39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3930 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3930  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  100 
 
 		 189 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0015  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  73.94 
 
 		 194 aa  309  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2575  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  70.21 
 
 		 196 aa  295  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1233  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  70.21 
 
 		 196 aa  295  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0267  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  69.66 
 
 		 185 aa  286  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1948  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  68.09 
 
 		 193 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0373  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  67.6 
 
 		 185 aa  277  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2793  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  67.55 
 
 		 190 aa  276  1e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3387  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  66.11 
 
 		 202 aa  274  5e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0213  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  66.11 
 
 		 187 aa  268  4e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4230  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  72.05 
 
 		 165 aa  259  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.730095  hitchhiker  0.000566631 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5971  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  65.41 
 
 		 187 aa  260  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.751414 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2957  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  62.77 
 
 		 206 aa  258  4e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00692853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3436  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  60.99 
 
 		 202 aa  258  4e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.951888  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0100  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  65.19 
 
 		 189 aa  255  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  62.57 
 
 		 194 aa  253  9e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0844  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  62.57 
 
 		 194 aa  253  9e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.699536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5113  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  62.09 
 
 		 191 aa  253  9e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3438  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  70.89 
 
 		 160 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5797  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  61.41 
 
 		 191 aa  249  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.943227  normal  0.707073 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5579  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  60.33 
 
 		 191 aa  247  8e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4832  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  56.38 
 
 		 190 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.237935 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_11015  conserved hypothetical protein  56.08 
 
 		 197 aa  228  5e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.598964 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4024  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  61.54 
 
 		 191 aa  228  6e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4920  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  56.99 
 
 		 189 aa  227  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4238  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  56.42 
 
 		 191 aa  215  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4958  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  56.52 
 
 		 190 aa  214  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.774551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04414  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme (S-(hydroxymethyl)glutathione synthase)  67.27 
 
 		 106 aa  85.1  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  27.35 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.64 
 
 		 141 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  27.91 
 
 		 137 aa  44.3  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.76 
 
 		 131 aa  44.7  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.83 
 
 		 141 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05492  glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme  58.06 
 
 		 37 aa  42  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.59 
 
 		 131 aa  42  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.83 
 
 		 146 aa  42  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.76 
 
 		 166 aa  41.2  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.5 
 
 		 133 aa  41.6  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.59 
 
 		 162 aa  41.2  0.009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>