101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0003 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 70 aa  140  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.212549  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0464  S4 domain-containing protein  54.41 
 
 		 71 aa  72  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0103248  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0173  S4 domain protein YaaA  46.38 
 
 		 72 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0003  RNA-binding S4 domain protein  60 
 
 		 71 aa  70.5  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.518781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2373  RNA-binding S4  53.33 
 
 		 68 aa  67  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0002  RNA-binding S4 domain protein  59.62 
 
 		 70 aa  67.4  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000678168  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09031  hypothetical protein  53.45 
 
 		 82 aa  67  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10421  S4 domain-containing protein  62.5 
 
 		 58 aa  65.5  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.507688  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0003  RNA-binding S4  51.72 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000218407  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10421  S4 domain-containing protein  60.42 
 
 		 58 aa  64.3  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0972  RNA-binding S4  60.42 
 
 		 58 aa  63.9  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.24 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0081  RNA-binding S4  53.85 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00030  RNA-binding S4 domain protein  54.24 
 
 		 72 aa  61.2  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0098  RNA-binding S4  57.69 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000456096  normal  0.262898 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1550  S4 domain protein YaaA  49.15 
 
 		 71 aa  59.3  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.715034  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1607  RNA-binding S4 domain protein  48.21 
 
 		 76 aa  58.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.932623 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1437  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.77 
 
 		 62 aa  59.3  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.614466  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2576  RNA-binding S4 domain protein  54.9 
 
 		 71 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.77 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0130697 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3530  RNA-binding S4 domain protein  54.9 
 
 		 71 aa  57.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0003  S4 region, YaaA  42.47 
 
 		 78 aa  57.4  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0003  S4 region YaaA family protein  42.47 
 
 		 78 aa  57.4  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0799775  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0126  RNA-binding S4 domain protein  49.23 
 
 		 76 aa  57.4  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.564525  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2293  RNA-binding S4 domain protein  46.55 
 
 		 70 aa  57  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.26047 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4907  RNA-binding S4  53.85 
 
 		 68 aa  57  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.93545  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0414  RNA-binding S4 domain protein  51.72 
 
 		 65 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0831  hypothetical protein  50.94 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.366919  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0003  S4 domain-containing protein  45.9 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0003  S4 domain-containing protein  45.9 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13901  S4 domain-containing protein  54 
 
 		 65 aa  55.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.453758 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0003  S4 region YaaA family protein  47.69 
 
 		 70 aa  55.8  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0003  hypothetical protein  46.15 
 
 		 74 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.239482  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0003  hypothetical protein  46.15 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0003  hypothetical protein  46.15 
 
 		 74 aa  55.5  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0003  hypothetical protein  46.15 
 
 		 74 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0003  hypothetical protein  46.15 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.674518  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0618  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.85 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109181  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0003  hypothetical protein  46.15 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000693166  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0003  hypothetical protein  44.62 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000654454  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0003  hypothetical protein  46.15 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22660  hypothetical protein  46.55 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.294703  normal  0.222073 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0342  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.72 
 
 		 65 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000486446  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5317  hypothetical protein  44.62 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0232645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0383  RNA-binding S4  52.17 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0004  RNA-binding S4  52.94 
 
 		 61 aa  54.3  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000361246  hitchhiker  0.0000000730719 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0003  S4 domain protein YaaA  47.54 
 
 		 73 aa  54.3  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000126771  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2197  hypothetical protein  50.94 
 
 		 83 aa  54.3  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.330181 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0003  hypothetical protein  47.69 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0881433  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2551  hypothetical protein  41.1 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.28368  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0003  S4 domain protein YaaA  50.91 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313437  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2770  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.27 
 
 		 78 aa  53.5  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.013443  normal  0.790943 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10651  S4 domain-containing protein  52.17 
 
 		 72 aa  53.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0278753 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1729  RNA-binding S4 domain protein  45.76 
 
 		 91 aa  53.5  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0180543  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1824  RNA-binding S4  50 
 
 		 73 aa  53.5  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1693  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.9 
 
 		 84 aa  53.1  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0200012  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3643  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 80 aa  52.8  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.252029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09391  S4 domain-containing protein  50 
 
 		 69 aa  52.8  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185916 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0003  RNA-binding S4 domain protein  50.98 
 
 		 71 aa  52.4  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.241542  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1301  RNA-binding S4 domain protein  52 
 
 		 77 aa  52.4  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517293  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5767  hypothetical protein  43.08 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.401314 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0053  RNA-binding S4 domain protein  43.55 
 
 		 74 aa  52  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.525969  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0112  RNA-binding S4 domain protein  51.92 
 
 		 80 aa  52  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.361623  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3096  RNA-binding S4  48.08 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3156  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.08 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.914223  normal  0.39579 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3116  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.08 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3479  RNA-binding S4  50 
 
 		 74 aa  50.4  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0003  S4 domain protein YaaA  38.57 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0041  RNA-binding S4 domain protein  43.33 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1647  RNA-binding S4  50 
 
 		 66 aa  48.9  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.423975 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1365  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000548467 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6817  hypothetical protein  46.15 
 
 		 65 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06080  hypothetical protein  39.13 
 
 		 80 aa  48.1  0.00004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0003  S4-like RNA binding protein  42.86 
 
 		 148 aa  47.4  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1088  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 84 aa  47.4  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.115578  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3228  hypothetical protein  36.36 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04773  hypothetical protein  41.18 
 
 		 80 aa  47  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1224  hypothetical protein  40.82 
 
 		 73 aa  45.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0985687 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0046  hypothetical protein  37.7 
 
 		 74 aa  46.2  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1328  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.76 
 
 		 92 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.98 
 
 		 71 aa  45.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3548  RNA-binding S4 domain protein  45.83 
 
 		 61 aa  44.7  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1502  RNA-binding S4  38 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0409  hypothetical protein  39.66 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000857637  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2397  RNA-binding S4 domain protein  33.33 
 
 		 77 aa  43.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0714362  normal  0.242962 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05955  hypothetical protein  39.22 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0003  S4-like RNA binding protein  45.83 
 
 		 73 aa  42.4  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000219  hypothetical protein  39.22 
 
 		 177 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1650  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.31 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.944903  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1527  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.31 
 
 		 79 aa  41.6  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1635  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.31 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0673485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1672  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.31 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0473065  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2708  RNA-binding S4 domain protein  42.31 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.368118  hitchhiker  0.000000707392 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0003  S4-like RNA binding protein  35.71 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0366  hypothetical protein  39.13 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0414  RNA-binding S4 domain protein  51.72 
 
 		 65 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0499509  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6671  hypothetical protein  33.33 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.0976686 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1581  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.58 
 
 		 77 aa  40.8  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0305147  normal  0.476483 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0972  hypothetical protein  35.42 
 
 		 72 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0910033  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>