More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2786 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2905  cysteinyl-tRNA synthetase  99.13 
 
 
460 aa  944  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.242748  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3508  cysteinyl-tRNA synthetase  82.17 
 
 
460 aa  768  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3742  cysteinyl-tRNA synthetase  88.04 
 
 
460 aa  842  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156882  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41360  cysteinyl-tRNA synthetase  81.96 
 
 
460 aa  767  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.490011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2786  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 
460 aa  954  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.401544  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1735  cysteinyl-tRNA synthetase  88.91 
 
 
460 aa  848  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27756  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  79.96 
 
 
461 aa  768  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  3.07026e-05 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23530  cysteinyl-tRNA synthetase  79.08 
 
 
461 aa  726  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3638  cysteinyl-tRNA synthetase  89.57 
 
 
460 aa  850  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.1842 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2407  cysteinyl-tRNA synthetase  97.83 
 
 
460 aa  932  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439107  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2878  cysteinyl-tRNA synthetase  98.26 
 
 
460 aa  937  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.846571  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  63.07 
 
 
465 aa  600  1e-170  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  62.8 
 
 
461 aa  592  1e-168  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  62.88 
 
 
460 aa  583  1e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  58.95 
 
 
460 aa  574  1e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  61.44 
 
 
455 aa  570  1e-161  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2249  cysteine--tRNA ligase  57.14 
 
 
485 aa  566  1e-160  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000746597  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  58.3 
 
 
459 aa  568  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.26973e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  59.91 
 
 
461 aa  567  1e-160  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  58.52 
 
 
460 aa  566  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  4.55216e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2110  cysteinyl-tRNA synthetase  59.17 
 
 
460 aa  564  1e-159  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.30638e-05 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  59.69 
 
 
461 aa  562  1e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  57.52 
 
 
459 aa  561  1e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  58.73 
 
 
459 aa  560  1e-158  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  57.21 
 
 
459 aa  556  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.69576e-05  decreased coverage  4.05781e-07 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1844  cysteinyl-tRNA synthetase  59.91 
 
 
463 aa  558  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  59.35 
 
 
485 aa  556  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1940  cysteinyl-tRNA synthetase  56.74 
 
 
462 aa  551  1e-156  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  58.39 
 
 
461 aa  552  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  5.65226e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1902  cysteinyl-tRNA synthetase  60.35 
 
 
454 aa  552  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.478316  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  57.73 
 
 
459 aa  554  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  58.39 
 
 
461 aa  552  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.39481e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 
461 aa  549  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  58.39 
 
 
461 aa  550  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  56.33 
 
 
456 aa  548  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0530  cysteinyl-tRNA synthetase  55.8 
 
 
460 aa  548  1e-155  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.474927  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1666  cysteinyl-tRNA synthetase  55.8 
 
 
458 aa  548  1e-155  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.226197  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  56.33 
 
 
459 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  2.79239e-08  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0590  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
461 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00144184  normal  0.0627987 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  56.43 
 
 
459 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.05927e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0582  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
461 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.193345 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0585  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
461 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307581  normal  0.380825 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  56.11 
 
 
459 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  7.84367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  55.9 
 
 
459 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.05095e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  57.08 
 
 
459 aa  546  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.5745e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  59.04 
 
 
465 aa  548  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0645  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
461 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108038  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0571  cysteinyl-tRNA synthetase  59.69 
 
 
461 aa  541  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000388833  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  56.43 
 
 
459 aa  544  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  7.06228e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  55.99 
 
 
461 aa  542  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.2906e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  56.64 
 
 
461 aa  544  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.64638e-05  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  56.86 
 
 
459 aa  542  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0448  cysteinyl-tRNA synthetase  59.26 
 
 
461 aa  538  1e-152  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.45002e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0583  cysteinyl-tRNA synthetase  59.26 
 
 
461 aa  540  1e-152  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000237473  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3096  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
461 aa  540  1e-152  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0232678  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00481  hypothetical protein  59.48 
 
