70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5654 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5654  hypothetical protein  100 
 
 		 346 aa  700    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7180  desulfurizing enzyme  69.71 
 
 		 344 aa  499  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.857064  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2525  hypothetical protein  54.65 
 
 		 360 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5652  hypothetical protein  52.89 
 
 		 344 aa  347  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.34266  normal  0.777199 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2606  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.81 
 
 		 348 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.35467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3987  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.67 
 
 		 348 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106064 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3532  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.67 
 
 		 348 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.304569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2602  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.15 
 
 		 358 aa  299  6e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3983  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.28 
 
 		 354 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.502517  normal  0.156548 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3536  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.35 
 
 		 354 aa  294  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0480036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0147  putative desulfurizing enzyme  43.53 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.975202  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2608  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.02 
 
 		 358 aa  276  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1550  hypothetical protein  40 
 
 		 347 aa  275  6e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00115977  normal  0.0339055 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3989  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.64 
 
 		 358 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.104406 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3530  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.35 
 
 		 358 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.033604  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3347  hypothetical protein  41.79 
 
 		 352 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3346  hypothetical protein  41.12 
 
 		 354 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3816  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.14 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.442978 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7801  hypothetical protein  39.17 
 
 		 368 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1546  hypothetical protein  36.17 
 
 		 355 aa  205  7e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.062934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3341  hypothetical protein  37.01 
 
 		 353 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1565  monooxygenase, putative  34.29 
 
 		 352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.519738  hitchhiker  0.000170358 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1391  hypothetical protein  34.55 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000110401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1041  desulfurizing enzyme  40.36 
 
 		 302 aa  149  9e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.460145 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0145  NMT1/THI5 like domain protein  24.68 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2186  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.09 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.589842  normal  0.269946 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4330  NMT1/THI5 like domain protein  24.36 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.688917  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0115  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.24 
 
 		 328 aa  57  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0413  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.3 
 
 		 324 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.523769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0334  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.72 
 
 		 324 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4331  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.22 
 
 		 330 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.763545 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7220  ABC transporter substrate binding protein (aliphatic sulfonate)  25.56 
 
 		 322 aa  53.9  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3007  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  24.73 
 
 		 322 aa  53.5  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2638  putative sulfate ester binding protein  22.51 
 
 		 345 aa  53.5  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0381  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  27.72 
 
 		 324 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.996496 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0767  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  23.88 
 
 		 322 aa  53.5  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.250566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19500  hypothetical protein  24.91 
 
 		 334 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1678  hypothetical protein  24.54 
 
 		 334 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2920  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  20.8 
 
 		 328 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10374e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2713  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  20.5 
 
 		 328 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.38086  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3886  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  22.09 
 
 		 374 aa  51.2  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2967  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  21.18 
 
 		 328 aa  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.588828  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2921  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  20.5 
 
 		 328 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2895  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  24.71 
 
 		 324 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2960  sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein, putative  21.21 
 
 		 328 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.641077  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0777  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.72 
 
 		 322 aa  50.4  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4036  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.52 
 
 		 330 aa  49.3  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.110095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7647  putative sulfonate ABC transporter, periplasmic binding protein  25.09 
 
 		 324 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0212  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  35.37 
 
 		 306 aa  48.9  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2641  alkanesulfonates-binding protein  20.94 
 
 		 328 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.245447  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0481  NMT1/THI5 like domain protein  20.15 
 
 		 327 aa  48.1  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2664  alkanesulfonates-binding protein  20.94 
 
 		 328 aa  47  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760849  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0211  sulfate ester transport system substrate-binding protein  27.13 
 
 		 337 aa  47  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.887162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2312  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  21.25 
 
 		 328 aa  47  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.355114  hitchhiker  0.0000000431055 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2438  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.27 
 
 		 322 aa  46.6  0.0006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2516  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  23.6 
 
 		 336 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.445481  normal  0.551196 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08130  ABC transporter, sulfate ester binding protein  29.09 
 
 		 313 aa  46.6  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40070  periplasmic sulfonate-binding protein of ABC transporter  22.38 
 
 		 320 aa  46.2  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1573  extracellular solute-binding protein  21.48 
 
 		 326 aa  46.2  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.817202  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3874  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  20.56 
 
 		 343 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1383  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  22.89 
 
 		 349 aa  44.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0150888 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0267  sulfate ester transport system substrate-binding protein  25.58 
 
 		 353 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173265  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1865  ABC transporter substrate-binding protein  24.9 
 
 		 303 aa  44.7  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2788  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.27 
 
 		 336 aa  43.9  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0498257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02360  putative binding protein component of ABC transporter  25.58 
 
 		 353 aa  43.9  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000681113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2931  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  20.62 
 
 		 328 aa  43.1  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7198  ABC transporter substrate binding protein (aliphatic sulfonate)  20.6 
 
 		 357 aa  42.7  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0232268  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7236  ABC sulfate ester transporter, periplasmic ligand binding protein  28.16 
 
 		 360 aa  42.7  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.107097  normal  0.82896 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7374  ABC transporter substrate binding protein  29.29 
 
 		 292 aa  42.7  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0134  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.71 
 
 		 366 aa  42.7  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0147618  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>