46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5671 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5671  putative plasmid stability protein  100 
 
 		 69 aa  134  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1214  PilT domain-containing protein  75.76 
 
 		 140 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3521  PilT domain-containing protein  75.76 
 
 		 140 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3889  PilT domain-containing protein  69.57 
 
 		 142 aa  96.3  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7721  plasmid stability protein  69.7 
 
 		 140 aa  92  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.859418 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2302  plasmid stabilization protein  62.32 
 
 		 142 aa  90.9  5e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.171886  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3138  PilT protein-like  69.7 
 
 		 140 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464533  normal  0.496916 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2332  PilT protein-like  65.22 
 
 		 140 aa  88.6  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.221502 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1780  plasmid stability protein, putative  62.32 
 
 		 139 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1456  PilT protein domain protein  62.32 
 
 		 139 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.208651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4764  PilT domain-containing protein  62.32 
 
 		 138 aa  84.7  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.310304 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3455  PilT protein, N-terminal  66.67 
 
 		 144 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3569  PilT protein domain protein  51.43 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3027  PilT protein domain protein  50 
 
 		 140 aa  68.6  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4710  PilT domain-containing protein  44.29 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.552962 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4188  PilT domain-containing protein  44.29 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.990127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5841  PilT domain-containing protein  45.71 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3192  PilT domain-containing protein  45.71 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3767  PilT domain-containing protein  44.29 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546918  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3797  PilT domain-containing protein  40 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238578 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0469  PilT domain-containing protein  44.29 
 
 		 141 aa  58.2  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0896  PilT protein-like  38.57 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4334  PilT domain-containing protein  46.27 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0018  plasmid stability protein StbB  41.43 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0242004  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23550  predicted nucleic acid-binding protein, contains PIN domain protein  43.48 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.46968  normal  0.640927 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3474  PilT domain-containing protein  40 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4674  PilT protein domain protein  44.26 
 
 		 141 aa  53.9  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1045  PilT domain-containing protein  37.14 
 
 		 139 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0543043  normal  0.324928 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1777  PilT domain-containing protein  36.23 
 
 		 143 aa  47  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.406004  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4619  PilT domain-containing protein  42.25 
 
 		 159 aa  46.2  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0074  PilT protein domain protein  37.68 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4019  PilT protein-like  37.14 
 
 		 144 aa  45.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3575  PilT protein domain protein  37.68 
 
 		 140 aa  45.4  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00704853  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1823  PilT domain-containing protein  34.78 
 
 		 142 aa  45.4  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.402154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1045  putative nucleic acid-binding protein  38.03 
 
 		 139 aa  45.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.883513  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3697  PilT protein domain protein  37.68 
 
 		 138 aa  44.7  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4538  PilT protein domain protein  32.86 
 
 		 140 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.104439 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4284  prevent-host-death protein  38.57 
 
 		 145 aa  43.9  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.600657  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0624  PilT protein-like  40 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.810517  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1545  plasmid stabilization protein StbB-like  40.85 
 
 		 151 aa  43.5  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00762824 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1880  PilT-type plasmid stability protein  37.68 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2075  PilT domain-containing protein  40.91 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0526989 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1070  PilT protein-like protein  35.71 
 
 		 145 aa  41.6  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5170  PilT protein domain protein  41.1 
 
 		 147 aa  41.6  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0728  PilT protein domain protein  44.12 
 
 		 141 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.5519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4210  PilT domain-containing protein  41.67 
 
 		 146 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.242184  normal  0.98897 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>