295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0036 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 93 bp  147  5e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 93 bp  147  5e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0041  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 91 bp  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.416329 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 94 bp  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 93 bp  123  8e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.505104  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0013  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0107164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0010  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.841782  normal  0.0490486 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309285  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742423 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309071  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.565194  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309365  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.940611  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.194122  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.216172  normal  0.054895 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0063  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.80963  normal  0.240218 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309189  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309147  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0010  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000388656  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0039    84.62 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0014  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.489158 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>