207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2313 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2313  Rubrerythrin  100 
 
 
178 aa  365  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  3.07395e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1910  Rubrerythrin  96.07 
 
 
178 aa  355  2e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.43857 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2797  rubrerythrin  68.02 
 
 
178 aa  249  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.31636e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1869  Rubrerythrin  66.48 
 
 
179 aa  242  3e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.390232  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0524  rubrerythrin  66.48 
 
 
179 aa  236  1e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1986  Rubrerythrin  61.14 
 
 
177 aa  224  7e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.07911e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08560  rubrerythrin  61.24 
 
 
179 aa  223  9e-58  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.249013 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0163  Rubrerythrin  61.8 
 
 
178 aa  223  1e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  2.418e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12890  rubrerythrin  59.55 
 
 
179 aa  219  2e-56  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199021  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1286  rubrerythrin  57.07 
 
 
191 aa  219  2e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0599979  hitchhiker  1.1253e-05 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2716  Rubrerythrin  56.38 
 
 
190 aa  215  3e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.275247 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0543  rubrerythrin  58.99 
 
 
178 aa  214  5e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.37944  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1311  rubrerythrin  57.67 
 
 
190 aa  214  7e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.395984  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0009  rubrerythrin  57.59 
 
 
191 aa  213  8e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.195637  hitchhiker  0.00235505 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12020  rubrerythrin  59.54 
 
 
221 aa  211  3e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  2.56435e-05  normal  0.664088 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0999  hypothetical protein  61.11 
 
 
180 aa  212  3e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0268457  normal  0.36555 
 
 
-
 
NC_002950  PG0195  rubrerythrin  56.91 
 
 
192 aa  211  7e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.766512 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2346  rubrerythrin  57.45 
 
 
190 aa  210  8e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000333134  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2276  rubrerythrin  55.03 
 
 
190 aa  209  2e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.430774 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0847  rubrerythrin  56.18 
 
 
179 aa  208  4e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0490534  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0840  rubrerythrin  56.5 
 
 
179 aa  207  6e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2647  rubrerythrin  54.97 
 
 
191 aa  207  8e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  3.77128e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0860  rubrerythrin  53.81 
 
 
197 aa  207  9e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.069269  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2235  Rubrerythrin  57.23 
 
 
392 aa  205  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00102881  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  58.05 
 
 
696 aa  204  8e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2212  rubrerythrin  60.57 
 
 
177 aa  203  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  56.9 
 
 
696 aa  202  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1680  Rubrerythrin  52.66 
 
 
188 aa  202  3e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2072  Rubrerythrin  52.36 
 
 
191 aa  201  4e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.813169  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1036  rubrerythrin  58.19 
 
 
179 aa  199  2e-50  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.264339  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2814  rubrerythrin  54.79 
 
 
190 aa  199  2e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.773613  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2379  rubrerythrin  53.4 
 
 
191 aa  197  7e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0439288  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0434  rubrerythrin  51.83 
 
 
191 aa  197  7e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2277  rubrerythrin  54.79 
 
 
190 aa  195  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.197935  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1797  Rubrerythrin  53.72 
 
 
192 aa  193  8e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136768  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1205  Rubrerythrin  54.26 
 
 
192 aa  194  8e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.521926  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0667  rubrerythrin  52.36 
 
 
191 aa  193  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.946538 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0670  rubrerythrin  55.62 
 
 
179 aa  193  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0740275  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1965  rubrerythrin  51.83 
 
 
191 aa  192  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00228469  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3459  Rubrerythrin  50.53 
 
 
192 aa  191  5e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0133  rubrerythrin  50.26 
 
 
195 aa  188  4e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000905635  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3252  rubrerythrin  50.79 
 
 
191 aa  187  5e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.63877  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2367  Rubrerythrin  49.74 
 
 
191 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.565711 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0285  rubrerythrin  49.21 
 
 
191 aa  186  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.026265 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0122  Rubrerythrin  56.42 
 
