More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1926 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01685  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124084  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1797  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.88806e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2009  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.824907 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1935  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  6.33644e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2434  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  7.69531e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1464  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.41069  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1447  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.135033  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01674  hypothetical protein  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0196333  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1431  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00452751  normal  0.0170461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1916  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0615082  normal  0.489101 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1475  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00112766  normal  0.994908 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1958  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.26645e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1926  ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  8.81806e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1837  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
118 aa  226  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  2.64555e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1727  50S ribosomal protein L20  98.31 
 
 
118 aa  224  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.49225 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2488  50S ribosomal protein L20  87.29 
 
 
119 aa  206  8e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  8.2554e-06  hitchhiker  7.96215e-05 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0939  50S ribosomal protein L20  89.74 
 
 
117 aa  206  9e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.48381e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2496  50S ribosomal protein L20  88.98 
 
 
118 aa  206  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00192283  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003713  LSU ribosomal protein L20p  88.89 
 
 
117 aa  205  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000104464  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02082  50S ribosomal protein L20  88.89 
 
 
117 aa  205  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2123  50S ribosomal protein L20  87.29 
 
 
119 aa  205  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  3.59041e-07  normal  0.016896 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1768  50S ribosomal protein L20  87.29 
 
 
119 aa  204  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.1709e-07  normal  0.0190948 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2046  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.87614e-09  hitchhiker  0.00333012 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2018  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1958  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.62165e-07  normal  0.497021 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1708  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0547661  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2187  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144083  normal  0.0378081 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2151  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.37835e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2302  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2015  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000132248  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2219  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.21277e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2327  50S ribosomal protein L20  87.18 
 
 
118 aa  203  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000174207  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2260  50S ribosomal protein L20  86.44 
 
 
119 aa  203  8e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  5.55159e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2029  50S ribosomal protein L20  86.44 
 
 
119 aa  202  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000108915  hitchhiker  2.36508e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2025  50S ribosomal protein L20  85.59 
 
 
119 aa  202  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.240457  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1715  50S ribosomal protein L20  97.46 
 
 
118 aa  194  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.52316e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2622  50S ribosomal protein L20  97.46 
 
 
118 aa  194  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.15786e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1954  ribosomal protein L20  96.61 
 
 
118 aa  194  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.228066  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2050  ribosomal protein L20  96.61 
 
 
118 aa  194  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834597  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1891  50S ribosomal protein L20  96.61 
 
 
118 aa  194  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1823  50S ribosomal protein L20  97.46 
 
 
118 aa  194  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000424012  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2183  50S ribosomal protein L20  96.61 
 
 
118 aa  194  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0855617  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2216  ribosomal protein L20  84.75 
 
 
118 aa  192  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000311515  normal  0.131567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2507  50S ribosomal protein L20  83.9 
 
 
118 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28680  50S ribosomal protein L20  83.9 
 
 
118 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  5.31022e-10 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0875  50S ribosomal protein L20  95.73 
 
 
117 aa  191  3e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.8916e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2147  ribosomal protein L20  96.61 
 
 
118 aa  191  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00368004  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1757  50S ribosomal protein L20  90.57 
 
 
117 aa  190  6e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0134124  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1979  50S ribosomal protein L20  83.9 
 
 
118 aa  189  8e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0347964  normal  0.0774628 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  83.05 
 
 
118 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20450  50S ribosomal protein L20  82.2 
 
 
118 aa  188  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.834025  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  83.05 
 
 
118 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  83.05 
 
 
118 aa  189  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3478  50S ribosomal protein L20  82.2 
 
 
118 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800064  hitchhiker  0.00881726 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3222  50S ribosomal protein L20  82.2 
 
 
118 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1970  50S ribosomal protein L20  82.2 
 
 
118 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0648376  hitchhiker  0.00701004 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2468  50S ribosomal protein L20  82.2 
 
 
118 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164678  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2317  50S ribosomal protein L20  80.51 
 
 
118 aa  187  6e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.05852e-10  normal  0.195139 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0469  50S ribosomal protein L20  77.12 
 
 
120 aa  186  8e-47  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.667366  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  77.97 
 
 
118 aa  185  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  80.17 
 
 
117 aa  184  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2594  ribosomal protein L20  79.66 
 
 
118 aa  183  8e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  6.49926e-06  hitchhiker  0.00570674 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2906  50S ribosomal protein L20  90.68 
 
 
119 aa  182  1e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499167  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2300  50S ribosomal protein L20  77.97 
 
 
118 aa  181  2e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  8.21818e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1997  50S ribosomal protein L20  77.97 
 
 
118 aa  181  2e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00229305  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02482  50S ribosomal protein L20  90.68 
 
 
118 aa  181  4e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0118803  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2058  50S ribosomal protein L20  79.49 
 
 
117 aa  181  4e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.524551  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0696  50S ribosomal protein L20  84.4 
 
 
115 aa  180  7e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129228  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3022  50S ribosomal protein L20  75.42 
 
 
119 aa  178  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1412  50S ribosomal protein L20  76.27 
 
 
119 aa  176  1e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00164339  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1475  50S ribosomal protein L20  76.27 
 
 
119 aa  176  1e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.44649e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0765  50S ribosomal protein L20P  72.88 
 
 
119 aa  175  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.9715  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2640  50S ribosomal protein L20  79.66 
 
 
119 aa  173  6e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2767  50S ribosomal protein L20  79.66 
 
 
119 aa  173  6e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2000  50S ribosomal protein L20  73.73 
 
 
120 aa  173  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0210248  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0490  50S ribosomal protein L20  72.88 
 
 
119 aa  172  1e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.397114  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0915  ribosomal protein L20  73.73 
 
 
119 aa  171  4e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2753  50S ribosomal protein L20  71.19 
 
 
119 aa  168  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0178087  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1402  50S ribosomal protein L20  71.19 
 
 
119 aa  168  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.274987  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1374  50S ribosomal protein L20  71.19 
 
 
119 aa  168  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107797  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1580  50S ribosomal protein L20  72.03 
 
 
119 aa  169  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1362  50S ribosomal protein L20  71.19 
 
 
119 aa  168  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1580  50S ribosomal protein L20  68.64 
 
 
118 aa  167  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2397  50S ribosomal protein L20  71.19 
 
 
119 aa  167  6e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.703088  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1644  50S ribosomal protein L20  67.8 
 
 
118 aa  167  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187432  normal  0.12551 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1776  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1893  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.292968  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1555  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1715  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179133  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1738  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.183281  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0966  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215823  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4618  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0133372  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1455  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.324727  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1478  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.727027  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1093  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0111531  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0200  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00269198  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2592  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.808755  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1451  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0996  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1536  50S ribosomal protein L20  70.34 
 
 
119 aa  166  9e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25728  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>