16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3890 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3890  hypothetical protein  100 
 
 		 147 aa  295  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.395655  decreased coverage  0.000269668 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4127  VRR-NUC domain-containing protein  90.85 
 
 		 142 aa  263  7e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1554  hypothetical protein  68.15 
 
 		 140 aa  180  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272176  decreased coverage  0.0000324297 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4970  hypothetical protein  45.83 
 
 		 177 aa  77  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.339538  normal  0.0379158 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02760  VRR-NUC domain-containing protein  41.03 
 
 		 112 aa  75.1  0.0000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.60673e-17 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1331  VRR-NUC  36.79 
 
 		 148 aa  70.1  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.763526  normal  0.0424341 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4465  hypothetical protein  35.2 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2313  VRR-NUC domain protein  30.65 
 
 		 160 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2158  hypothetical protein  30.65 
 
 		 160 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.242425  normal  0.185915 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0893  VRR-NUC domain protein  43.06 
 
 		 120 aa  48.1  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2627  VRR-NUC domain protein  38.14 
 
 		 129 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3793  VRR-NUC domain protein  28 
 
 		 161 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3837  VRR-NUC domain protein  40.7 
 
 		 129 aa  43.5  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2492  VRR-NUC domain protein  40.96 
 
 		 129 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.681289  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5081  VRR-NUC domain protein  40.96 
 
 		 129 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4245  VRR-NUC domain protein  32.48 
 
 		 126 aa  40.4  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>