194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3976 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3976  DoxX family protein  100 
 
 
174 aa  350  4e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603426  decreased coverage  0.00896237 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4096  DoxX family protein  87.36 
 
 
174 aa  281  3e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0554855  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4440  DoxX family protein  100 
 
 
139 aa  277  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.461632  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1295  DoxX family membrane protein  83.24 
 
 
178 aa  237  7e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174807  normal  0.980217 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5753  DoxX family protein  94.24 
 
 
139 aa  229  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585743  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4551  DoxX family protein  94.24 
 
 
139 aa  229  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3817  DoxX  94.24 
 
 
139 aa  229  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1413  DoxD-like family protein  63.95 
 
 
182 aa  195  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197847  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1209  hypothetical protein  67.18 
 
 
137 aa  188  3e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0177047  normal  0.393618 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5400  DoxX family protein  67.44 
 
 
137 aa  188  3e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0358694  normal  0.0708806 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0214  DoxD-like family protein  66.25 
 
 
167 aa  172  2e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1243  DoxD-like family protein  66.25 
 
 
167 aa  172  2e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1436  DoxX family protein  64.91 
 
 
181 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.921466  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2591  DoxD-like family protein  66.88 
 
 
167 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1351  DoxX family protein  65.09 
 
 
167 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0214907  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1085  DoxX family protein  73.53 
 
 
137 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0487  DoxD-like family protein  73.53 
 
 
137 aa  169  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5848  DoxX family protein  58.02 
 
 
137 aa  157  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6086  DoxX family protein  58.02 
 
 
137 aa  157  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0786046  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6046  DoxX family protein  55.73 
 
 
137 aa  155  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.392213 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3057  DoxX family protein  58.73 
 
 
149 aa  153  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3837  SURF4 domain-containing protein  54.33 
 
 
137 aa  151  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1934  DoxX family protein  54.33 
 
 
155 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.467271  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2500  hypothetical protein  52.76 
 
 
136 aa  146  1e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal  0.0755951 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3035  DoxX family protein  52.71 
 
 
140 aa  144  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.156785  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3706  DoxX family protein  53.12 
 
 
137 aa  142  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5753  DoxX  58.78 
 
 
137 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6600  DoxX family protein  58.78 
 
 
137 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.563715 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6117  DoxX family protein  58.78 
 
 
137 aa  142  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.111641 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3775  putative inner membrane protein YphA  51.94 
 
 
140 aa  139  1e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7619  DoxX  59.54 
 
 
137 aa  140  1e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1134  DoxX family protein  51.94 
 
 
140 aa  139  1e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2696  putative inner membrane protein YphA  51.94 
 
 
140 aa  139  1e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1125  DoxX family protein  51.94 
 
 
140 aa  139  1e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2828  hypothetical protein  51.94 
 
 
140 aa  139  1e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02435  predicted inner membrane protein  51.94 
 
 
164 aa  139  2e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2695  hypothetical protein  51.94 
 
 
155 aa  139  2e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02399  hypothetical protein  51.94 
 
 
164 aa  139  2e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2360  DoxX family protein  53.73 
 
 
136 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.233009 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3205  DoxX family protein  57.36 
 
 
137 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3552  DoxX family protein  57.48 
 
 
137 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.583897  normal  0.164311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2764  DoxX family protein  53.73 
 
 
136 aa  132  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3122  DoxX family protein  48.84 
 
 
139 aa  124  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461418  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3904  DoxX family protein  61.94 
 
 
136 aa  124  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.501063  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2902  DoxX family protein  53.17 
 
 
142 aa  121  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0568871  normal  0.227707 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1283  DoxX family protein  47.62 
 
 
143 aa  120  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1932  DoxX family protein  55.47 
 
 
137 aa  114  5e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.486729 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4554  DoxX family protein  42.74 
 
 
143 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0867  membrane protein yphA  41.94 
 
 
152 aa  101  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.271535 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1637  DoxX  44 
 
 
137 aa  98.2  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00123238  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0372  DoxX family protein  43.75 
 
 
133 aa  98.2  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4045  DoxX family protein  43.09 
 
 
135 aa  97.4  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0512358 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5222  DoxX family protein  42.98 
 
 
144 aa  96.3  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4661  DoxX family protein  44.44 
 
