More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0492 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3402  phosphoribosylamine--glycine ligase  86.51 
 
 		 432 aa  745    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0441  phosphoribosylamine--glycine ligase  86.28 
 
 		 432 aa  743    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3413  phosphoribosylamine--glycine ligase  85.88 
 
 		 433 aa  750    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.872928 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0295  phosphoribosylamine--glycine ligase  88.34 
 
 		 430 aa  780    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0419  phosphoribosylamine--glycine ligase  85.58 
 
 		 432 aa  740    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0394  phosphoribosylamine--glycine ligase  83.02 
 
 		 431 aa  737    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0443  phosphoribosylamine--glycine ligase  88.6 
 
 		 430 aa  763    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.201644 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0431  phosphoribosylamine--glycine ligase  88.14 
 
 		 433 aa  783    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3406  phosphoribosylamine--glycine ligase  85.12 
 
 		 432 aa  755    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.586038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3914  phosphoribosylamine--glycine ligase  85.81 
 
 		 432 aa  743    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4037  phosphoribosylamine--glycine ligase  86.05 
 
 		 432 aa  744    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3841  phosphoribosylamine--glycine ligase  85.58 
 
 		 432 aa  741    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.111405 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0444  phosphoribosylamine--glycine ligase  85.35 
 
 		 432 aa  736    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3585  phosphoribosylamine--glycine ligase  85.81 
 
 		 432 aa  739    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0492  phosphoribosylamine--glycine ligase  100 
 
 		 433 aa  879    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0440  phosphoribosylamine--glycine ligase  85.81 
 
 		 432 aa  738    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0266  phosphoribosylamine--glycine ligase  73.09 
 
 		 427 aa  627  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000213794  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2652  phosphoribosylamine--glycine ligase  71.36 
 
 		 429 aa  619  1e-176  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002184  phosphoribosylamine--glycine ligase  70.21 
 
 		 429 aa  617  1e-176  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.25624  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03941  Phosphoribosylamine-glycine ligase  71.63 
 
 		 430 aa  617  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00211  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.98 
 
 		 429 aa  614  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0555  phosphoribosylamine--glycine ligase  71.46 
 
 		 431 aa  613  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2988  phosphoribosylamine--glycine ligase  70.74 
 
 		 428 aa  611  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0438  phosphoribosylamine--glycine ligase  70.3 
 
 		 430 aa  609  1e-173  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.199076  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3219  phosphoribosylamine--glycine ligase  69.75 
 
 		 429 aa  605  9.999999999999999e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4453  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  595  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  hitchhiker  0.000392069 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0215  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.89 
 
 		 430 aa  597  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0406099  normal  0.0125796 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03882  phosphoribosylamine-glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  591  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000860274  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5474  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.29 
 
 		 429 aa  592  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.13476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4239  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  592  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00124381  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4548  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  592  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000304372  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4386  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  591  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03835  hypothetical protein  68.75 
 
 		 429 aa  591  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000931477  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4020  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  592  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000927217  normal  0.0101467 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3988  phosphoribosylamine/glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  590  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0361396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4508  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.52 
 
 		 429 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0778373 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4496  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.75 
 
 		 429 aa  590  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000225394  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3451  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.75 
 
 		 428 aa  586  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.264337  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4582  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.29 
 
 		 429 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.213422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4419  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.29 
 
 		 429 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.160091  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4506  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.29 
 
 		 429 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0278032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0228  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.13 
 
 		 428 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0316556  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0360  Phosphoribosylamine--glycine ligase  66.74 
 
 		 430 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0224  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.13 
 
 		 428 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0267401  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0805  phosphoribosylamine--glycine ligase  68.91 
 
 		 430 aa  583  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3862  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.52 
 
 		 429 aa  581  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.256361  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2843  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.91 
 
 		 430 aa  580  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.294227  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3708  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.44 
 
 		 428 aa  579  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0202463  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0292  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.9 
 
 		 427 aa  578  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00181025  normal  0.0133648 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0464  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.28 
 
 		 428 aa  576  1.0000000000000001e-163  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00032027  normal  0.0111484 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3844  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.28 
 
 		 428 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000315171  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0909  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.9 
 
 		 432 aa  574  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4613  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.67 
 
 		 431 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.302277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4698  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.97 
 
 		 430 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.744432  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4823  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.97 
 
 		 431 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4876  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.21 
 
 		 431 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0356  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.05 
 
 		 428 aa  574  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0104682  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0707  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.67 
 
 		 429 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5575  phosphoribosylamine--glycine ligase  67.05 
 
 		 429 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64220  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.82 
 
 		 429 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.88359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.82 
 
 		 430 aa  566  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.147919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06880  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.74 
 
 		 426 aa  567  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.285428  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0361  phosphoribosylamine--glycine ligase  65.5 
 
 		 427 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.292405  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4867  phosphoribosylamine--glycine ligase  65.82 
 
 		 431 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4407  phosphoribosylamine--glycine ligase  65.82 
 
 		 431 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1626  phosphoribosylamine--glycine ligase  63.13 
 
 		 432 aa  556  1e-157  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2827  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.16 
 
 		 437 aa  534  1e-150  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000587328  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0177  phosphoribosylamine/glycine ligase  61.57 
 
 		 429 aa  524  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.348487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2342  phosphoribosylamine/glycine ligase  62.41 
 
 		 428 aa  521  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.51337  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.28 
 
 		 430 aa  520  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000692344  hitchhiker  0.00000110971 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3668  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.95 
 
 		 425 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0348  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.5 
 
 		 422 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.6128 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1442  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.11 
 
 		 426 aa  509  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1999  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.7 
 
 		 429 aa  508  1e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00638776  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02964  phosphoribosylamine--glycine ligase  60.09 
 
 		 429 aa  509  1e-143  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3665  phosphoribosylamine--glycine ligase  61.07 
 
 		 428 aa  509  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1704  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.84 
 
 		 428 aa  500  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.382123  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1899  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.84 
 
 		 428 aa  500  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  normal  0.253787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3202  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.6 
 
 		 426 aa  495  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.462795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1729  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.06 
 
 		 430 aa  495  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.576125 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0997  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.31 
 
 		 430 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2523  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.11 
 
 		 422 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0784  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.41 
 
 		 422 aa  491  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110869  normal  0.244609 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1419  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.6 
 
 		 425 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0875  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.54 
 
 		 430 aa  492  9.999999999999999e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.712895  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1238  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.84 
 
 		 425 aa  489  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3522  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.4 
 
 		 427 aa  488  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.366295  normal  0.0471361 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0036  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.81 
 
 		 424 aa  490  1e-137  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.413084  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0617  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.21 
 
 		 425 aa  488  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1338  phosphoribosylamine--glycine ligase  58.03 
 
 		 430 aa  490  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2212  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.02 
 
 		 426 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1074  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.64 
 
 		 425 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.497421  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1885  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.64 
 
 		 425 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1061  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.21 
 
 		 442 aa  485  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1014  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.64 
 
 		 425 aa  485  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0793  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.64 
 
 		 425 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.296273  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1969  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.89 
 
 		 433 aa  485  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2318  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.21 
 
 		 426 aa  488  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.57608 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1239  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.11 
 
 		 425 aa  487  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0277108  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2295  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.98 
 
 		 426 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>