More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3413 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3413  phosphoribosylamine--glycine ligase  100 
 
 		 433 aa  886    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.872928 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0441  phosphoribosylamine--glycine ligase  83.99 
 
 		 432 aa  724    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3914  phosphoribosylamine--glycine ligase  83.29 
 
 		 432 aa  722    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0443  phosphoribosylamine--glycine ligase  89.53 
 
 		 430 aa  769    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.201644 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4037  phosphoribosylamine--glycine ligase  83.53 
 
 		 432 aa  722    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3406  phosphoribosylamine--glycine ligase  84.92 
 
 		 432 aa  753    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.586038  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0394  phosphoribosylamine--glycine ligase  81.21 
 
 		 431 aa  721    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0431  phosphoribosylamine--glycine ligase  87.73 
 
 		 433 aa  786    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0419  phosphoribosylamine--glycine ligase  83.53 
 
 		 432 aa  721    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3402  phosphoribosylamine--glycine ligase  83.06 
 
 		 432 aa  716    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0444  phosphoribosylamine--glycine ligase  84.22 
 
 		 432 aa  729    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3585  phosphoribosylamine--glycine ligase  84.45 
 
 		 432 aa  730    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0492  phosphoribosylamine--glycine ligase  85.88 
 
 		 433 aa  765    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3841  phosphoribosylamine--glycine ligase  83.53 
 
 		 432 aa  722    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.111405 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0440  phosphoribosylamine--glycine ligase  84.69 
 
 		 432 aa  732    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0295  phosphoribosylamine--glycine ligase  88.84 
 
 		 430 aa  795    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00211  phosphoribosylamine--glycine ligase  71.36 
 
 		 429 aa  628  1e-179  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002184  phosphoribosylamine--glycine ligase  71.36 
 
 		 429 aa  626  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.25624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0438  phosphoribosylamine--glycine ligase  71.69 
 
 		 430 aa  625  1e-178  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.199076  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2652  phosphoribosylamine--glycine ligase  70.53 
 
 		 429 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0266  phosphoribosylamine--glycine ligase  71.93 
 
 		 427 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000213794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2988  phosphoribosylamine--glycine ligase  70.37 
 
 		 428 aa  613  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03941  Phosphoribosylamine-glycine ligase  71.53 
 
 		 430 aa  609  1e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4453  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.44 
 
 		 429 aa  602  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  hitchhiker  0.000392069 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03882  phosphoribosylamine-glycine ligase  69.44 
 
 		 429 aa  599  1e-170  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000860274  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4020  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.44 
 
 		 429 aa  600  1e-170  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000927217  normal  0.0101467 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4548  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.44 
 
 		 429 aa  600  1e-170  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000304372  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3219  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.28 
 
 		 429 aa  600  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4239  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.44 
 
 		 429 aa  598  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00124381  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03835  hypothetical protein  69.44 
 
 		 429 aa  599  1e-170  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000931477  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5474  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.98 
 
 		 429 aa  599  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.13476  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3988  phosphoribosylamine/glycine ligase  69.21 
 
 		 429 aa  594  1e-169  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0361396  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0360  Phosphoribosylamine--glycine ligase  68.66 
 
 		 430 aa  596  1e-169  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0215  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 430 aa  594  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0406099  normal  0.0125796 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4496  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.21 
 
 		 429 aa  594  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000225394  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4386  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.98 
 
 		 429 aa  595  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4506  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  592  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0278032 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0464  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.91 
 
 		 428 aa  592  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00032027  normal  0.0111484 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4508  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.82 
 
 		 429 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0778373 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4582  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.213422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4419  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.98 
 
 		 429 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.160091  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2843  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.82 
 
 		 430 aa  593  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.294227  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3844  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.91 
 
 		 428 aa  592  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000315171  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0555  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.66 
 
 		 431 aa  589  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0356  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.67 
 
 		 428 aa  589  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0104682  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0805  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 430 aa  589  1e-167  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3862  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.36 
 
 		 429 aa  586  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.256361  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0292  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.37 
 
 		 427 aa  585  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00181025  normal  0.0133648 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0228  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.29 
 
 		 428 aa  585  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0316556  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0224  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.52 
 
 		 428 aa  585  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0267401  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5575  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.2 
 
 		 429 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3708  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.05 
 
 		 428 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0202463  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64220  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.91 
 
 		 429 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.88359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06880  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.14 
 
 		 426 aa  579  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.285428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4613  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.45 
 
 		 431 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.302277 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0909  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.05 
 
 		 432 aa  578  1e-164  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0707  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.68 
 
 		 429 aa  578  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4823  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.75 
 
 		 431 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0361  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.9 
 
 		 427 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.292405  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4876  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.98 
 
 		 431 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4698  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.75 
 
 		 430 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.744432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3451  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.82 
 
 		 428 aa  574  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.264337  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.05 
 
 		 430 aa  569  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.147919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1626  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.76 
 
 		 432 aa  569  1e-161  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4867  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.05 
 
 		 431 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4407  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.59 
 
 		 431 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2827  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.56 
 
 		 437 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000587328  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0177  phosphoribosylamine/glycine ligase  62.96 
 
 		 429 aa  537  1e-151  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.348487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2342  phosphoribosylamine/glycine ligase  64.19 
 
 		 428 aa  537  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.51337  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.34 
 
 		 430 aa  524  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000692344  hitchhiker  0.00000110971 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3668  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.72 
 
 		 425 aa  519  1e-146  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0348  phosphoribosylamine--glycine ligase  62.21 
 
 		 422 aa  518  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.6128 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02964  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.97 
 
 		 429 aa  510  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1999  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.94 
 
 		 429 aa  507  9.999999999999999e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00638776  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1704  phosphoribosylamine--glycine ligase  60 
 
 		 428 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.382123  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1442  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.32 
 
 		 426 aa  501  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1899  phosphoribosylamine--glycine ligase  60 
 
 		 428 aa  504  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  normal  0.253787 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1952  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.82 
 
 		 427 aa  503  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3665  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.84 
 
 		 428 aa  504  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1729  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.76 
 
 		 430 aa  498  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.576125 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0610  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.77 
 
 		 423 aa  496  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00101284  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1419  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.07 
 
 		 425 aa  496  1e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0617  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.98 
 
 		 425 aa  492  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3202  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.14 
 
 		 426 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.462795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1238  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.37 
 
 		 425 aa  493  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0784  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.94 
 
 		 422 aa  492  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110869  normal  0.244609 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0036  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.81 
 
 		 424 aa  493  9.999999999999999e-139  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.413084  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0997  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.08 
 
 		 430 aa  490  1e-137  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2523  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.18 
 
 		 422 aa  489  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1338  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.72 
 
 		 430 aa  491  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2459  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.79 
 
 		 425 aa  490  1e-137  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3457  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.07 
 
 		 423 aa  488  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.021302  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1969  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.36 
 
 		 433 aa  491  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3845  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.63 
 
 		 423 aa  489  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000183828  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0875  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.54 
 
 		 430 aa  490  1e-137  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.712895  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2591  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.37 
 
 		 423 aa  490  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2389  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.57 
 
 		 422 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2759  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.67 
 
 		 424 aa  486  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000179977  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1989  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.04 
 
 		 422 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2076  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.4 
 
 		 438 aa  482  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.552059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>