132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1798 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1798  putative hydrolase  100 
 
 
245 aa  510  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00489097  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2075  putative hydrolase  97.14 
 
 
245 aa  498  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.674909  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2053  putative hydrolase  85.71 
 
 
245 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2446  putative hydrolase  85.31 
 
 
245 aa  442  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2165  putative hydrolase  85.71 
 
 
245 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.213486  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2280  putative hydrolase  82.04 
 
 
245 aa  436  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2185  putative hydrolase  80.82 
 
 
245 aa  433  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1934  putative hydrolase  83.67 
 
 
245 aa  423  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000352911  hitchhiker  0.00478063 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1550  putative hydrolase  77.55 
 
 
245 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.115806  normal  0.103219 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1232  putative hydrolase  75.92 
 
 
245 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1202  putative hydrolase  75.92 
 
 
245 aa  384  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.499056  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2054  putative hydrolase  75.92 
 
 
245 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0675001  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2237  putative hydrolase  75.92 
 
 
245 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.616812 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1247  putative hydrolase  75.51 
 
 
245 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.428207 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2611  PHP domain protein  73.47 
 
 
245 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000586023  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0316  putative hydrolase  71.84 
 
 
244 aa  375  1e-103  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01031  hypothetical protein  73.88 
 
 
245 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01038  hypothetical protein  73.88 
 
 
245 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1152  putative hydrolase  73.88 
 
 
245 aa  360  2e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0656771  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1153  putative hydrolase  73.88 
 
 
245 aa  359  2e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2565  putative hydrolase  73.88 
 
 
245 aa  360  2e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.155213 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2099  putative hydrolase  73.88 
 
 
245 aa  360  2e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.95835 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2295  putative hydrolase  73.88 
 
 
245 aa  360  2e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.31426  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1412  putative hydrolase  73.88 
 
 
245 aa  360  2e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0615585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1706  putative hydrolase  63.93 
 
 
249 aa  341  5e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.946189 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2686  putative hydrolase  64.34 
 
 
252 aa  337  9e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.796861  unclonable  0.000044786 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1420  putative hydrolase  61.89 
 
 
247 aa  331  6e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0157701 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1472  putative hydrolase  63.93 
 
 
254 aa  329  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.855662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1467  putative hydrolase  63.93 
 
 
254 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1369  putative hydrolase  63.52 
 
 
251 aa  329  3e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.979942  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2939  putative hydrolase  63.93 
 
 
246 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1503  putative hydrolase  63.52 
 
 
254 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2880  putative hydrolase  63.52 
 
 
254 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00014614 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1652  putative hydrolase  63.07 
 
 
252 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3709  putative hydrolase  60.25 
 
 
248 aa  324  8.000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000275833  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1436  putative hydrolase  63.11 
 
 
260 aa  323  2e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2619  putative hydrolase  64.75 
 
 
252 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000339322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2794  putative hydrolase  64.34 
 
 
252 aa  318  5e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.165673 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2233  putative hydrolase  58.51 
 
 
251 aa  293  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3868  putative hydrolase  46.03 
 
 
250 aa  219  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341145  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0887  putative hydrolase  42.39 
 
 
247 aa  206  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214006  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001417  histidinol phosphatase  41.56 
 
 
248 aa  204  7e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1060  putative hydrolase  39.22 
 
 
245 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.464705  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0344  putative hydrolase  41.25 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00676194  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0111  putative hydrolase  41.05 
 
 
241 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2491  putative hydrolase  39.66 
 
 
248 aa  193  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.130978 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001195  histidinol phosphatase  39 
 
 
251 aa  193  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04983  putative hydrolase  38.91 
 
 
251 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2586  putative hydrolase  43.67 
 
 
240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0073149  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2028  PHP domain protein  40.26 
 
 
238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.731698 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4253  putative hydrolase  41.05 
 
 
237 aa  180  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3933  putative hydrolase  42.61 
 
 
238 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00241921  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4017  putative hydrolase  41.92 
 
 
238 aa  176  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.59903e-24 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2292  putative hydrolase  37.23 
 
