More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3955 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02169  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase (anaerobic), small subunit  77.33 
 
 
396 aa  661    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1416  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, C subunit  77.33 
 
 
396 aa  660    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403336  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2625  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.33 
 
 
396 aa  661    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02128  hypothetical protein  77.33 
 
 
396 aa  661    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2526  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.58 
 
 
396 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4146  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  98.51 
 
 
403 aa  830    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2630  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.58 
 
 
396 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.484622 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1408  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.33 
 
 
396 aa  660    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.689571 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2541  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.08 
 
 
396 aa  660    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2422  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.58 
 
 
396 aa  658    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3989  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  78.78 
 
 
415 aa  687    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2395  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.33 
 
 
396 aa  662    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2471  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.33 
 
 
396 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.496093  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0567  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  78.78 
 
 
431 aa  687    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2514  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.58 
 
 
396 aa  657    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.444575  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3955  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  100 
 
 
403 aa  842    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2807  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  76.32 
 
 
396 aa  645    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.632443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2384  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.33 
 
 
396 aa  661    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3380  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  77.33 
 
 
396 aa  660    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0229  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  78.78 
 
 
415 aa  689    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0202  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  81 
 
 
399 aa  689    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0158986 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0250  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  80.76 
 
 
400 aa  690    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149174  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0202  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  82.53 
 
 
400 aa  703    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.936785  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0514  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  61.6 
 
 
423 aa  528  1e-149  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0688  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  60.05 
 
 
413 aa  501  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0395  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  56 
 
 
424 aa  484  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1019  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  50.37 
 
 
400 aa  410  1e-113  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3301  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  39.75 
 
 
415 aa  295  1e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2842  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  39.34 
 
 
396 aa  291  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000733482  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4113  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  38.57 
 
 
416 aa  286  5.999999999999999e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.774885  normal  0.0186832 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0069  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  37.13 
 
 
409 aa  283  5.000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1125  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  36.36 
 
 
499 aa  273  3e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4561  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  36.47 
 
 
453 aa  270  2e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2960  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, C subunit  34.08 
 
 
448 aa  261  1e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0931  glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic, C subunit  33.58 
 
 
478 aa  257  3e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1469  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  32.78 
 
 
459 aa  247  3e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.789463  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2518  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  30.59 
 
 
461 aa  239  5e-62  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.188727 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1519  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  35.24 
 
 
409 aa  233  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.717289  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0812  hypothetical protein  28.64 
 
 
454 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0290283 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0813  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  28.71 
 
 
455 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0766  hypothetical protein  28.47 
 
 
455 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0817  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  28.22 
 
 
455 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3126  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.68 
 
 
962 aa  169  6e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2940  FAD linked oxidase domain protein  29.46 
 
 
1055 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0898  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  26.33 
 
 
429 aa  166  6.9999999999999995e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3858  FAD linked oxidase domain-containing protein  29.58 
 
 
978 aa  161  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.738511  hitchhiker  0.000383652 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3764  FAD linked oxidase domain protein  29.97 
 
 
1070 aa  160  3e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0200676  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2438  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  29.48 
 
 
1015 aa  157  2e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.944739  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0509  FAD linked oxidase domain protein  28.77 
 
 
1024 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0560  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.61 
 
 
976 aa  156  8e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.389138  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2896  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  27.64 
 
 
1035 aa  155  9e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.228282  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0210  FAD linked oxidase domain protein  29.25 
 
 
1032 aa  155  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.23019 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2547  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.61 
 
 
1023 aa  150  5e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.846231  normal  0.179542 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0836  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  31.7 
 
 
447 aa  150  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000205692  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0866  FAD linked oxidase domain protein  28.29 
 
 
1020 aa  148  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1846  putative ferredoxin  29.52 
 
 
443 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000698817  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2130  FAD linked oxidase domain protein  29.56 
 
 
973 aa  146  5e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0362  protein of unknown function DUF162  27.38 
 
 
738 aa  145  2e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4692  FAD linked oxidase domain protein  27.84 
 
 
996 aa  143  5e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0507445  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1107  putative ferredoxin  32.36 
 
 
442 aa  143  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0158261  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2667  protein of unknown function DUF162  27.14 
 
 
727 aa  137  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2375  FAD linked oxidase-like protein  31.05 
 
 
952 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0539  hypothetical protein  28.23 
 
 
445 aa  136  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.835661  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0457  FAD linked oxidase domain protein  27.2 
 
 
1014 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.873167  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2628  hypothetical protein  30.98 
 
 
445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2490  hypothetical protein  30.98 
 
 
445 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0269  hypothetical protein  30.98 
 
 
445 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4115  Fe-S oxidoreductase-like protein  28.23 
 
 
445 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1646  hypothetical protein  30.98 
 
 
445 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277517  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0301  hypothetical protein  30.98 
 
 
445 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.554546  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0810  hypothetical protein  29.53 
 
 
1050 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0957  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.03 
 
 
950 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1449  hypothetical protein  30.67 
 
 
445 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.214428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0048  sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase (anaerobic), K-small subunit  27.16 
 
 
468 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.923386  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4923  Fe-S oxidoreductase-like protein  27.27 
 
 
445 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0114822 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0922  putative ferredoxin  30.98 
 
 
445 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2305  hypothetical protein  25.81 
 
 
730 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4691  protein of unknown function DUF162  24.88 
 
 
741 aa  129  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0154904  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0454  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  27.5 
 
 
395 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3708  Fe-S oxidoreductase-like protein  27.51 
 
 
445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4547  Fe-S oxidoreductase-like  27.51 
 
 
445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.975746  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2720  FAD linked oxidase-like protein  28.77 
 
 
1024 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3816  Fe-S oxidoreductase-like protein  27.51 
 
 
445 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.315693 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0862  FAD linked oxidase domain protein  30.08 
 
 
1050 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.961575  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5731  D-lactate dehydrogenase / anaerobic glycerol-3-phosphate dehydrogenase subunit C  27.32 
 
 
984 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0419  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  29.71 
 
 
450 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2011  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  27.92 
 
 
947 aa  126  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  decreased coverage  0.00037047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3054  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  28.01 
 
 
1032 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.267975 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3719  Fe-S oxidoreductase-like protein  27.59 
 
 
445 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.320551 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2280  Fe-S oxidoreductase-like  27.47 
 
 
445 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0295  hypothetical protein  26.58 
 
 
399 aa  125  2e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.630234 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0858  FAD linked oxidase domain protein  29.64 
 
 
1052 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5542  Fe-S oxidoreductase-like protein  27.32 
 
 
445 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0152  hypothetical protein  28.33 
 
 
711 aa  123  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2307  hypothetical protein  28.64 
 
 
423 aa  123  7e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1400  FAD linked oxidase domain protein  27.12 
 
 
1023 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2905  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  27.22 
 
 
995 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129344  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2755  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  26.56 
 
 
1046 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.433377  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3083  protein of unknown function DUF162  27.32 
 
 
717 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000122651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2541  hypothetical protein  26.71 
 
 
446 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000879151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>