More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2459 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2459  phosphoribosylamine--glycine ligase  100 
 
 		 425 aa  849    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0348  phosphoribosylamine--glycine ligase  72.14 
 
 		 422 aa  623  1e-177  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.6128 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3668  phosphoribosylamine--glycine ligase  70.12 
 
 		 425 aa  615  1e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3260  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.79 
 
 		 432 aa  608  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.207571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5622  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.56 
 
 		 425 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1300  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.03 
 
 		 432 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.617554  normal  0.088058 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0617  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.63 
 
 		 425 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1683  phosphoribosylamine--glycine ligase  70.05 
 
 		 426 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.138512  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2295  phosphoribosylamine--glycine ligase  70.05 
 
 		 426 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2318  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.81 
 
 		 426 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.57608 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1238  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.1 
 
 		 425 aa  597  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1442  phosphoribosylamine--glycine ligase  71.46 
 
 		 426 aa  598  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0784  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.43 
 
 		 422 aa  598  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110869  normal  0.244609 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2212  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.4 
 
 		 426 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0357  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.85 
 
 		 425 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1230  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.85 
 
 		 425 aa  594  1e-169  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1885  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.85 
 
 		 425 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1384  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.85 
 
 		 425 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.563842  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2065  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.09 
 
 		 425 aa  596  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19426 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1074  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.85 
 
 		 425 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.497421  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1239  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.85 
 
 		 425 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0277108  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1014  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.32 
 
 		 425 aa  596  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0793  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.61 
 
 		 425 aa  594  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.296273  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1338  phosphoribosylamine--glycine ligase  70 
 
 		 430 aa  592  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0983  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.56 
 
 		 425 aa  591  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0720926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1952  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.09 
 
 		 427 aa  589  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2333  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.16 
 
 		 426 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928506  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2389  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.9 
 
 		 422 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1989  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.67 
 
 		 422 aa  581  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2523  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.25 
 
 		 422 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1899  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.87 
 
 		 428 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  normal  0.253787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1704  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.63 
 
 		 428 aa  580  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.382123  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2191  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.11 
 
 		 422 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3202  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.69 
 
 		 426 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.462795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0360  Phosphoribosylamine--glycine ligase  67.68 
 
 		 430 aa  569  1e-161  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1969  phosphoribosylamine--glycine ligase  64.97 
 
 		 433 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2684  phosphoribosylamine/glycine ligase  67.45 
 
 		 432 aa  560  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0337126  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3522  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.76 
 
 		 427 aa  558  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.366295  normal  0.0471361 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1729  phosphoribosylamine--glycine ligase  64.95 
 
 		 430 aa  561  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.576125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0177  phosphoribosylamine/glycine ligase  67.52 
 
 		 429 aa  558  1e-158  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.348487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0134  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.99 
 
 		 435 aa  556  1e-157  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4239  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.98 
 
 		 426 aa  555  1e-157  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2076  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.74 
 
 		 438 aa  547  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.552059  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03882  phosphoribosylamine-glycine ligase  63.64 
 
 		 429 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000860274  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4020  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.64 
 
 		 429 aa  543  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000927217  normal  0.0101467 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03835  hypothetical protein  63.64 
 
 		 429 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000931477  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4548  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.64 
 
 		 429 aa  543  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000304372  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002184  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.92 
 
 		 429 aa  539  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.25624  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5474  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.17 
 
 		 429 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.13476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4239  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.4 
 
 		 429 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00124381  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4453  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.4 
 
 		 429 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  hitchhiker  0.000392069 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4582  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.94 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.213422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4506  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.94 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0278032 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4419  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.4 
 
 		 429 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.160091  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4508  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.17 
 
 		 429 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0778373 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2652  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.53 
 
 		 429 aa  537  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3708  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.62 
 
 		 428 aa  535  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0202463  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4386  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.4 
 
 		 429 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0292  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.53 
 
 		 427 aa  531  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00181025  normal  0.0133648 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3988  phosphoribosylamine/glycine ligase  62.7 
 
 		 429 aa  532  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0361396  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0215  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.85 
 
 		 430 aa  534  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0406099  normal  0.0125796 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4496  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.7 
 
 		 429 aa  532  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000225394  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0438  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.76 
 
 		 430 aa  534  1e-150  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.199076  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0224  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.83 
 
 		 428 aa  532  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0267401  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00211  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.68 
 
 		 429 aa  533  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3844  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.92 
 
 		 428 aa  530  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000315171  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0228  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.12 
 
 		 428 aa  528  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0316556  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0356  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.92 
 
 		 428 aa  530  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0104682  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3862  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.85 
 
 		 429 aa  529  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.256361  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2988  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.15 
 
 		 428 aa  530  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0361  phosphoribosylamine--glycine ligase  64.8 
 
 		 427 aa  526  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.292405  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3451  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.12 
 
 		 428 aa  526  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.264337  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0464  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.68 
 
 		 428 aa  526  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00032027  normal  0.0111484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64220  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.06 
 
 		 429 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.88359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3665  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.92 
 
 		 428 aa  523  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0909  phosphoribosylamine--glycine ligase  64.1 
 
 		 432 aa  523  1e-147  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1626  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.72 
 
 		 432 aa  522  1e-147  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5575  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.83 
 
 		 429 aa  524  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3219  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.58 
 
 		 429 aa  518  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03941  Phosphoribosylamine-glycine ligase  62.21 
 
 		 430 aa  520  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2342  phosphoribosylamine/glycine ligase  62.44 
 
 		 428 aa  519  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.51337  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06880  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.21 
 
 		 426 aa  518  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.285428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0555  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.61 
 
 		 431 aa  514  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3406  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.48 
 
 		 432 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.586038  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0266  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.42 
 
 		 427 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000213794  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0394  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.48 
 
 		 431 aa  514  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4867  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.92 
 
 		 431 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4407  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.45 
 
 		 431 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0431  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.32 
 
 		 433 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4613  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.42 
 
 		 431 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.302277 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0707  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.12 
 
 		 429 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.21 
 
 		 430 aa  512  1e-144  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000692344  hitchhiker  0.00000110971 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0997  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.76 
 
 		 430 aa  511  1e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02964  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.83 
 
 		 429 aa  510  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4876  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.95 
 
 		 431 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4823  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.72 
 
 		 431 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.28 
 
 		 430 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.147919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0875  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.24 
 
 		 430 aa  506  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.712895  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4698  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.72 
 
 		 430 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.744432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3413  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.79 
 
 		 433 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.872928 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>