11 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0012 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0012  ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.591575 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3573  putative ABC-2 type transporter  50.55 
 
 		 273 aa  285  7e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.337642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0214  ABC transporter, permease protein  50.55 
 
 		 273 aa  282  5.000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.848634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2301  ABC-2 type transporter  43.96 
 
 		 273 aa  265  5.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153846  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03059  KpsM protein  23.14 
 
 		 259 aa  57  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2757  ABC-2 type transporter  22.31 
 
 		 255 aa  50.1  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4941  hypothetical protein  25.83 
 
 		 267 aa  47.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0624  kpsM protein  31.25 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5955  ABC-2 type transporter  21.59 
 
 		 260 aa  47.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3917  ABC polysaccharide export transporter, inner membrane subunit  23.86 
 
 		 266 aa  42.7  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4086  ABC-2 type transporter  23.86 
 
 		 266 aa  42.7  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0164855  normal  0.276113 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>