271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1925 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01686  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100016  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1430  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000901433  normal  0.0165189 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1446  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.109072  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1798  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.0614e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1838  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.21921e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2010  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.800044 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2435  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.80293e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1959  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.43205e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01675  hypothetical protein  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0162765  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1463  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.3269  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1925  ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.59648e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1915  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414534  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1474  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
65 aa  128  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0002542  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1726  50S ribosomal protein L35  98.46 
 
 
65 aa  125  2e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0353101  normal  0.481897 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1953  50S ribosomal protein L35  93.85 
 
 
65 aa  120  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.215037  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2182  50S ribosomal protein L35  92.31 
 
 
65 aa  118  2e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0779373  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2051  50S ribosomal protein L35  93.85 
 
 
65 aa  119  2e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0770661  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1890  50S ribosomal protein L35  90.77 
 
 
65 aa  118  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1822  50S ribosomal protein L35  89.23 
 
 
65 aa  116  8e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  8.37501e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1714  50S ribosomal protein L35  89.23 
 
 
65 aa  116  8e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.06642e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2623  50S ribosomal protein L35  89.23 
 
 
65 aa  116  8e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.43878e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2146  50S ribosomal protein L35  89.23 
 
 
65 aa  116  1e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00145013  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0876  50S ribosomal protein L35  76.92 
 
 
65 aa  100  7e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.62638e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0470  ribosomal protein L35  69.23 
 
 
65 aa  93.2  1e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.835953  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2217  ribosomal protein L35  64.62 
 
 
94 aa  85.1  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000246908  normal  0.126884 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02483  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
65 aa  82.4  2e-15  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00760288  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2016  50S ribosomal protein L35  67.69 
 
 
64 aa  81.6  4e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.10298e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1665  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  80.1  1e-14  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2186  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
64 aa  80.1  1e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  7.22256e-05  normal  0.0355999 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2328  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
64 aa  80.1  1e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  8.25235e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2220  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
64 aa  80.1  1e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.30929e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2150  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
64 aa  80.1  1e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.91739e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1767  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
64 aa  79  2e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  8.52967e-08  normal  0.0187188 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1707  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
64 aa  78.6  3e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0213276  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2026  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
64 aa  78.6  3e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0783263  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2045  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
64 aa  78.6  3e-14  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.99534e-09  hitchhiker  0.00708309 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1957  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
64 aa  78.6  3e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.32572e-07  normal  0.347549 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2019  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
64 aa  78.6  3e-14  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000101706  normal  0.0487659 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2489  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
64 aa  78.6  3e-14  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  6.37036e-06  hitchhiker  7.46157e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2301  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
64 aa  78.6  3e-14  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2122  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
64 aa  78.2  4e-14  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.15801e-07  normal  0.0294636 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003714  LSU ribosomal protein L35p  63.08 
 
 
64 aa  77  7e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.81829e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2030  50S ribosomal protein L35  63.08 
 
 
64 aa  77.4  7e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  7.22543e-05  hitchhiker  2.19314e-05 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2497  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
65 aa  76.6  9e-14  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00340395  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2261  50S ribosomal protein L35  63.08 
 
 
64 aa  76.6  1e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.46297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1452  ribosomal protein L35  62.5 
 
 
65 aa  76.6  1e-13  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.150894  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0695  ribosomal protein L35  63.08 
 
 
65 aa  76.6  1e-13  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0980955  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02081  50S ribosomal protein L35  60 
 
 
64 aa  75.9  2e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2612  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
65 aa  74.3  5e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0594985  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1142  50S ribosomal protein L35  60 
 
 
65 aa  74.3  5e-13  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.61072e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2241  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
65 aa  74.3  5e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00115942  hitchhiker  0.00480689 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0940  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
64 aa  73.9  6e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.54984e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0914  ribosomal protein L35  60.94 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1758  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 
64 aa  72.8  1e-12  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2018  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
65 aa  72.4  2e-12  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2595  50S ribosomal protein L35  56.25 
 
