58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0054 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_R0022  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0059  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.431552 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0054  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875791  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0024  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0524275 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0023    100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.875544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA49  tRNA-Gln  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0042  tRNA-Gln  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0054  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0049  tRNA-Gln  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0302524  normal  0.0464215 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0014  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt28  tRNA-Gln  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0065  tRNA-Gln  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.398704  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0032  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0040  tRNA-Gln  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000233905  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt03  tRNA-Gln  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0053  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1115  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4593  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0422846  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0050  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000114197  normal  0.509569 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0017  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0017  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0017  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0807433  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0010  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0033  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.305698  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0099  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000895438  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0057  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0050  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0028  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000428392  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0029  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000397179  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0032  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000333525  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0023  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.834427 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0039  tRNA-Gln  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216834  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0044  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0948234  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0038  tRNA-Gln  83.87 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.132474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0007  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0007  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1560  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0020  tRNA-Gln  83.87 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0007  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>