14 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2158 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2158  hypothetical protein  100 
 
 		 160 aa  316  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.242425  normal  0.185915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2313  VRR-NUC domain protein  99.38 
 
 		 160 aa  315  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3793  VRR-NUC domain protein  76.76 
 
 		 161 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1980  VRR-NUC domain protein  37.93 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4245  VRR-NUC domain protein  38.26 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4094  VRR-NUC domain protein  37.39 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4127  VRR-NUC domain-containing protein  30.94 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2627  VRR-NUC domain protein  37.78 
 
 		 129 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3890  hypothetical protein  30.65 
 
 		 147 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.395655  decreased coverage  0.000269668 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1554  hypothetical protein  30.4 
 
 		 140 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272176  decreased coverage  0.0000324297 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0893  VRR-NUC domain protein  33.33 
 
 		 120 aa  47  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02760  VRR-NUC domain-containing protein  33.04 
 
 		 112 aa  46.2  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.60673e-17 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4970  hypothetical protein  28.44 
 
 		 177 aa  45.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.339538  normal  0.0379158 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3837  VRR-NUC domain protein  37.68 
 
 		 129 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>