 
181 aa  185  2e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  1.48271e-09  normal  0.250808 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0132  rubrerythrin  49.23 
 
 
195 aa  185  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1222  rubrerythrin  51.89 
 
 
191 aa  183  9e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  6.72055e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2264  Rubrerythrin  48.97 
 
 
196 aa  183  1e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0219984  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1668  Rubrerythrin  51.74 
 
 
233 aa  182  2e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.428689 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0382  Rubrerythrin  47.42 
 
 
194 aa  176  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.4183e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0633  Rubrerythrin  48.11 
 
 
191 aa  172  2e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  6.54398e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2613  rubrerythrin  45.55 
 
 
191 aa  167  6e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  8.75235e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0972  rubrerythrin  45.83 
 
 
194 aa  164  5e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.367114  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1657  rubrerythrin  45.83 
 
 
194 aa  163  1e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1565  rubrerythrin  44.27 
 
 
194 aa  162  2e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0893  Rubrerythrin  43.68 
 
 
194 aa  160  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.180396  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0325  rubrerythrin  43.92 
 
 
195 aa  160  1e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.560367  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1657  Rubrerythrin  44.85 
 
 
196 aa  160  1e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0256  rubrerythrin  44.04 
 
 
194 aa  159  3e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1538  rubrerythrin  41.86 
 
 
178 aa  152  3e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0174784  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1331  rubrerythrin  41.86 
 
 
178 aa  152  3e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0282824  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1319  Rubrerythrin  42.78 
 
 
216 aa  145  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  1.15937e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0323  rubrerythrin  42.69 
 
 
215 aa  143  1e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.280139  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0012  rubrerythrin  45.61 
 
 
183 aa  140  1e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000245189  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0038  rubrerythrin  45.61 
 
 
183 aa  139  1e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0308291  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0011  rubrerythrin  45.61 
 
 
183 aa  140  1e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0081  rubrerythrin  44.44 
 
 
215 aa  137  7e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1910  enolase (2-phosphoglycerate dehydratase; 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase)  43.53 
 
 
214 aa  133  1e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  2.89321e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0102  Rubrerythrin  44.65 
 
 
172 aa  130  9e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000956858  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0765  rubrerythrin  51.45 
 
 
139 aa  130  1e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0897  Rubrerythrin  45.29 
 
 
167 aa  130  1e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  1.70126e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0812  Rubrerythrin  51.45 
 
 
139 aa  130  1e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.311039  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0816  Rubrerythrin  51.45 
 
 
139 aa  130  1e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.850506  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0811  rubrerythrin  52.9 
 
 
139 aa  128  5e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0402647 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1185  Rubrerythrin  42.17 
 
 
164 aa  128  5e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  9.58071e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0743  rubrerythrin  46.71 
 
 
165 aa  126  2e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0084  rubrerythrin  44.77 
 
 
169 aa  123  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.69995e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4924  rubrerythrin  51.43 
 
 
140 aa  122  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0358727 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2098  putative oxidative stress related rubrerythrin protein  48.55 
 
 
168 aa  123  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4116  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  122  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2281  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  122  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.146711 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5541  rubrerythrin  50.71 
 
 
140 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.334628  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3709  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4548  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565518  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0916  rubrerythrin  44.87 
 
 
165 aa  122  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3815  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3718  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.338821 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2491  putative rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  121  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0268  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  121  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0924  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  121  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0835  Rubrerythrin  50 
 
 
139 aa  121  6e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  3.45358e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1645  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  121  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.500908  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0538  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  121  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.817391  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1448  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  121  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.732112  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0300  rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  121  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.895239  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2629  putative rubrerythrin  50 
 
 
140 aa  121  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1755  Rubrerythrin  42.51 
 
 
166 aa  120  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368043  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0418  Rubrerythrin  48.55 
 
 
139 aa  120  1e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1247  Rubrerythrin  41.1 
 
 
165 aa  120  1e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1646  Rubrerythrin  43.59 
 
 
165 aa  119  2e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>