33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5077 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_5077  plasmid encoded RepA protein  100 
 
 		 334 aa  689    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0739212 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0001  REPA replicase protein  46.18 
 
 		 341 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000644279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3894  plasmid encoded RepA protein  45.45 
 
 		 357 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3781  plasmid encoded RepA protein  45.45 
 
 		 357 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407659  normal  0.193464 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5341  plasmid encoded RepA protein  44.9 
 
 		 364 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5817  replicase protein  44.9 
 
 		 364 aa  282  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2404  plasmid encoded RepA protein  41 
 
 		 274 aa  219  5e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2825  plasmid encoded RepA protein  37.54 
 
 		 329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2879  plasmid encoded RepA protein  38.67 
 
 		 295 aa  207  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3841  plasmid encoded RepA protein  36.24 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6304  plasmid encoded RepA protein  33.01 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3565  hypothetical protein  34.74 
 
 		 366 aa  166  8e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.539366  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3681  plasmid encoded RepA protein  34.29 
 
 		 370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.936981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2651  plasmid encoded RepA protein  32.64 
 
 		 282 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00773036  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3440  plasmid encoded RepA protein  31.21 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246282  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2261  plasmid encoded RepA protein  33.45 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000207184  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0029  plasmid encoded RepA protein  30.23 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3919  plasmid encoded RepA protein  28.83 
 
 		 434 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4282  plasmid encoded RepA protein  29.63 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.163535 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3914  plasmid encoded RepA protein  29.63 
 
 		 365 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0766872 
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p05  replicase  34.58 
 
 		 352 aa  116  5e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4956  plasmid encoded RepA protein  27.08 
 
 		 434 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4387  plasmid encoded RepA protein  28.89 
 
 		 362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0392  plasmid encoded RepA protein  32.74 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5948  plasmid encoded RepA protein  27.04 
 
 		 358 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.087033  normal  0.0313966 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2333  plasmid encoded RepA protein  28.78 
 
 		 280 aa  105  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2376  plasmid encoded RepA protein  31.91 
 
 		 350 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00013928 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6551  plasmid encoded RepA protein  27.04 
 
 		 359 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126036  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_7007  plasmid encoded RepA protein  30.23 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.543469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1558  plasmid encoded RepA protein  29.82 
 
 		 364 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.881122  normal  0.10622 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0838  plasmid encoded RepA protein  33.19 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.453567 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2552  plasmid encoded RepA protein  38.39 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2495  plasmid encoded RepA protein  35.71 
 
 		 103 aa  47.8  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>