More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1372 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1372  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000123284 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0032  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0097  tRNA-Lys  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  94.34 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0046  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.856653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0011  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0004  tRNA-Lys  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.657407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    97.44 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07709  tRNA-Asn  94.87 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0523717  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0024  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  91.11 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>