 
239 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0657  PHP domain protein  37 
 
 
235 aa  171  1e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0620  putative hydrolase  37.07 
 
 
240 aa  171  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000619827  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19230  biotin (acetyl-CoA carboxylase) synthetase  36.75 
 
 
239 aa  159  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0261596  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1950  putative hydrolase  36.4 
 
 
244 aa  159  4e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0627  phosphotransferase domain-containing protein  33.91 
 
 
242 aa  149  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000135059  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3779  PHP domain protein  31.76 
 
 
243 aa  134  9.999999999999999e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.262487  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0063  phosphotransferase domain-containing protein  29.44 
 
 
236 aa  125  5e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0109  PHP domain protein  25.19 
 
 
270 aa  96.3  4e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.165533 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1177  phosphotransferase domain-containing protein  25.98 
 
 
243 aa  95.1  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.133886  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3942  PHP domain protein  27.13 
 
 
245 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000108896  normal  0.54969 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2389  DNA polymerase X family protein  29.17 
 
 
584 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.766089  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1792  DNA-directed DNA polymerase  28.92 
 
 
576 aa  62.4  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.197029  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6300  DNA-directed DNA polymerase  28.33 
 
 
560 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984431  normal  0.143587 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1600  PHP domain protein  26.58 
 
 
580 aa  60.5  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05670  DNA polymerase X family protein  27.38 
 
 
573 aa  60.8  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15900  PHP domain protein  23.64 
 
 
246 aa  60.5  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00203207  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0486  PHP-like protein  26.19 
 
 
574 aa  59.3  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4036  hypothetical protein  27.13 
 
 
381 aa  58.9  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3241  hypothetical protein  24.11 
 
 
572 aa  58.9  0.00000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287288  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6605  DNA-directed DNA polymerase  31.36 
 
 
586 aa  59.3  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.403533  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4297  hypothetical protein  24.11 
 
 
572 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.558706  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2025  PHP domain protein  20.45 
 
 
275 aa  57.8  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4679  hypothetical protein  24.11 
 
 
572 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0956211  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4286  hypothetical protein  24.11 
 
 
572 aa  57.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000879454  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0958  PHP domain protein  25.31 
 
 
574 aa  57.4  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0038338  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4679  hypothetical protein  24.11 
 
 
573 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000348289  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4666  hypothetical protein  24.11 
 
 
573 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000070928 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4663  hypothetical protein  23.72 
 
 
573 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00758489  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0575  hypothetical protein  23.32 
 
 
573 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000426901  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1154  phosphotransferase domain-containing protein  25.7 
 
 
578 aa  55.8  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000251601  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2633  hypothetical protein  28.5 
 
 
572 aa  55.5  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000221598  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4448  hypothetical protein  24.11 
 
 
572 aa  55.5  0.0000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4795  hypothetical protein  24.11 
 
 
572 aa  55.5  0.0000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.114766  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4381  hypothetical protein  23.32 
 
 
572 aa  54.7  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.150026  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2447  PHP domain protein  28.92 
 
 
580 aa  53.9  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.335837  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0112  PHP domain protein  25.35 
 
 
562 aa  53.5  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4386  phosphotransferase domain-containing protein  27.49 
 
 
588 aa  53.1  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13892  hypothetical protein  24.89 
 
 
335 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0823  hypothetical protein  27.57 
 
 
574 aa  52.4  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1963  phosphotransferase domain-containing protein  27.36 
 
 
614 aa  52  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4254  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1634  phosphotransferase domain-containing protein  26.86 
 
 
569 aa  52  0.000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0081  family X DNA polymerase IV  24.72 
 
 
563 aa  51.6  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.439053  normal  0.0727641 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1315  phosphotransferase domain-containing protein  25.9 
 
 
588 aa  51.2  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0901  PHP-like  22.43 
 
 
598 aa  51.2  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1901  PHP domain protein  28.38 
 
 
347 aa  51.2  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4412  PHP domain protein  26.14 
 
 
579 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.103593  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>