More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2020 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2020  zinc-binding alcohol dehydrogenase  100 
 
 
322 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3434  alcohol dehydrogenase  89.13 
 
 
322 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0491212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2150  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  85.71 
 
 
322 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3096  putative NADPH quinone oxidoreductase  77.02 
 
 
322 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.751832  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6360  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  43.52 
 
 
323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0398361  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5294  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  42.28 
 
 
323 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3808  alcohol dehydrogenase  39.17 
 
 
323 aa  220  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5053  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  38.06 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5959  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  37.91 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3022  zinc-binding alcohol dehydrogenase  38.46 
 
 
328 aa  200  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0720259  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0411  zinc-binding alcohol dehydrogenase  37.7 
 
 
329 aa  187  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201425  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4930  alcohol dehydrogenase  35.18 
 
 
327 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4344  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  35.31 
 
 
356 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3044  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.32 
 
 
369 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3581  response regulator receiver protein  34.41 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.84389 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5835  alcohol dehydrogenase  34.65 
 
 
345 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2092  quinone oxidoreductase putative PIG3  33.66 
 
 
332 aa  172  5e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187867  hitchhiker  0.000106437 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5025  zinc-binding alcohol dehydrogenase  34.65 
 
 
345 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583153  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1628  NAD(P)H quinone oxidoreductase PIG3 family protein  33.22 
 
 
336 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.91592  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1737  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  33.22 
 
 
336 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1621  quinone oxidoreductase putative PIG3  34.15 
 
 
336 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.463823  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2835  NAD(P)H quinone oxidoreductase PIG3 family protein  33.22 
 
 
336 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.548678  normal  0.0828757 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0336  quinone oxidoreductase putative PIG3  37.39 
 
 
328 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67029  normal  0.594671 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0072  putative quinone oxidoreductase  34.04 
 
 
328 aa  169  8e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.419686  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2750  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  33.11 
 
 
332 aa  169  8e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204833  normal  0.0529878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6946  putative NADPH quinone oxidoreductase  34.09 
 
 
332 aa  169  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3548  zinc-binding alcohol dehydrogenase  33.77 
 
 
332 aa  168  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0100  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  34.15 
 
 
328 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4208  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  37.39 
 
 
326 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0985  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  33.98 
 
 
332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.567707  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1738  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  33.11 
 
 
326 aa  166  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0679708  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1679  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  33.11 
 
 
334 aa  166  5e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4233  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  37.08 
 
 
326 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0229616  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0640  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  35.79 
 
 
332 aa  165  8e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1054  alcohol dehydrogenase  32.59 
 
 
332 aa  165  9e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1546  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  34.29 
 
 
336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383857  normal  0.0877098 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3056  quinone oxidoreductase putative PIG3  32.04 
 
 
335 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1826  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  33.97 
 
 
336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.448305 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3406  zinc-binding alcohol dehydrogenase  32.67 
 
 
335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04350  quinone reductase  34.19 
 
 
325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01620  putative NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  33.77 
 
 
324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.452683  normal  0.18049 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4084  zinc-binding alcohol dehydrogenase  36.78 
 
 
326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.406698  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1174  quinone oxidoreductase putative PIG3  32.13 
 
 
334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3672  alcohol dehydrogenase  35.95 
 
 
337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.670405  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49690  oxidoreductase  32.24 
 
 
328 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0170  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  33.33 
 
 
322 aa  162  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0541  alcohol dehydrogenase  35.05 
 
 
332 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3245  quinone oxidoreductase putative PIG3  31.71 
 
 
326 aa  162  7e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0885817  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0464  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  34.57 
 
 
335 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.34246  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1260  alcohol dehydrogenase  34.36 
 
 
334 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.105782 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0913  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  34.84 
 
 
326 aa  161  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0537467  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4281  alcohol dehydrogenase  33.22 
 
 
344 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.672706  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3411  alcohol dehydrogenase  35.79 
 
 
332 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0690188 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6140  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  36.25 
 
 
328 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3252  alcohol dehydrogenase  35.41 
 
 
333 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1340  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  34.82 
 
 
338 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00600285  normal  0.0548785 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2867  alcohol dehydrogenase  33.22 
 
 
333 aa  159  4e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.686994  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0261  NAD(P)H quinone oxidoreductase PIG3 family  32.48 
 
 
324 aa  159  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0533  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  36.04 
 
 
333 aa  159  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0360473 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04120  putative NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  31.94 
 
 
326 aa  159  6e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0587726 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1245  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  32.62 
 
 
338 aa  159  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.490679  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0180  alcohol dehydrogenase  33.33 
 
 
325 aa  159  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0894  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  33.12 
 
 
332 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1697  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  33.44 
 
 
336 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1371  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  31.94 
 
 
331 aa  158  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.544729  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0840  quinone oxidoreductase putative PIG3  32.79 
 
 
341 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3745  alcohol dehydrogenase  33.54 
 
 
329 aa  158  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00017214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0782  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  35.39 
 
 
338 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793313  normal  0.107326 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0180  alcohol dehydrogenase  31.52 
 
 
329 aa  158  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.089146  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5274  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  33.87 
 
 
324 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.315369  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1137  quinone oxidoreductase putative PIG3  33.53 
 
 
327 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0153102  normal  0.45534 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0790  zinc-binding alcohol dehydrogenase  32.13 
 
 
332 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3217  putative NADPH quinone oxidoreductase  34.5 
 
 
338 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00040728  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4346  zinc-binding alcohol dehydrogenase  32.36 
 
 
332 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0741  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  34.8 
 
 
339 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.413421  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1833  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  34.8 
 
 
339 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1286  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  34.8 
 
 
339 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1431  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  34.8 
 
 
360 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0409  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  34.8 
 
 
339 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5173  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  33.23 
 
 
329 aa  157  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1126  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  34.8 
 
 
339 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.793035  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2736  alcohol dehydrogenase  32.12 
 
 
328 aa  157  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00823064  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2101  alcohol dehydrogenase  33.55 
 
 
353 aa  156  4e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.692182 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4470  alcohol dehydrogenase  31.94 
 
 
325 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0103957 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2012  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  34.19 
 
 
338 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00591835  normal  0.606221 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1696  hypothetical protein  32.27 
 
 
333 aa  155  8e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5183  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  34.73 
 
 
333 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.641373  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5622  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  30.96 
 
 
323 aa  155  9e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.915578 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1965  quinone oxidoreductase  32.32 
 
 
328 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2113  quinone oxidoreductase  32.32 
 
 
328 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2169  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  34.6 
 
 
339 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0111433  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2290  alcohol dehydrogenase  34.6 
 
 
339 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000196833  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1295  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  34.48 
 
 
360 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0519873  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0631  quinone oxidoreductase putative PIG3  34.75 
 
 
333 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1697  hypothetical protein  32.27 
 
 
333 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0958  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  33.96 
 
 
334 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3513  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  33.12 
 
 
332 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4494  alcohol dehydrogenase  32.13 
 
 
332 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.218287  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3282  alcohol dehydrogenase  31.19 
 
 
333 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1025  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  34.06 
 
 
339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0042079  normal  0.442339 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>