143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0003 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0003  RNA-binding S4  100 
 
 		 64 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000218407  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1550  S4 domain protein YaaA  58.18 
 
 		 71 aa  68.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.715034  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0098  RNA-binding S4  67.27 
 
 		 65 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000456096  normal  0.262898 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2373  RNA-binding S4  55.36 
 
 		 68 aa  68.2  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0126  RNA-binding S4 domain protein  71.15 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.564525  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0053  RNA-binding S4 domain protein  57.81 
 
 		 74 aa  66.2  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.525969  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.72 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.212549  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0464  S4 domain-containing protein  64.15 
 
 		 71 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0103248  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1693  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.31 
 
 		 84 aa  63.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0200012  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3116  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.02 
 
 		 72 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3643  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.96 
 
 		 80 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.252029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5317  hypothetical protein  55.77 
 
 		 70 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0232645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0173  S4 domain protein YaaA  59.62 
 
 		 72 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0003  hypothetical protein  53.85 
 
 		 74 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.239482  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0003  hypothetical protein  53.85 
 
 		 74 aa  62.4  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0003  hypothetical protein  53.85 
 
 		 74 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2293  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 70 aa  62.8  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.26047 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3096  RNA-binding S4  59.02 
 
 		 72 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0112  RNA-binding S4 domain protein  69.23 
 
 		 80 aa  62.8  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.361623  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3156  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.02 
 
 		 72 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.914223  normal  0.39579 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0003  S4 region YaaA family protein  55.77 
 
 		 70 aa  62.4  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0003  hypothetical protein  55.77 
 
 		 70 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000654454  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0003  hypothetical protein  53.85 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0003  hypothetical protein  53.85 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.674518  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0003  hypothetical protein  55.77 
 
 		 70 aa  62  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0881433  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0003  hypothetical protein  53.85 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0003  hypothetical protein  53.85 
 
 		 70 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000693166  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0003  S4 domain protein YaaA  59.62 
 
 		 73 aa  60.8  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000126771  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09031  hypothetical protein  50 
 
 		 82 aa  61.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0003  S4 domain protein YaaA  63.46 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313437  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1647  RNA-binding S4  56.36 
 
 		 66 aa  60.5  0.000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.423975 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3479  RNA-binding S4  64.29 
 
 		 74 aa  60.1  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6817  hypothetical protein  61.82 
 
 		 65 aa  60.1  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0003  RNA-binding S4 domain protein  49.12 
 
 		 71 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.518781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.17 
 
 		 68 aa  58.5  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1607  RNA-binding S4 domain protein  62 
 
 		 76 aa  58.2  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.932623 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0002  RNA-binding S4 domain protein  50.91 
 
 		 70 aa  57.8  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000678168  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10421  S4 domain-containing protein  56.25 
 
 		 58 aa  58.2  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.507688  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06080  hypothetical protein  57.14 
 
 		 80 aa  57.8  0.00000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1301  RNA-binding S4 domain protein  62.96 
 
 		 77 aa  57.8  0.00000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517293  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10421  S4 domain-containing protein  56.25 
 
 		 58 aa  57.4  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0342  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.18 
 
 		 65 aa  57  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000486446  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0003  S4 domain protein YaaA  54 
 
 		 76 aa  56.2  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0383  RNA-binding S4  49.06 
 
 		 72 aa  56.6  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4907  RNA-binding S4  53.57 
 
 		 68 aa  56.6  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.93545  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0972  RNA-binding S4  56.25 
 
 		 58 aa  56.6  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0081  RNA-binding S4  56.36 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22660  hypothetical protein  60 
 
 		 72 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.294703  normal  0.222073 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00030  RNA-binding S4 domain protein  56.6 
 
 		 72 aa  56.2  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1224  hypothetical protein  52.73 
 
 		 73 aa  57  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0985687 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1328  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.69 
 
 		 92 aa  55.5  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2770  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.5 
 
 		 78 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.013443  normal  0.790943 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1437  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.88 
 
 		 62 aa  55.8  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.614466  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1365  RNA-binding S4 domain protein  54.72 
 
 		 77 aa  55.1  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000548467 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0003  S4-like RNA binding protein  51.92 
 
 		 73 aa  55.1  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0414  RNA-binding S4 domain protein  60 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09391  S4 domain-containing protein  52.94 
 
 		 69 aa  55.1  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185916 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0618  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.45 
 
 		 70 aa  54.7  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109181  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0046  hypothetical protein  58.49 
 
 		 74 aa  54.3  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2576  RNA-binding S4 domain protein  53.45 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0003  S4 domain-containing protein  52.83 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0003  S4 domain-containing protein  52.83 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10651  S4 domain-containing protein  47.17 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0278753 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3548  RNA-binding S4 domain protein  63.27 
 
 		 61 aa  53.5  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1824  RNA-binding S4  56.6 
 
 		 73 aa  53.5  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3069  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000897832  hitchhiker  0.000868663 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07580  hypothetical protein  58.33 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.87858  normal  0.455948 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.69 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0130697 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1502  RNA-binding S4  46.55 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5767  hypothetical protein  56.6 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.401314 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13901  S4 domain-containing protein  50.94 
 
 		 65 aa  52.4  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.453758 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3530  RNA-binding S4 domain protein  53.45 
 
 		 71 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.72 
 
 		 71 aa  52.4  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2551  hypothetical protein  44.44 
 
 		 78 aa  51.6  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.28368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2708  RNA-binding S4 domain protein  46.43 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.368118  hitchhiker  0.000000707392 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000219  hypothetical protein  45.45 
 
 		 177 aa  52  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1650  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.43 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.944903  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1635  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.43 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0673485  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05955  hypothetical protein  45.45 
 
 		 179 aa  51.6  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1672  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.43 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0473065  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0831  hypothetical protein  56.6 
 
 		 91 aa  51.6  0.000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.366919  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1088  RNA-binding S4 domain protein  48.28 
 
 		 84 aa  51.2  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.115578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2642  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.09 
 
 		 76 aa  51.2  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0497559  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0409  hypothetical protein  49.09 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000857637  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0526  hypothetical protein  49.06 
 
 		 160 aa  50.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0003  S4-like RNA binding protein  44.44 
 
 		 49 aa  50.4  0.000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.31544e-26 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1527  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.08 
 
 		 79 aa  50.4  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0003  S4-like RNA binding protein  45.83 
 
 		 73 aa  50.4  0.000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0366  hypothetical protein  42.59 
 
 		 128 aa  50.4  0.000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2454  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.21 
 
 		 76 aa  50.4  0.000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2524  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.21 
 
 		 76 aa  50.4  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  unclonable  0.0000273439 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2616  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.21 
 
 		 76 aa  50.4  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000166621 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3228  hypothetical protein  45.28 
 
 		 156 aa  50.1  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1729  RNA-binding S4 domain protein  51.85 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0180543  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0041  RNA-binding S4 domain protein  48.28 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2510  RNA-binding S4  41.07 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2237  hypothetical protein  46.15 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2457  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.64 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1264  RNA-binding S4  50 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0001495 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2197  hypothetical protein  50.91 
 
 		 83 aa  48.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.330181 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>