18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6225 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6225  hypothetical protein  100 
 
 		 139 aa  276  6e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0551295  normal  0.629644 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5271  protein of unknown function DUF583  48.78 
 
 		 127 aa  104  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.086995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1630  protein of unknown function DUF583  48.78 
 
 		 127 aa  104  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6794  hypothetical protein  44.83 
 
 		 135 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.144647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3931  hypothetical protein  35.05 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.183778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08500  hypothetical protein  31.68 
 
 		 140 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000020428 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0413  hypothetical protein  33.33 
 
 		 164 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00223609  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0805  hypothetical protein  32.18 
 
 		 137 aa  47  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4734  hypothetical protein  33.04 
 
 		 160 aa  47  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122203  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0470  hypothetical protein  30.6 
 
 		 153 aa  45.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000860972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0724  hypothetical protein  28.46 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0628  hypothetical protein  29.55 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0607  protein of unknown function DUF583  29.55 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.613637  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0653  hypothetical protein  32.04 
 
 		 129 aa  41.6  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5896  protein of unknown function DUF583  30.43 
 
 		 144 aa  41.6  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2409  cell shape determination protein CcmA  28.12 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0441319  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4110  hypothetical protein  33.71 
 
 		 148 aa  41.2  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23470  cell shape determination protein CcmA  32.39 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000002252  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>