39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2010 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2010  ferredoxin  100 
 
 		 301 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3444  ferredoxin  93.69 
 
 		 301 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.442671  normal  0.0403567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2139  ferredoxin  89.74 
 
 		 302 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1840  ferredoxin  81.79 
 
 		 302 aa  517  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1188  ferredoxin  64.71 
 
 		 124 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000641343 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2499  ferredoxin  61.86 
 
 		 122 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.809791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1751  putative 2Fe-2S ferredoxin protein  60.17 
 
 		 122 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0216484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0397  ferredoxin  60.17 
 
 		 122 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.449026  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0232  ferredoxin, 2Fe-2S  61.02 
 
 		 122 aa  151  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2342  ferredoxin  59.13 
 
 		 115 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1237  ferredoxin  61.74 
 
 		 114 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0193309 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1519  ferredoxin  61.74 
 
 		 114 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0937354  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1916  ferredoxin  55.93 
 
 		 127 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3149  ferredoxin  53.39 
 
 		 154 aa  139  6e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3778  ferredoxin  54.24 
 
 		 122 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0287  ferredoxin  53.45 
 
 		 121 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.065158 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39700  Ferredoxin  50 
 
 		 122 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1839  hypothetical protein  44.44 
 
 		 162 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2138  hypothetical protein  43.84 
 
 		 162 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.942475  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3779  rubrerythrin  43.75 
 
 		 163 aa  126  5e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2009  hypothetical protein  42.47 
 
 		 162 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3445  hypothetical protein  42.47 
 
 		 162 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35818  normal  0.0368438 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2337  hypothetical protein  42.47 
 
 		 159 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0286  rubrerythrin  41.83 
 
 		 174 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0660179 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0545  ferredoxin  46.55 
 
 		 118 aa  107  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1449  ferredoxin  51.69 
 
 		 120 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10400  hypothetical protein  39.44 
 
 		 155 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2723  rubrerythrin  36.49 
 
 		 167 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0811811  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10560  ferritin-like protein  43.66 
 
 		 152 aa  96.7  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.639396  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0478  hypothetical protein  33.78 
 
 		 151 aa  74.3  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0695  rubrerythrin  35.94 
 
 		 170 aa  68.2  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.289242  normal  0.0810169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2957  Rubrerythrin  29.87 
 
 		 179 aa  66.2  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.179708  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1530  rubrerythrin  31.37 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1236  ferredoxin  30.63 
 
 		 114 aa  60.1  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0203128 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1518  ferredoxin, putative  30.63 
 
 		 114 aa  60.1  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0846747  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2863  rubrerythrin  32.62 
 
 		 272 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6006  hypothetical protein  31.97 
 
 		 286 aa  51.6  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00787853 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2291  rubrerythrin  28.47 
 
 		 161 aa  45.8  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.683509  normal  0.317377 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2379  rubrerythrin  29.66 
 
 		 337 aa  42.4  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>