 
64 aa  72.4  2e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  5.19025e-07  hitchhiker  0.00116473 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2097  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
65 aa  71.2  5e-12  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01385  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
65 aa  70.1  8e-12  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2803  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
65 aa  70.1  9e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0766  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  70.1  1e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2995  ribosomal protein L35  53.12 
 
 
66 aa  69.3  1e-11  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1009  50S ribosomal protein L35P  56.92 
 
 
65 aa  68.9  2e-11  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0922518  hitchhiker  0.0085078 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1420  ribosomal protein L35  56.25 
 
 
65 aa  68.9  2e-11  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.90106e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1871  ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  67.4  6e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  1.88111e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2637  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 
65 aa  67  8e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.163287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1517  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  67  9e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00941946  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28670  50S ribosomal protein L35  61.29 
 
 
64 aa  65.5  2e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.7021e-09 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2907  ribosomal protein L35  63.64 
 
 
101 aa  65.5  2e-10  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471347  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2506  50S ribosomal protein L35  61.29 
 
 
64 aa  65.5  2e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.684912  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1318  ribosomal protein L35  56.92 
 
 
64 aa  65.1  3e-10  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.35652  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0709  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
65 aa  64.7  4e-10  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  1.32711e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1857  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  64.3  5e-10  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  9.05032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2145  50S ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  64.3  5e-10  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  3.7882e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0488  50S ribosomal protein L35  55.56 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000885309  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3023  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 
65 aa  62.8  2e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0982  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
65 aa  62.8  2e-09  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0841883 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2001  50S ribosomal protein L35P  53.97 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0130394  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1413  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 
65 aa  62.4  2e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.96271e-12  normal  0.451536 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2626  50S ribosomal protein L35  54.69 
 
 
65 aa  62  3e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.18579e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1801  50S ribosomal protein L35  57.14 
 
 
64 aa  61.6  3e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00132404  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0714  50S ribosomal protein L35P  53.12 
 
 
79 aa  60.8  6e-09  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.391408  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1614  50S ribosomal protein L35  53.12 
 
 
64 aa  59.7  1e-08  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.48702e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1992  ribosomal protein L35  51.56 
 
 
65 aa  58.9  2e-08  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.709618  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1277  50S ribosomal protein L35  52.31 
 
 
65 aa  59.3  2e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147861  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2306  ribosomal protein L35  51.56 
 
 
65 aa  58.9  2e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0184658  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2059  ribosomal protein L35  53.12 
 
 
63 aa  59.3  2e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.617937  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2399  ribosomal protein L35  53.97 
 
 
63 aa  58.9  2e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00298171  normal  0.367465 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0045  ribosomal protein L35  50 
 
 
65 aa  58.9  2e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17871  50S ribosomal protein L35  50.77 
 
 
65 aa  59.3  2e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.262265  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2228  ribosomal protein L35  51.56 
 
 
65 aa  58.9  2e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00277145 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0426  ribosomal protein L35  51.56 
 
 
65 aa  58.5  3e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  2.76792e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1822  LSU ribosomal protein L35P  56.25 
 
 
64 aa  58.5  3e-08  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000209842  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1091  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 
64 aa  58.5  3e-08  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  3.60763e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0055  50S ribosomal protein L35  49.23 
 
 
65 aa  58.5  3e-08  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.487079  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1969  50S ribosomal protein L35  56.45 
 
 
64 aa  58.2  3e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00375988  hitchhiker  0.00635162 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1978  50S ribosomal protein L35  56.9 
 
 
64 aa  58.5  3e-08  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0378736  normal  0.0703875 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2467  50S ribosomal protein L35  58.62 
 
 
64 aa  58.2  4e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00110477  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3479  50S ribosomal protein L35  58.62 
 
 
64 aa  58.2  4e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0370445  normal  0.0138501 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3223  50S ribosomal protein L35  58.62 
 
 
64 aa  58.2  4e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3260  50S ribosomal protein L35  52.38 
 
 
66 aa  57.8  4e-08  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  6.43202e-08  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>