72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0042 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0042  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA49  tRNA-Gln  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0024  tRNA-Gln  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0524275 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0022  tRNA-Gln  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0059  tRNA-Gln  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.431552 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0054  tRNA-Gln  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875791  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0023    94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.875544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1115  tRNA-Gln  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0054  tRNA-Gln  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0053  tRNA-Gln  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0007  tRNA-Gln  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1560  tRNA-Gln  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0007  tRNA-Gln  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0007  tRNA-Gln  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4593  tRNA-Gln  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0422846  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0007  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0031  tRNA-Gln  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.183795  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t30  tRNA-Gln  93.02 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.357296  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0049  tRNA-Gln  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0302524  normal  0.0464215 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0010  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.347599  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt28  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0070  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.519832  normal  0.190978 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0067  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.922568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0038  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.132474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0004  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0919548 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0071  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.399239 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0020  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt03  tRNA-Gln  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0001  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0039  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0004  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.628498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0065  tRNA-Gln  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.398704  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1395  tRNA-Gln  100 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0760  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000001352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0761  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000167269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0002  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.131125  normal  0.199971 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5016  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4651  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.16576e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0014  tRNA-Gln  83.87 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0040  tRNA-Gln  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000233905  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0783  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000582426  normal  0.4419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0032  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0033  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0064  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0063  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0064  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0165002  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00012  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000124601  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00011  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000114888  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0735  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000520956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0690  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0071  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0077  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0076  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0046  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000171717  normal  0.0156007 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0464  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.99671e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0578  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.87866e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0045  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000078833  normal  0.0156907 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0736  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000556049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0794  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000236079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0795  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000207498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0829  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000799298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0830  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000784737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0721  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000153053  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0722  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000907062  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0782  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000722917  normal  0.446267 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>