140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2616 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2454  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 
76 aa  152  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2524  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 
76 aa  152  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  unclonable  0.0000273439 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2616  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 
76 aa  152  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000166621 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2708  RNA-binding S4 domain protein  90.79 
 
 
76 aa  140  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.368118  hitchhiker  0.000000707392 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1650  RNA-binding S4 domain-containing protein  90.79 
 
 
76 aa  140  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.944903  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1635  RNA-binding S4 domain-containing protein  90.79 
 
 
76 aa  140  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0673485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1672  RNA-binding S4 domain-containing protein  90.79 
 
 
76 aa  140  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0473065  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1527  RNA-binding S4 domain-containing protein  82.89 
 
 
79 aa  131  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2642  RNA-binding S4 domain-containing protein  76.71 
 
 
76 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0497559  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3069  RNA-binding S4 domain-containing protein  74.32 
 
 
77 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000897832  hitchhiker  0.000868663 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2468  RNA-binding S4 domain-containing protein  76.47 
 
 
76 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000314319 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1581  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.67 
 
 
77 aa  105  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0305147  normal  0.476483 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1264  RNA-binding S4  71.43 
 
 
76 aa  103  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0001495 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2457  RNA-binding S4 domain-containing protein  65.33 
 
 
77 aa  102  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2510  RNA-binding S4  60.53 
 
 
76 aa  99.8  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1835  hypothetical protein  96 
 
 
50 aa  96.3  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0409  hypothetical protein  57.63 
 
 
135 aa  70.9  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000857637  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000219  hypothetical protein  58.49 
 
 
177 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0526  hypothetical protein  59.32 
 
 
160 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05955  hypothetical protein  52.54 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0366  hypothetical protein  53.33 
 
 
128 aa  67.4  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00478  predicted RNA-binding protein  55.93 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.226593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3085  conserved hypothetical protein  55.93 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000297466  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0587  hypothetical protein  54.24 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.187863  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0569  hypothetical protein  55.93 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000593229  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0629  hypothetical protein  55.93 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0306723  normal  0.860883 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3094  hypothetical protein  55.93 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0341601  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0573  hypothetical protein  55.93 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0326332  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0446  hypothetical protein  55.93 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000152535  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00483  hypothetical protein  55.93 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.325601  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0594  hypothetical protein  54.24 
 
 
70 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.705899  normal  0.0117354 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3228  hypothetical protein  54.1 
 
 
156 aa  65.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0586  hypothetical protein  54.24 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0256741 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0589  hypothetical protein  54.24 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.725964  normal  0.31098 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0649  hypothetical protein  54.24 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2636  putative RNA-binding protein  48.39 
 
 
69 aa  63.9  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0140325  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2932  hypothetical protein  50 
 
 
70 aa  63.5  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.503316  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0985  hypothetical protein  50.85 
 
 
70 aa  62.8  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523788  normal  0.0666799 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09391  S4 domain-containing protein  48 
 
 
69 aa  62.4  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000185916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1346  hypothetical protein  48.61 
 
 
70 aa  61.6  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167317  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1647  RNA-binding S4  50.85 
 
 
66 aa  62  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.423975 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3013  hypothetical protein  46.48 
 
 
70 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000402743  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1280  hypothetical protein  46.48 
 
 
70 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000730954  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3151  hypothetical protein  46.48 
 
 
70 aa  61.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0026915  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1167  hypothetical protein  56.36 
 
 
70 aa  60.5  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00521353  normal  0.0222508 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.56 
 
 
71 aa  59.7  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1224  hypothetical protein  45.16 
 
 
73 aa  58.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0985687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1515  RNA-binding S4 domain protein  43.33 
 
 
68 aa  57.8  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.686645 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0676  RNA-binding S4  45.9 
 
 
71 aa  57  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1042  hypothetical protein  48 
 
 
72 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3096  RNA-binding S4  44.26 
 
 
72 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3156  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.26 
 
 
72 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.914223  normal  0.39579 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1249  hypothetical protein  54.24 
 
 
70 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00309368  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3116  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.26 
 
 
72 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147068  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2942  hypothetical protein  48 
 
 
72 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161302  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6671  hypothetical protein  43.55 
 
 
73 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.0976686 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0002  RNA-binding S4 domain protein  46.67 
 
 
70 aa  55.8  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000678168  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0798  hypothetical protein  48 
 
 
72 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.123896 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2973  hypothetical protein  45.61 
 
 
124 aa  55.5  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2003  RNA-binding S4 domain protein  41.67 
 
 
74 aa  54.3  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0789  hypothetical protein  42.19 
 
 
73 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.729784 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0126  RNA-binding S4 domain protein  43.55 
 
 
76 aa  54.3  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.564525  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2197  hypothetical protein  37.84 
 
 
83 aa  54.3  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.330181 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0173  S4 domain protein YaaA  45 
 
 
72 aa  54.3  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2522  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.26 
 
 
74 aa  53.9  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0154969 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1502  RNA-binding S4  38.33 
 
 
67 aa  52.8  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1301  RNA-binding S4 domain protein  36.36 
 
 
77 aa  53.1  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517293  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2211  hypothetical protein  38.98 
 
 
135 aa  53.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0528785  normal  0.850327 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0053  RNA-binding S4 domain protein  46.55 
 
 
74 aa  53.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.525969  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1729  RNA-binding S4 domain protein  37.1 
 
 
91 aa  52.4  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0180543  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1693  RNA-binding S4 domain-containing protein  36 
 
 
84 aa  52.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0200012  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2373  RNA-binding S4  46.67 
 
 
68 aa  52  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0342  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.76 
 
 
65 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000486446  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0112  RNA-binding S4 domain protein  41.67 
 
 
80 aa  51.6  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.361623  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0110  hypothetical protein  37.1 
 
 
70 aa  51.2  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2659  hypothetical protein  49.12 
 
 
70 aa  51.2  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0600236  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0383  RNA-binding S4  44.44 
 
 
72 aa  50.8  0.000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0832  hypothetical protein  38.71 
 
 
80 aa  50.8  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.17612  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2770  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.94 
 
 
78 aa  50.8  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.013443  normal  0.790943 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0503  hypothetical protein  46 
 
 
73 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000422283  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2938  hypothetical protein  46 
 
 
73 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196039  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0003  RNA-binding S4  48.21 
 
 
64 aa  50.4  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000218407  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2510  hypothetical protein  46 
 
 
73 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000911795  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2771  hypothetical protein  46 
 
 
73 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00316834  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2884  hypothetical protein  46 
 
 
73 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.120593  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1834  hypothetical protein  46 
 
 
73 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0149554  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1365  RNA-binding S4 domain protein  38.71 
 
 
77 aa  50.4  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000548467 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2823  hypothetical protein  46 
 
 
73 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0464209  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  45 
 
 
67 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0130697 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1687  hypothetical protein  44 
 
 
73 aa  50.1  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.643727  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5767  hypothetical protein  38.33 
 
 
72 aa  49.7  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.401314 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1328  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.1 
 
 
92 aa  50.1  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1607  RNA-binding S4 domain protein  40.74 
 
 
76 aa  50.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.932623 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3643  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 
80 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.252029  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06080  hypothetical protein  42.11 
 
 
80 aa  49.3  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0805  hypothetical protein  46 
 
 
73 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0098  RNA-binding S4  45.61 
 
 
65 aa  48.9  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000456096  normal  0.262898 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0046  hypothetical protein  36.99 
 
 
74 aa  48.9  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0735  hypothetical protein  44.23 
 
 
73 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.142682  normal  0.673905 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0613  hypothetical protein  42 
 
 
87 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>