 
145 aa  94  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526141  normal  0.512029 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2074  DoxD-like family protein  38.71 
 
 
145 aa  93.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.480184  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0354  DoxX  40.94 
 
 
127 aa  91.7  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.388731  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2930  DoxX family protein  43.85 
 
 
137 aa  90.9  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1454  DoxX family protein  39.67 
 
 
136 aa  89.4  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4671  DoxX family protein  41.67 
 
 
145 aa  89  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2633  DoxX  42.4 
 
 
128 aa  88.6  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5199  DoxX family protein  41.67 
 
 
145 aa  87.8  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.342492  normal  0.27185 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1386  DoxX family protein  37.4 
 
 
137 aa  87  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.42391  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3555  DoxX family protein  41.73 
 
 
130 aa  86.3  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.453371 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3021  DoxX family protein  40.5 
 
 
133 aa  86.3  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867125  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3493  hypothetical protein  38.24 
 
 
161 aa  85.5  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3527  hypothetical protein  38.24 
 
 
161 aa  85.5  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0510711 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3420  putative inner membrane protein YqjF  38.24 
 
 
161 aa  85.5  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3132  DoxX family protein  38.02 
 
 
143 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3423  hypothetical protein  35.95 
 
 
161 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.318649  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4295  hypothetical protein  39.23 
 
 
140 aa  84.7  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.023682 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3412  DoxX family protein  40 
 
 
145 aa  84.7  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.401045  normal  0.464952 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2900  DoxX  41.54 
 
 
136 aa  84.3  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290679  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3260  putative inner membrane protein YqjF  40.94 
 
 
130 aa  84.3  8e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3399  putative inner membrane protein YqjF  38.06 
 
 
160 aa  84  9e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3574  putative inner membrane protein YqjF  40.94 
 
 
130 aa  84  9e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4958  DoxX family protein  41.67 
 
 
145 aa  83.6  1e-15  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00723227 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3056  DoxX  41.67 
 
 
145 aa  83.6  1e-15  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5311  DoxX family protein  41.67 
 
 
145 aa  83.6  1e-15  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.482098 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4416  putative inner membrane protein YqjF  38.06 
 
 
160 aa  84  1e-15  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.260448 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3289  putative inner membrane protein YqjF  40.16 
 
 
130 aa  83.2  2e-15  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02970  predicted quinol oxidase subunit  40.16 
 
 
130 aa  83.2  2e-15  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02921  hypothetical protein  40.16 
 
 
130 aa  83.2  2e-15  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0600  DoxX family protein  40.16 
 
 
130 aa  83.2  2e-15  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0595  DoxX family protein  40.16 
 
 
130 aa  83.2  2e-15  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3589  putative inner membrane protein YqjF  37.5 
 
 
161 aa  82.4  3e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.24023 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4331  DoxX family protein  42.19 
 
 
131 aa  82  4e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47840  DoxX-like protein  42.98 
 
 
140 aa  81.6  5e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0014  hypothetical protein  36.09 
 
 
142 aa  81.3  6e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133834  normal  0.506679 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1115  hypothetical protein  39.06 
 
 
131 aa  81.3  7e-15  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.192831  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0480  DoxX family protein  39.06 
 
 
131 aa  81.3  7e-15  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.111786  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0544  DoxX family protein  39.06 
 
 
131 aa  81.3  7e-15  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3348  DoxX  37.59 
 
 
146 aa  80.9  9e-15  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0716703  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0336  DoxX family membrane protein  40 
 
 
145 aa  80.9  9e-15  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0191  hypothetical protein  38.84 
 
 
133 aa  80.9  9e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0173  hypothetical protein  38.84 
 
 
133 aa  80.5  1e-14  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00275718  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1542  DoxX  40.5 
 
 
129 aa  79.7  2e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294668  normal  0.482647 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4094  hypothetical protein  37.19 
 
 
140 aa  79.3  2e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.887917  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2574  DoxX  40.62 
 
 
136 aa  76.6  1e-13  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.404201  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0099  DoxX family protein  36.3 
 
 
145 aa  77  1e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00508391  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2298  DoxX family protein  38.52 
 
 
135 aa  75.9  3e-13  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.8841e-06  hitchhiker  0.00171371 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>