33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_B0029 on replicon NC_007641
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007641  Rru_B0029  plasmid encoded RepA protein  100 
 
 
328 aa  674    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3440  plasmid encoded RepA protein  48.04 
 
 
311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.246282  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4387  plasmid encoded RepA protein  35.11 
 
 
362 aa  139  6e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4282  plasmid encoded RepA protein  34.75 
 
 
365 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.163535 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3914  plasmid encoded RepA protein  34.75 
 
 
365 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0766872 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5948  plasmid encoded RepA protein  33.95 
 
 
358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.087033  normal  0.0313966 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_7007  plasmid encoded RepA protein  33.46 
 
 
309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.543469  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6551  plasmid encoded RepA protein  33.09 
 
 
359 aa  132  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126036  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4956  plasmid encoded RepA protein  32.91 
 
 
434 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2261  plasmid encoded RepA protein  31.77 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000207184  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6304  plasmid encoded RepA protein  31.12 
 
 
418 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0392  plasmid encoded RepA protein  32.22 
 
 
299 aa  122  9e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5077  plasmid encoded RepA protein  30.23 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0739212 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3919  plasmid encoded RepA protein  30.77 
 
 
434 aa  120  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3841  plasmid encoded RepA protein  30 
 
 
288 aa  119  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1558  plasmid encoded RepA protein  31 
 
 
364 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.881122  normal  0.10622 
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3565  hypothetical protein  28.69 
 
 
366 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.539366  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2404  plasmid encoded RepA protein  30.11 
 
 
274 aa  113  5e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3681  plasmid encoded RepA protein  32.53 
 
 
370 aa  112  9e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.936981  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2825  plasmid encoded RepA protein  29.53 
 
 
329 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0838  plasmid encoded RepA protein  29.51 
 
 
302 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.453567 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3894  plasmid encoded RepA protein  27.43 
 
 
357 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3781  plasmid encoded RepA protein  27.43 
 
 
357 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407659  normal  0.193464 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2879  plasmid encoded RepA protein  28.28 
 
 
295 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0001  REPA replicase protein  27.78 
 
 
341 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000644279  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5341  plasmid encoded RepA protein  27.15 
 
 
364 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5817  replicase protein  26.71 
 
 
364 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2651  plasmid encoded RepA protein  27.57 
 
 
282 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00773036  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2333  plasmid encoded RepA protein  28.73 
 
 
280 aa  94.7  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2376  plasmid encoded RepA protein  31.16 
 
 
350 aa  94  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00013928 
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p05  replicase  27.82 
 
 
352 aa  85.5  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2552  plasmid encoded RepA protein  42.2 
 
 
290 aa  77.8  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2495  plasmid encoded RepA protein  39.24 
 
 
103 aa  53.1  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>