336 aa  229  5e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  7.65633e-10  normal  0.882233 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2170  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  49.59 
 
 
384 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2043  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  49.59 
 
 
384 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1775  murein-DD-endopeptidase  49.19 
 
 
360 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1947  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  49.19 
 
 
360 aa  227  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4861  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  47.81 
 
 
365 aa  226  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5439  murein-DD-endopeptidase  48.77 
 
 
388 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101541  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2349  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  45.56 
 
 
327 aa  223  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.35243  normal  0.884475 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1609  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  47.72 
 
 
379 aa  222  5e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182293  normal  0.514738 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1095  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  48.76 
 
 
388 aa  221  8e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.296025  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1964  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  49.79 
 
 
373 aa  221  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.646333  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1937  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  47.72 
 
 
396 aa  221  2e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0103051 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2100  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48 
 
 
344 aa  220  2e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.342455  normal  0.37717 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0703  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  46.4 
 
 
350 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2004  peptidase  46.4 
 
 
362 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.874632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3625  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  47.52 
 
 
372 aa  217  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2561  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  46.25 
 
 
320 aa  216  3e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0610  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  46.4 
 
 
350 aa  216  3e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1156  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  46.47 
 
 
282 aa  214  1e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.203419  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1082  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  47.93 
 
 
338 aa  214  1e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.209061  normal  0.323872 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1609  putative D-alanyl-D-alanine-endopeptidase (penicillin-binding protein)  47.3 
 
 
375 aa  214  1e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0138994  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2375  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  47.52 
 
 
394 aa  214  2e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.011571  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1466  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  50.21 
 
 
387 aa  213  3e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00347318  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0739  peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  48.35 
 
 
342 aa  213  4e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0083  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase-like protein  43.94 
 
 
321 aa  206  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.306187 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6762  peptidase S11 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase 1  46.69 
 
 
410 aa  201  1e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.128863  normal  0.321139 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1118  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  44.58 
 
 
378 aa  200  2e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.790201  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1274  murein-DD-endopeptidase  44.58 
 
 
452 aa  201  2e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0978  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  44.58 
 
 
378 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1124  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  44.58 
 
 
378 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.774703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>