More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2488 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_2488  DNA-binding protein HU  100 
 
 
91 aa  180  6e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  4.05619e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2802  DNA-binding protein HU  100 
 
 
91 aa  180  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  1.41643e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  72.53 
 
 
91 aa  131  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2657  nucleoid protein Hbs  72.22 
 
 
91 aa  126  8e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000194133  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  70 
 
 
91 aa  124  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  68.54 
 
 
91 aa  122  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.17185e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2424  histone family protein DNA-binding protein  68.89 
 
 
91 aa  120  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  3.94497e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3085  histone family protein DNA-binding protein  65.56 
 
 
91 aa  119  1e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000115471  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0186  histone family protein DNA-binding protein  65.52 
 
 
90 aa  116  1e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0964  histone family protein DNA-binding protein  67.03 
 
 
92 aa  115  2e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  9.94236e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2511  histone family protein DNA-binding protein  62.92 
 
 
92 aa  114  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  6.954e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  62.22 
 
 
91 aa  112  2e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  1.16647e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0115  histone family protein DNA-binding protein  60.67 
 
 
95 aa  110  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552761  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1514  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
91 aa  108  2e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  1.08882e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 
90 aa  108  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  5.52537e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  59.34 
 
 
92 aa  108  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 
90 aa  108  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  61.8 
 
 
91 aa  107  4e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0525  nucleoid protein Hbs  61.36 
 
 
91 aa  107  4e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00046461  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  61.11 
 
 
90 aa  107  8e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  9.97119e-14  hitchhiker  9.85943e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  107  8e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  106  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1763  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 
90 aa  105  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.203917  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0135  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 
91 aa  105  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267128  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.25838e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  60 
 
 
90 aa  105  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  4.7794e-07  unclonable  4.40637e-05 
 
 
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  5.12711e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5693  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 
90 aa  104  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0471576  normal  0.0346696 
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0015  Histone-like DNA-binding protein  54.95 
 
 
97 aa  103  6e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0600  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  103  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0430  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 
90 aa  103  8e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719598  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3158  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 
90 aa  103  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  56.82 
 
 
91 aa  102  1e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  2.96782e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2403  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 
90 aa  102  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  2.37544e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2069  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
95 aa  102  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  56.82 
 
 
91 aa  102  1e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1926  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
92 aa  102  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.01993e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  56.82 
 
 
91 aa  102  2e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  2.65027e-13 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1626  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  102  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  1.33039e-12  hitchhiker  6.38901e-09 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0074  DNA-binding protein HU  56.98 
 
 
90 aa  101  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  4.81156e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  54.44 
 
 
90 aa  101  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  101  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  56.82 
 
 
91 aa  101  3e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  8.54913e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  101  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.05676e-08  hitchhiker  2.99463e-06 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0070  nucleoid protein Hbs  57.3 
 
 
92 aa  101  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0240129  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2477  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 
90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2342  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 
90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.868034  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2136  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 
90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  101  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2152  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 
90 aa  101  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0274093  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2213  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 
90 aa  101  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519209  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2983  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 
90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2407  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 
90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.020348  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2377  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 
90 aa  101  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2395  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 
90 aa  101  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0658  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 
90 aa  101  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2184  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 
90 aa  100  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.170143  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  54.95 
 
 
91 aa  100  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.73721e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.69185e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.59632e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.2491e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  100  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.48442e-10  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  100  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.88309e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  100  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  2.76504e-09  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  100  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.35506e-07  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  100  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  53.33 
 
 
90 aa  100  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.5142e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 
90 aa  100  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  7.91734e-08  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  100  9e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  1.65854e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  55.06 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  99.4  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 
91 aa  99.8  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  4.29798e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.80426e-09  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0429  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
92 aa  99.8  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00929572  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0318  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 
94 aa  99.4  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1910  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  3.11196e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2489  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 
95 aa  99.8  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3858  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 
90 aa  99  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  5.87043e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0600  histone family protein DNA-binding protein  56.67 
 
 
90 aa  98.6  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0791658  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1227  HU family DNA-binding protein  54.44 
 
 
90 aa  99  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.65625e-05  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3756  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 
90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  2.31467e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3574  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 
90 aa  99  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.04463e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1474  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 
90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  1.12809e-10  hitchhiker  4.84208e-06 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3827  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 
90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.18253e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
90 aa  99  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  5.89622e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  53.33 
 
 
90 aa  99  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.90467e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1918  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 
91 aa  98.6  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  8.97645e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3486  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 
90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.48823e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3778  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 
90 aa  99  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  7.04337e-10  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>