 
461 aa  540  1e-152  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0114278  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  56.21 
 
 
461 aa  540  1e-152  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  9.73737e-07  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0627  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
461 aa  539  1e-152  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0130875  normal  0.589324 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2660  cysteinyl-tRNA synthetase  58.39 
 
 
461 aa  538  1e-152  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0958679  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0601  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
461 aa  540  1e-152  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.94006e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  57.08 
 
 
456 aa  541  1e-152  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0566  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
461 aa  540  1e-152  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  6.38742e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  56.43 
 
 
461 aa  541  1e-152  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  4.06523e-06  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  59.61 
 
 
459 aa  540  1e-152  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  54.91 
 
 
505 aa  539  1e-152  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3087  cysteinyl-tRNA synthetase  59.26 
 
 
461 aa  538  1e-152  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  8.69328e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00476  cysteinyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
461 aa  540  1e-152  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0063567  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  56.43 
 
 
456 aa  535  1e-151  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  54.37 
 
 
459 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  55.65 
 
 
460 aa  534  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1248  cysteinyl-tRNA synthetase  58.17 
 
 
461 aa  533  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000407868  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2221  cysteinyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 
462 aa  532  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.312209  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1875  cysteinyl-tRNA synthetase  58.82 
 
 
462 aa  532  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  2.29747e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  54.53 
 
 
488 aa  530  1e-149  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1881  cysteinyl-tRNA synthetase  56.68 
 
 
464 aa  529  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  55.65 
 
 
461 aa  529  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1084  cysteinyl-tRNA synthetase  54.47 
 
 
454 aa  526  1e-148  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462524  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1361  cysteinyl-tRNA synthetase  53.56 
 
 
488 aa  522  1e-147  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0919  cysteinyl-tRNA synthetase  57.36 
 
 
456 aa  522  1e-147  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1623  cysteinyl-tRNA synthetase  59.83 
 
 
458 aa  519  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2865  cysteinyl-tRNA synthetase  56.87 
 
 
462 aa  521  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3792  cysteinyl-tRNA synthetase  54.47 
 
 
469 aa  519  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158912  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0121  cysteinyl-tRNA synthetase  52.51 
 
 
462 aa  515  1e-145  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.179815  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1008  cysteinyl-tRNA synthetase  57.94 
 
 
463 aa  515  1e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0156033  normal  0.100097 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1102  cysteinyl-tRNA synthetase  57.51 
 
 
463 aa  514  1e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2510  cysteinyl-tRNA synthetase  57.08 
 
 
465 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0390951  hitchhiker  0.00182498 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3046  cysteinyl-tRNA synthetase  58.97 
 
 
461 aa  514  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1122  cysteinyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 
462 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189583  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2091  cysteinyl-tRNA synthetase  59.61 
 
 
458 aa  508  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.700557  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2507  cysteinyl-tRNA synthetase  58.1 
 
 
461 aa  507  1e-142  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1349  cysteinyl-tRNA synthetase  55.29 
 
 
470 aa  507  1e-142  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0858  cysteinyl-tRNA synthetase  53.78 
 
 
473 aa  501  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  53.78 
 
 
473 aa  504  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.969575  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1390  cysteinyl-tRNA synthetase  57.73 
 
 
465 aa  503  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128529  normal  0.023176 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1085  cysteinyl-tRNA synthetase  55.91 
 
 
491 aa  500  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189428  normal  0.0293604 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1941  cysteinyl-tRNA synthetase  56.01 
 
 
465 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1167  cysteinyl-tRNA synthetase  57.05 
 
 
465 aa  499  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103302  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01977  cysteinyl-tRNA synthetase  54.86 
 
 
460 aa  500  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1888  cysteinyl-tRNA synthetase  53.13 
 
 
464 aa  495  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.298729  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3090  cysteinyl-tRNA synthetase  57.11 
 
 
459 aa  493  1e-138  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>