125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0805 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0805  hypothetical protein  100 
 
 		 73 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0735  hypothetical protein  98.63 
 
 		 73 aa  143  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.142682  normal  0.673905 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0789  hypothetical protein  90.14 
 
 		 73 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.729784 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1687  hypothetical protein  71.83 
 
 		 73 aa  107  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.643727  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0503  hypothetical protein  70.42 
 
 		 73 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000422283  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2938  hypothetical protein  70.42 
 
 		 73 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196039  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2510  hypothetical protein  70.42 
 
 		 73 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000911795  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2771  hypothetical protein  70.42 
 
 		 73 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00316834  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2884  hypothetical protein  70.42 
 
 		 73 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.120593  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1834  hypothetical protein  70.42 
 
 		 73 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0149554  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0798  hypothetical protein  71.43 
 
 		 72 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.123896 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1042  hypothetical protein  71.43 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2823  hypothetical protein  70.42 
 
 		 73 aa  106  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0464209  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2942  hypothetical protein  71.43 
 
 		 72 aa  106  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0613  hypothetical protein  71.43 
 
 		 87 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1092  hypothetical protein  71.43 
 
 		 87 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0115858  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1051  hypothetical protein  71.43 
 
 		 87 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.751549  normal  0.509643 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4205  hypothetical protein  71.43 
 
 		 72 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00355095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2211  hypothetical protein  69.01 
 
 		 135 aa  103  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0528785  normal  0.850327 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0968  hypothetical protein  70 
 
 		 87 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.190489  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0972  hypothetical protein  70 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0910033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04773  hypothetical protein  60.27 
 
 		 80 aa  85.5  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0832  hypothetical protein  63.64 
 
 		 80 aa  80.5  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.17612  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0110  hypothetical protein  60.61 
 
 		 70 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2522  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.62 
 
 		 74 aa  74.3  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0154969 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1157  hypothetical protein  57.14 
 
 		 74 aa  73.6  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0334901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0817  hypothetical protein  68.52 
 
 		 76 aa  72  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0809179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2197  hypothetical protein  52.24 
 
 		 83 aa  72.4  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.330181 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1224  hypothetical protein  53.62 
 
 		 73 aa  72  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0985687 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2636  putative RNA-binding protein  62 
 
 		 69 aa  68.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0140325  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1502  RNA-binding S4  54.69 
 
 		 67 aa  67.4  0.00000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6671  hypothetical protein  58.62 
 
 		 73 aa  66.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.0976686 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2003  RNA-binding S4 domain protein  54.24 
 
 		 74 aa  63.5  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0676  RNA-binding S4  50 
 
 		 71 aa  58.9  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2642  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.76 
 
 		 76 aa  57.8  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0497559  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1581  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.46 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0305147  normal  0.476483 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3069  RNA-binding S4 domain-containing protein  54 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000897832  hitchhiker  0.000868663 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2468  RNA-binding S4 domain-containing protein  52 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000314319 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3013  hypothetical protein  46.67 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000402743  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1280  hypothetical protein  46.67 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000730954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3151  hypothetical protein  46.67 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0026915  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1167  hypothetical protein  47.46 
 
 		 70 aa  53.5  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00521353  normal  0.0222508 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2155  hypothetical protein  39.39 
 
 		 117 aa  52.8  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.323809  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0985  hypothetical protein  48.28 
 
 		 70 aa  51.2  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523788  normal  0.0666799 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1346  hypothetical protein  51.92 
 
 		 70 aa  51.2  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167317  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3096  RNA-binding S4  47.17 
 
 		 72 aa  50.4  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3156  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.17 
 
 		 72 aa  50.4  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.914223  normal  0.39579 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1249  hypothetical protein  54.24 
 
 		 70 aa  50.8  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00309368  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2373  RNA-binding S4  36.23 
 
 		 68 aa  50.4  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2932  hypothetical protein  50.85 
 
 		 70 aa  50.4  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.503316  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0098  RNA-binding S4  44.64 
 
 		 65 aa  49.7  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000456096  normal  0.262898 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1650  RNA-binding S4 domain-containing protein  46 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.944903  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3116  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.28 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0342  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.27 
 
 		 65 aa  50.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000486446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1635  RNA-binding S4 domain-containing protein  46 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0673485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1672  RNA-binding S4 domain-containing protein  46 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0473065  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2708  RNA-binding S4 domain protein  46 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.368118  hitchhiker  0.000000707392 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0041  RNA-binding S4 domain protein  34.33 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1515  RNA-binding S4 domain protein  45.61 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.686645 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2454  RNA-binding S4 domain-containing protein  46 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2524  RNA-binding S4 domain-containing protein  46 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  unclonable  0.0000273439 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2457  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.39 
 
 		 77 aa  48.9  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2616  RNA-binding S4 domain-containing protein  46 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000166621 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1607  RNA-binding S4 domain protein  44.23 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.932623 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0112  RNA-binding S4 domain protein  42.11 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.361623  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2510  RNA-binding S4  36.11 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2770  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.11 
 
 		 78 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.013443  normal  0.790943 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1527  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.68 
 
 		 79 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0594  hypothetical protein  53.06 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.705899  normal  0.0117354 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0587  hypothetical protein  53.06 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.187863  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0464  S4 domain-containing protein  42.37 
 
 		 71 aa  47.8  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0103248  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0649  hypothetical protein  53.06 
 
 		 70 aa  47.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0586  hypothetical protein  53.06 
 
 		 70 aa  47.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0256741 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0589  hypothetical protein  53.06 
 
 		 70 aa  47.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.725964  normal  0.31098 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0003  RNA-binding S4 domain protein  35.48 
 
 		 71 aa  47.8  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.241542  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00478  predicted RNA-binding protein  51.02 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.226593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3085  conserved hypothetical protein  51.02 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000297466  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1693  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.67 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0200012  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3643  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 		 80 aa  47  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.252029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0569  hypothetical protein  51.02 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000593229  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3094  hypothetical protein  51.02 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0341601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0573  hypothetical protein  51.02 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0326332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0446  hypothetical protein  51.02 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000152535  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0629  hypothetical protein  51.02 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0306723  normal  0.860883 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00483  hypothetical protein  51.02 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.325601  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0414  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 65 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2659  hypothetical protein  47.46 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0600236  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1647  RNA-binding S4  42.11 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.423975 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1990  hypothetical protein  37.29 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1550  S4 domain protein YaaA  37.5 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.715034  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1264  RNA-binding S4  46 
 
 		 76 aa  45.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0001495 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0526  hypothetical protein  37.5 
 
 		 160 aa  44.7  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00030  RNA-binding S4 domain protein  39.66 
 
 		 72 aa  44.3  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1301  RNA-binding S4 domain protein  37.29 
 
 		 77 aa  44.3  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517293  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0618  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.06 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109181  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3548  RNA-binding S4 domain protein  42.62 
 
 		 61 aa  43.9  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0409  hypothetical protein  40.38 
 
 		 135 aa  43.9  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000857637  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0003  S4 domain protein YaaA  43.14 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0366  hypothetical protein  38.98 
 
 		 128 aa  43.5  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1729  RNA-binding S4 domain protein  37.74 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0180543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>