196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3933 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3933  putative hydrolase  100 
 
 
238 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00241921  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4017  putative hydrolase  96.64 
 
 
238 aa  444  1e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.59903e-24 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4253  putative hydrolase  61.6 
 
 
237 aa  313  2e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2586  putative hydrolase  52.99 
 
 
240 aa  258  8e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0073149  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2491  putative hydrolase  50.43 
 
 
248 aa  237  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.130978 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1060  putative hydrolase  45.11 
 
 
245 aa  232  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.464705  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2028  PHP domain protein  47.44 
 
 
238 aa  231  5e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.731698 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0111  putative hydrolase  43.78 
 
 
241 aa  214  6e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1950  putative hydrolase  44.02 
 
 
244 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1706  putative hydrolase  42.74 
 
 
249 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1420  putative hydrolase  42.31 
 
 
247 aa  195  5e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0157701 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1652  putative hydrolase  42.19 
 
 
252 aa  195  6e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2686  putative hydrolase  42.31 
 
 
252 aa  194  7e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.796861  unclonable  4.4786e-05 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0657  PHP domain protein  42.44 
 
 
235 aa  195  7e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2233  putative hydrolase  43.83 
 
 
251 aa  194  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2292  putative hydrolase  39.32 
 
 
239 aa  194  8e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19230  biotin (acetyl-CoA carboxylase) synthetase  41.95 
 
 
239 aa  192  4e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0261596  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0620  putative hydrolase  38.98 
 
 
240 aa  191  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  6.19827e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3709  putative hydrolase  41.88 
 
 
248 aa  189  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.75833e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2939  putative hydrolase  43.16 
 
 
246 aa  189  3e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2075  putative hydrolase  43.04 
 
 
245 aa  189  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.674909  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2165  putative hydrolase  43.04 
 
 
245 aa  188  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.213486  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2446  putative hydrolase  43.04 
 
 
245 aa  189  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2053  putative hydrolase  43.04 
 
 
245 aa  188  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1369  putative hydrolase  41.88 
 
 
251 aa  188  6e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.979942  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1798  putative hydrolase  42.61 
 
 
245 aa  188  6e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00489097  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2794  putative hydrolase  42.31 
 
 
252 aa  186  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.165673 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1934  putative hydrolase  43.48 
 
 
245 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000352911  hitchhiker  0.00478063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2619  putative hydrolase  41.88 
 
 
252 aa  185  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000339322 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1467  putative hydrolase  40.6 
 
 
254 aa  184  1e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001417  histidinol phosphatase  41.03 
 
 
248 aa  184  1e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1550  putative hydrolase  41.74 
 
 
245 aa  184  1e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.115806  normal  0.103219 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0344  putative hydrolase  41.42 
 
 
250 aa  183  2e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00676194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1503  putative hydrolase  40.6 
 
 
254 aa  183  2e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1232  putative hydrolase  41.3 
 
 
245 aa  183  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2880  putative hydrolase  40.6 
 
 
254 aa  183  2e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00014614 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1472  putative hydrolase  40.6 
 
 
254 aa  183  2e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.855662  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2237  putative hydrolase  41.3 
 
 
245 aa  183  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.616812 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2054  putative hydrolase  41.3 
 
 
245 aa  183  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0675001  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1202  putative hydrolase  41.3 
 
 
245 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.499056  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04983  putative hydrolase  40.68 
 
 
251 aa  182  4e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2280  putative hydrolase  40.43 
 
 
245 aa  181  8e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0063  phosphotransferase domain-containing protein  39.32 
 
 
236 aa  180  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1247  putative hydrolase  40.87 
 
 
245 aa  179  3e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.428207 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1436  putative hydrolase  41.03 
 
 
260 aa  177  9e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2611  PHP domain protein  40.87 
 
 
245 aa  177  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  5.86023e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3779  PHP domain protein  38.26 
 
 
243 aa  176  3e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.262487  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2185  putative hydrolase  38.36 
 
 
245 aa  173  2e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001195  histidinol phosphatase  37.71 
 
 
251 aa  173  2e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0887  putative hydrolase  39.83 
 
 
247 aa  173  2e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214006  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2295  putative hydrolase  40.43 
 
 
245 aa  172  6e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.31426  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2099  putative hydrolase  40.43 
 
 
245 aa  172  6e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.95835 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2565  putative hydrolase  40.43 
 
 
245 aa  172  6e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.155213 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1152  putative hydrolase  40.43 
 
 
245 aa  172  6e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0656771  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1412  putative hydrolase  40.43 
 
