More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3161 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3161  glycine cleavage system protein H  100 
 
 		 126 aa  250  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.876766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3488  glycine cleavage system protein H  97.62 
 
 		 126 aa  244  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3294  glycine cleavage system protein H  75.4 
 
 		 127 aa  197  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3330  glycine cleavage system protein H  72.58 
 
 		 126 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3481  glycine cleavage system protein H  70.16 
 
 		 126 aa  181  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3206  glycine cleavage system protein H  76 
 
 		 128 aa  175  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000136098  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3324  glycine cleavage H-protein  65.87 
 
 		 155 aa  164  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3254  glycine cleavage system H protein  63.49 
 
 		 126 aa  160  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3310  glycine cleavage system H protein  63.49 
 
 		 126 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3998  glycine cleavage system H protein  63.49 
 
 		 126 aa  159  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2994  glycine cleavage system H protein  63.49 
 
 		 126 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3927  glycine cleavage system H protein  63.49 
 
 		 126 aa  159  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0419405  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0128  glycine cleavage system H protein  63.49 
 
 		 126 aa  159  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3060  glycine cleavage system H protein  63.49 
 
 		 126 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1543  glycine cleavage system H protein  63.49 
 
 		 126 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532725  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0132  glycine cleavage system H protein  63.2 
 
 		 153 aa  158  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0177  glycine cleavage system protein H  60.83 
 
 		 129 aa  155  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0142  glycine cleavage system protein H  63.64 
 
 		 126 aa  155  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207968  normal  0.345489 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0144  glycine cleavage system protein H  63.64 
 
 		 126 aa  155  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.87599 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0158  glycine cleavage system protein H  63.2 
 
 		 126 aa  154  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2910  glycine cleavage system protein H  62.4 
 
 		 126 aa  153  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0145  glycine cleavage system protein H  62.4 
 
 		 126 aa  153  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3004  glycine cleavage system protein H  58.06 
 
 		 126 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.655553 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3881  glycine cleavage system protein H  58.06 
 
 		 126 aa  148  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0055  glycine cleavage system protein H  58.06 
 
 		 126 aa  147  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5427  glycine cleavage system protein H  53.97 
 
 		 127 aa  147  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.801429  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47270  Glycine cleavage system H protein  57.76 
 
 		 129 aa  145  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666574  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5100  glycine cleavage system protein H  53.17 
 
 		 127 aa  144  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.831636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0247  glycine cleavage system protein H  54.33 
 
 		 128 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  53.17 
 
 		 127 aa  144  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0317  glycine cleavage system H protein  54.33 
 
 		 128 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1719  glycine cleavage system H protein  55.56 
 
 		 130 aa  143  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.891721 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  54.76 
 
 		 127 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2758  glycine cleavage system protein H  56.35 
 
 		 130 aa  143  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  51.2 
 
 		 129 aa  143  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5253  glycine cleavage system protein H  52.38 
 
 		 127 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0213  glycine cleavage system protein H  53.33 
 
 		 129 aa  142  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0051  glycine cleavage system H protein  55.74 
 
 		 127 aa  140  4e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1191  glycine cleavage system protein H  53.66 
 
 		 130 aa  141  4e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  53.97 
 
 		 129 aa  140  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  52.38 
 
 		 126 aa  140  8e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  52.38 
 
 		 126 aa  140  8e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000312809  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0332  glycine cleavage system protein H  54.31 
 
 		 129 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2464  glycine cleavage system H protein  56.9 
 
 		 128 aa  138  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.239557  normal  0.657503 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3591  glycine cleavage system protein H  53.97 
 
 		 129 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.961592  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2577  glycine cleavage system protein H  52.85 
 
 		 130 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0304435  normal  0.0181641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0339  glycine cleavage system protein H  54.76 
 
 		 130 aa  138  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000111817  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3800  glycine cleavage system protein H  53.17 
 
 		 129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0618  glycine cleavage system protein H  53.17 
 
 		 129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.475927  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3618  glycine cleavage system protein H  53.17 
 
 		 129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3676  glycine cleavage system protein H  53.17 
 
 		 129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.134478  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 129 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3436  glycine cleavage system protein H  53.17 
 
 		 135 aa  135  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3915  glycine cleavage system H protein  53.17 
 
 		 128 aa  136  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5959  glycine cleavage system protein H  51.72 
 
 		 142 aa  136  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723705  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3310  glycine cleavage system protein H  53.6 
 
 		 136 aa  135  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  52.38 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3210  glycine cleavage system protein H  52.38 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0184338  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  52.38 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  52.38 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  56.1 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0623  glycine cleavage system protein H  52.38 
 
 		 129 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0735032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3150  glycine cleavage system protein H  51.59 
 
 		 129 aa  134  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000198497  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1723  glycine cleavage system protein H  55.56 
 
 		 126 aa  134  5e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000363297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  54.76 
 
 		 129 aa  133  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  52.38 
 
 		 129 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0834  glycine cleavage system protein H  51.59 
 
 		 129 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2004  glycine cleavage system H protein  53.28 
 
 		 127 aa  131  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.829681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00862  glycine cleavage system protein H  51.59 
 
 		 129 aa  130  6e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1711  glycine cleavage system H protein  53.28 
 
 		 126 aa  130  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.147296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0907  glycine cleavage H-protein  50 
 
 		 130 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0839  glycine cleavage system protein H  50.79 
 
 		 130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3968  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0721397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3302  glycine cleavage system protein H  51.59 
 
 		 129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13973  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3674  glycine cleavage system protein H  49.21 
 
 		 129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0623  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 130 aa  128  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1812  glycine cleavage system protein H  49.21 
 
 		 131 aa  127  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3363  glycine cleavage system H protein  55.05 
 
 		 127 aa  127  5.0000000000000004e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.722606 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2460  glycine cleavage system protein H  54.24 
 
 		 126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1055  glycine cleavage system H protein  47.11 
 
 		 131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.206037  normal  0.46199 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2284  glycine cleavage system protein H  50.79 
 
 		 127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.31012  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0811  glycine cleavage system protein H  50.43 
 
 		 130 aa  125  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.061834  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3831  glycine cleavage system protein H  50.79 
 
 		 128 aa  124  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.396771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0868  glycine cleavage system protein H  50.79 
 
 		 128 aa  124  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0864  glycine cleavage system protein H  50.79 
 
 		 128 aa  124  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.786548  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1732  glycine cleavage H-protein  50.81 
 
 		 125 aa  122  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3097  glycine cleavage system H protein  47.24 
 
 		 127 aa  121  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.215874  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3072  glycine cleavage system protein H  46.72 
 
 		 131 aa  120  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.132267 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>