More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0075 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  100 
 
 
216 aa  431  1e-120  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0118  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  59.31 
 
 
217 aa  215  3e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1521  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.21 
 
 
229 aa  214  1e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3202  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.19 
 
 
217 aa  202  2e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.961371 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.61 
 
 
217 aa  201  1e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12930  uracil-DNA glycosylase, family 4  53.96 
 
 
211 aa  199  4e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4052  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.93 
 
 
202 aa  196  2e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.833859  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0522  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.5 
 
 
208 aa  195  6e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078684 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2690  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.22 
 
 
224 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2785  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.19 
 
 
224 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0834  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.94 
 
 
223 aa  188  5e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597478  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2572  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.36 
 
 
260 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  0.578981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8784  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.77 
 
 
222 aa  186  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3335  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.76 
 
 
211 aa  185  5e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0920628 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.26 
 
 
229 aa  182  5e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.77 
 
 
230 aa  181  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.77 
 
 
230 aa  181  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.88 
 
 
480 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3623  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.89 
 
 
216 aa  177  9e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1181  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.14 
 
 
224 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.96 
 
 
209 aa  176  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.26 
 
 
225 aa  175  5e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237053  normal  0.0854342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  51.27 
 
 
496 aa  174  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.25 
 
 
495 aa  174  8e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1481  putative phage DNA polymerase  47.98 
 
 
235 aa  173  2e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2808  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.44 
 
 
237 aa  172  3e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  50.53 
 
 
477 aa  170  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  52.36 
 
 
428 aa  169  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4407  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49 
 
 
213 aa  166  3e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.380012 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.96 
 
 
213 aa  164  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.669863  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5910  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.03 
 
 
220 aa  161  5e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.94 
 
 
213 aa  161  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.83 
 
 
484 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.79 
 
 
206 aa  153  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  44.15 
 
 
492 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.36 
 
 
476 aa  152  3e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.12 
 
 
493 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  48.17 
 
 
474 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.78 
 
 
207 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.59 
 
 
485 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.14 
 
 
485 aa  146  2e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.12 
 
 
493 aa  146  2e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.26 
 
 
485 aa  146  2e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.94 
 
 
484 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  51.14 
 
 
485 aa  145  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  46.41 
 
 
218 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  46.41 
 
 
218 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  47.85 
 
 
218 aa  144  8e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.65 
 
 
476 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0404  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.37 
 
 
214 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.112864  normal  0.964796 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.96 
 
 
219 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47 
 
 
223 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47 
 
 
223 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47 
 
 
223 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.07 
 
 
217 aa  142  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  50.58 
 
 
485 aa  142  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5408  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.96 
 
 
244 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.51 
 
 
217 aa  140  1e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.88 
 
 
490 aa  139  5e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.65 
 
 
491 aa  137  9e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.72 
 
 
187 aa  134  7e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  8.74061e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.26 
 
 
465 aa  133  2e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4396  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.35 
 
 
207 aa  130  1e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.59 
 
 
479 aa  129  5e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.72 
 
 
210 aa  128  7e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.54 
 
 
546 aa  128  7e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.7 
 
 
201 aa  125  6e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0503  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.53 
 
 
216 aa  123  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0113  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.57 
 
 
206 aa  119  4e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.8 
 
 
186 aa  117  1e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.59527e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  43.71 
 
 
507 aa  117  2e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.68 
 
 
205 aa  108  4e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0290  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.34 
 
 
207 aa  107  9e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.74 
 
 
249 aa  107  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2161  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.6 
 
 
191 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.336529  hitchhiker  0.000279236 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.31 
 
 
345 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.53 
 
 
209 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0483  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.29 
 
 
195 aa  106  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  6.59964e-10  normal  0.795166 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.31 
 
 
367 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1234  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.98 
 
 
358 aa  105  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532559  normal  0.188562 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.69 
 
 
220 aa  105  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.75 
 
 
305 aa  105  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.44 
 
 
330 aa  105  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.97 
 
 
199 aa  105  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.14 
 
 
380 aa  105  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.22 
 
 
285 aa  105  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1838  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.64 
 
 
185 aa  105  6e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  37.69 
 
 
455 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.67 
 
 
205 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  37.69 
 
 
455 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2082  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.69 
 
 
455 aa  104  8e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.268517  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2607  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.69 
 
 
468 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1355  uracil-DNA glycosylase  37.69 
 
 
455 aa  104  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00548958  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3230  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.69 
 
 
455 aa  104  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.31 
 
 
295 aa  104  8e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.43 
 
 
209 aa  104  9e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.66 
 
 
317 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0935  uracil-DNA glycosylase  36.46 
 
 
255 aa  104  1e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.08 
 
 
290 aa  103  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.31 
 
 
245 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>