 
245 aa  172  6e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0615585 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01031  hypothetical protein  40.43 
 
 
245 aa  172  6e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01038  hypothetical protein  40.43 
 
 
245 aa  172  6e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1153  putative hydrolase  40.43 
 
 
245 aa  171  8e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0627  phosphotransferase domain-containing protein  38.14 
 
 
242 aa  170  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  1.35059e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0316  putative hydrolase  39.57 
 
 
244 aa  169  3e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3868  putative hydrolase  36.32 
 
 
250 aa  160  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341145  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1177  phosphotransferase domain-containing protein  29.3 
 
 
243 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.133886  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0109  PHP domain protein  29.96 
 
 
270 aa  101  1e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.165533 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05670  DNA polymerase X family protein  30.92 
 
 
573 aa  84.7  1e-15  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3942  PHP domain protein  28.57 
 
 
245 aa  84.3  2e-15  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.08896e-05  normal  0.54969 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1730  DNA-directed DNA polymerase  29.46 
 
 
570 aa  81.3  1e-14  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0586087  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1600  PHP domain protein  27.5 
 
 
580 aa  79.7  3e-14  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1814  PHP domain protein  28.51 
 
 
571 aa  79.7  4e-14  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.873874  normal  0.593252 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1105  DNA-dependent DNA polymerase family X protein  27.46 
 
 
557 aa  78.6  9e-14  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0282445  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15900  PHP domain protein  28.12 
 
 
246 aa  78.2  1e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00203207  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0486  PHP-like protein  28.02 
 
 
574 aa  76.6  3e-13  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3241  hypothetical protein  27.02 
 
 
572 aa  75.9  5e-13  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287288  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5838  PHP domain protein  32.54 
 
 
592 aa  75.5  7e-13  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1792  DNA-directed DNA polymerase  29.39 
 
 
576 aa  74.7  1e-12  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.197029  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0575  hypothetical protein  25.4 
 
 
573 aa  74.7  1e-12  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  4.26901e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1664  phosphotransferase domain-containing protein  29.11 
 
 
577 aa  74.3  1e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0958  PHP domain protein  25.6 
 
 
574 aa  73.9  2e-12  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0038338  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4381  hypothetical protein  25.4 
 
 
572 aa  74.3  2e-12  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.150026  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4795  hypothetical protein  25.4 
 
 
572 aa  73.9  2e-12  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.114766  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4448  hypothetical protein  25.4 
 
 
572 aa  73.9  2e-12  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2389  DNA polymerase X family protein  27.88 
 
 
584 aa  73.9  2e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.766089  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4666  hypothetical protein  25.4 
 
 
573 aa  73.6  3e-12  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.0928e-12 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4286  hypothetical protein  25.4 
 
 
572 aa  73.2  3e-12  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000879454  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4679  hypothetical protein  25.81 
 
 
573 aa  73.2  3e-12  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.48289e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4679  hypothetical protein  25.4 
 
 
572 aa  73.6  3e-12  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0956211  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4297  hypothetical protein  25.4 
 
 
572 aa  73.6  3e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.558706  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6605  DNA-directed DNA polymerase  27.13 
 
 
586 aa  73.2  3e-12  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.403533  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1440  PHP domain protein  29.33 
 
 
576 aa  72.8  4e-12  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0200406  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4663  hypothetical protein  25 
 
 
573 aa  72  7e-12  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00758489  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1154  phosphotransferase domain-containing protein  29.25 
 
 
578 aa  71.6  9e-12  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  2.51601e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0250  PHP domain protein  28.99 
 
 
578 aa  71.6  1e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00055482 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1948  PHP domain protein  29.07 
 
 
576 aa  70.1  3e-11  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.453444  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0230  PHP-like protein  28.23 
 
 
569 aa  69.7  4e-11  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.4179  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0599  DNA-binding/PHP domain-containing protein  25.6 
 
 
578 aa  69.3  5e-11  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.11495e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1786  phosphotransferase domain-containing protein  31.93 
 
 
543 aa  69.3  5e-11  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2634  DNA-directed DNA polymerase  31.25 
 
 
583 aa  69.3  5e-11  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1586  DNA Polymerase X family  25.6 
 
 
594 aa  68.9  6e-11  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0273065  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5440  hypothetical protein  26.47 
 
 
334 aa  68.9  6e-11  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.763333  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2025  PHP domain protein  26.64 
 
 
275 aa  68.9  7e-11  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1121  hypothetical protein  26.42 
 
 
334 aa  68.9  7e-11  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>