40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1440 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  100 
 
 		 150 aa  305  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  69.13 
 
 		 149 aa  208  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  69.8 
 
 		 149 aa  204  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  62.42 
 
 		 149 aa  194  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  62 
 
 		 149 aa  176  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  37.58 
 
 		 146 aa  93.6  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  37.59 
 
 		 146 aa  85.5  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  30.87 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  40.48 
 
 		 148 aa  78.2  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  38.31 
 
 		 157 aa  77.8  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  31.17 
 
 		 151 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  37.04 
 
 		 146 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  31.82 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  36.27 
 
 		 146 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  33.09 
 
 		 159 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  33.02 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  35.19 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  31.13 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  30.19 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  31.82 
 
 		 153 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  30.19 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  30.67 
 
 		 153 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  30.19 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  30.19 
 
 		 147 aa  47.4  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  31.82 
 
 		 153 aa  47  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  31.48 
 
 		 149 aa  47  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  28.08 
 
 		 150 aa  46.6  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  29.63 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  25.16 
 
 		 155 aa  46.2  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  27.36 
 
 		 155 aa  45.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  31.48 
 
 		 149 aa  45.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  26.28 
 
 		 154 aa  45.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  28.3 
 
 		 149 aa  44.7  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  27.36 
 
 		 149 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  27.36 
 
 		 149 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  27.22 
 
 		 150 aa  43.9  0.0008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  26.85 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  29.33 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  26.61 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  30.56 
 
 		 153 aa  40.8  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>