143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2457 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2457  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 77 aa  154  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2510  RNA-binding S4  77.78 
 
 		 76 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2708  RNA-binding S4 domain protein  64 
 
 		 76 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.368118  hitchhiker  0.000000707392 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1650  RNA-binding S4 domain-containing protein  64 
 
 		 76 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.944903  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1635  RNA-binding S4 domain-containing protein  64 
 
 		 76 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0673485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1672  RNA-binding S4 domain-containing protein  64 
 
 		 76 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0473065  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2454  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.33 
 
 		 76 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2524  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.33 
 
 		 76 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  unclonable  0.0000273439 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2616  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.33 
 
 		 76 aa  102  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000166621 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2642  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.81 
 
 		 76 aa  102  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0497559  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1527  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.33 
 
 		 79 aa  101  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2468  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.16 
 
 		 76 aa  99  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000314319 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3069  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.21 
 
 		 77 aa  97.1  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000897832  hitchhiker  0.000868663 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1581  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.74 
 
 		 77 aa  93.2  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0305147  normal  0.476483 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1264  RNA-binding S4  54.67 
 
 		 76 aa  85.9  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0001495 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1835  hypothetical protein  66 
 
 		 50 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000219  hypothetical protein  60.78 
 
 		 177 aa  72  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0409  hypothetical protein  62.75 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000857637  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05955  hypothetical protein  60.78 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0526  hypothetical protein  62.75 
 
 		 160 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0366  hypothetical protein  54.1 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3228  hypothetical protein  53.45 
 
 		 156 aa  64.7  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1502  RNA-binding S4  48.33 
 
 		 67 aa  64.7  0.0000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2973  hypothetical protein  50.85 
 
 		 124 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2636  putative RNA-binding protein  51.56 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0140325  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0112  RNA-binding S4 domain protein  42.03 
 
 		 80 aa  59.7  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.361623  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1167  hypothetical protein  47.69 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00521353  normal  0.0222508 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1224  hypothetical protein  48.48 
 
 		 73 aa  58.2  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0985687 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09391  S4 domain-containing protein  48 
 
 		 69 aa  57.8  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185916 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2932  hypothetical protein  47.62 
 
 		 70 aa  57.8  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.503316  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1647  RNA-binding S4  47.37 
 
 		 66 aa  57  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.423975 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1515  RNA-binding S4 domain protein  46.67 
 
 		 68 aa  57  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.686645 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00478  predicted RNA-binding protein  50 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.226593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3085  conserved hypothetical protein  50 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000297466  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0002  RNA-binding S4 domain protein  46.67 
 
 		 70 aa  55.8  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000678168  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1346  hypothetical protein  46.03 
 
 		 70 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167317  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00483  hypothetical protein  50 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.325601  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0569  hypothetical protein  50 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000593229  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3094  hypothetical protein  50 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0341601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0573  hypothetical protein  50 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0326332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0446  hypothetical protein  50 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000152535  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0629  hypothetical protein  50 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0306723  normal  0.860883 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0053  RNA-binding S4 domain protein  52.73 
 
 		 74 aa  55.1  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.525969  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1693  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.19 
 
 		 84 aa  54.7  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0200012  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.88 
 
 		 71 aa  53.9  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0173  S4 domain protein YaaA  44.64 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0676  RNA-binding S4  44.29 
 
 		 71 aa  53.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0383  RNA-binding S4  45.76 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0832  hypothetical protein  40.32 
 
 		 80 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.17612  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0098  RNA-binding S4  47.37 
 
 		 65 aa  52  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000456096  normal  0.262898 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3116  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.34 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3096  RNA-binding S4  39.34 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0003  S4 domain-containing protein  46.67 
 
 		 68 aa  51.6  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0003  S4 domain-containing protein  46.67 
 
 		 68 aa  51.6  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1301  RNA-binding S4 domain protein  42.31 
 
 		 77 aa  51.6  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517293  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3156  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.34 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.914223  normal  0.39579 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2197  hypothetical protein  38.1 
 
 		 83 aa  51.2  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.330181 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1042  hypothetical protein  42.42 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10651  S4 domain-containing protein  44.07 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0278753 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2942  hypothetical protein  42.42 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0126  RNA-binding S4 domain protein  42.62 
 
 		 76 aa  50.8  0.000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.564525  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06080  hypothetical protein  45.45 
 
 		 80 aa  50.4  0.000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2003  RNA-binding S4 domain protein  41.67 
 
 		 74 aa  50.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0587  hypothetical protein  46.55 
 
 		 70 aa  50.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.187863  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1328  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.19 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3643  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.82 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.252029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0798  hypothetical protein  42.86 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.123896 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0594  hypothetical protein  46.55 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.705899  normal  0.0117354 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0789  hypothetical protein  38.1 
 
 		 73 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.729784 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2155  hypothetical protein  34.43 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.323809  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0586  hypothetical protein  46.55 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0256741 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0649  hypothetical protein  46.55 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0589  hypothetical protein  46.55 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.725964  normal  0.31098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0805  hypothetical protein  39.39 
 
 		 73 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0735  hypothetical protein  39.39 
 
 		 73 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.142682  normal  0.673905 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6671  hypothetical protein  40.32 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.0976686 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0081  RNA-binding S4  42.37 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1365  RNA-binding S4 domain protein  39.06 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000548467 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0003  RNA-binding S4  44.64 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000218407  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22660  hypothetical protein  36.84 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.294703  normal  0.222073 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0618  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109181  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2373  RNA-binding S4  45 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0041  RNA-binding S4 domain protein  40.68 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.61 
 
 		 67 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0130697 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0110  hypothetical protein  37.1 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0414  RNA-binding S4 domain protein  46.43 
 
 		 65 aa  47.8  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3013  hypothetical protein  39.68 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000402743  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2211  hypothetical protein  41.27 
 
 		 135 aa  47.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0528785  normal  0.850327 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1280  hypothetical protein  39.68 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000730954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3151  hypothetical protein  39.68 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0026915  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2823  hypothetical protein  40.68 
 
 		 73 aa  47.4  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0464209  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0985  hypothetical protein  45.61 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523788  normal  0.0666799 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0503  hypothetical protein  40.68 
 
 		 73 aa  47.4  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000422283  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2938  hypothetical protein  40.68 
 
 		 73 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196039  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1687  hypothetical protein  40.68 
 
 		 73 aa  47.4  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.643727  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2510  hypothetical protein  40.68 
 
 		 73 aa  47.4  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000911795  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2771  hypothetical protein  40.68 
 
 		 73 aa  47.4  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00316834  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2884  hypothetical protein  40.68 
 
 		 73 aa  47.4  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.120593  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1834  hypothetical protein  40.68 
 
 		 73 aa  47.4  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0149554  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0342  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.37 
 
 		 65 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000486446  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>