More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0411 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0411  zinc-binding alcohol dehydrogenase  100 
 
 
329 aa  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201425  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3672  alcohol dehydrogenase  72.84 
 
 
337 aa  499  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.670405  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0658  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  69.23 
 
 
333 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3731  alcohol dehydrogenase  68.62 
 
 
333 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0631  quinone oxidoreductase putative PIG3  68.62 
 
 
333 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0654  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  68.92 
 
 
333 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3581  response regulator receiver protein  65.43 
 
 
332 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.84389 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3252  alcohol dehydrogenase  67.59 
 
 
333 aa  432  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0640  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  65.94 
 
 
332 aa  420  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0541  alcohol dehydrogenase  65.43 
 
 
332 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4023  alcohol dehydrogenase  62.57 
 
 
345 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.961336  unclonable  0.000000000225765 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3411  alcohol dehydrogenase  64.81 
 
 
332 aa  413  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0690188 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0649  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  60.98 
 
 
339 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00556767  hitchhiker  0.00000024095 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0533  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  61.47 
 
 
333 aa  381  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0360473 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3406  zinc-binding alcohol dehydrogenase  52.62 
 
 
335 aa  356  3.9999999999999996e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2092  quinone oxidoreductase putative PIG3  51.24 
 
 
332 aa  347  2e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187867  hitchhiker  0.000106437 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2517  zinc-binding alcohol dehydrogenase  59.73 
 
 
334 aa  344  1e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0840  quinone oxidoreductase putative PIG3  53.4 
 
 
341 aa  334  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3889  zinc-binding alcohol dehydrogenase  51.24 
 
 
327 aa  331  1e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0106783 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1174  quinone oxidoreductase putative PIG3  48.77 
 
 
334 aa  330  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3274  alcohol dehydrogenase  53.94 
 
 
337 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.589751  hitchhiker  0.0000424173 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1679  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  48.93 
 
 
334 aa  326  3e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1738  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  49.07 
 
 
326 aa  325  6e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0679708  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2435  alcohol dehydrogenase  49.07 
 
 
333 aa  322  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.953157  normal  0.115745 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1156  quinone oxidoreductase  50.3 
 
 
389 aa  322  4e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0248  quinone oxidoreductase putative PIG3  52.17 
 
 
328 aa  322  5e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0716  NADPH/quinone reductase and related Zn-dependent oxidoreductase  49.69 
 
 
328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.655261  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1371  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  50.62 
 
 
331 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.544729  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6946  putative NADPH quinone oxidoreductase  50.31 
 
 
332 aa  318  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2371  alcohol dehydrogenase  49.07 
 
 
328 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.603906  normal  0.87569 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1484  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  52.31 
 
 
342 aa  317  2e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.269368 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1621  quinone oxidoreductase putative PIG3  49.22 
 
 
336 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.463823  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1056  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  48.92 
 
 
334 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.691912  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0790  zinc-binding alcohol dehydrogenase  49.38 
 
 
332 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0985  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  48.77 
 
 
332 aa  311  9e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.567707  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0782  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  49.7 
 
 
338 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793313  normal  0.107326 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2269  alcohol dehydrogenase  48.45 
 
 
325 aa  310  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.609363  normal  0.353515 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0337  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  49.53 
 
 
338 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1628  NAD(P)H quinone oxidoreductase PIG3 family protein  48.06 
 
 
336 aa  306  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.91592  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1737  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  48.06 
 
 
336 aa  306  4.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0894  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  50.16 
 
 
332 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.637354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4494  alcohol dehydrogenase  47.22 
 
 
332 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.218287  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3548  zinc-binding alcohol dehydrogenase  48.46 
 
 
332 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3056  quinone oxidoreductase putative PIG3  47.83 
 
 
335 aa  305  6e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2835  NAD(P)H quinone oxidoreductase PIG3 family protein  48.06 
 
 
336 aa  305  9.000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.548678  normal  0.0828757 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1260  alcohol dehydrogenase  49.54 
 
 
334 aa  305  9.000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.105782 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1054  alcohol dehydrogenase  50.16 
 
 
332 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2867  alcohol dehydrogenase  48.15 
 
 
333 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.686994  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2750  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  48.15 
 
 
332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204833  normal  0.0529878 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1421  alcohol dehydrogenase  49.38 
 
 
328 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.329705  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1245  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  48.3 
 
 
338 aa  301  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.490679  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0464  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  47.99 
 
 
335 aa  301  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.34246  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4281  alcohol dehydrogenase  47.02 
 
 
344 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.672706  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4346  zinc-binding alcohol dehydrogenase  47.53 
 
 
332 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4344  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  46.01 
 
 
356 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5025  zinc-binding alcohol dehydrogenase  45.68 
 
 
345 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583153  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5835  alcohol dehydrogenase  45.68 
 
 
345 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3044  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  45.2 
 
 
369 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1546  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  48.92 
 
 
336 aa  295  6e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383857  normal  0.0877098 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0364  zinc-binding alcohol dehydrogenase  48.46 
 
 
332 aa  295  8e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.430047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1826  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  48.61 
 
 
336 aa  295  9e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.448305 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0958  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  50.49 
 
 
334 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761885  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2575  alcohol dehydrogenase  47.22 
 
 
332 aa  293  3e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0924  zinc-binding alcohol dehydrogenase  47.88 
 
 
334 aa  293  4e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.734202  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1697  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  47.99 
 
 
336 aa  292  6e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0064  alcohol dehydrogenase  47.53 
 
 
333 aa  292  7e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0568  quinone oxidoreductase putative PIG3  45.48 
 
 
333 aa  291  9e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.693956 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3259  zinc-binding alcohol dehydrogenase  48.21 
 
 
340 aa  291  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1490  zinc-binding alcohol dehydrogenase  47.8 
 
 
333 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020741  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1400  putative oxidoreductase  46.6 
 
 
328 aa  289  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.250698  normal  0.859158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1952  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  46.46 
 
 
332 aa  289  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2003  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  47.08 
 
 
335 aa  289  6e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.05102  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0170  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  46.13 
 
 
322 aa  288  8e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0180  alcohol dehydrogenase  45.45 
 
 
325 aa  288  9e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0391  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  45.28 
 
 
335 aa  287  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.474725  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2169  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  47.75 
 
 
339 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0111433  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2290  alcohol dehydrogenase  47.75 
 
 
339 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000196833  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2065  putative NADPH quinone oxidoreductase protein  48.48 
 
 
334 aa  286  5e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.465224  normal  0.69391 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49690  oxidoreductase  44.75 
 
 
328 aa  285  9e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3245  quinone oxidoreductase putative PIG3  46.27 
 
 
326 aa  283  2.0000000000000002e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0885817  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0100  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  46.89 
 
 
328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2012  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  45.48 
 
 
338 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00591835  normal  0.606221 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1833  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  47.43 
 
 
339 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1126  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  47.43 
 
 
339 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.793035  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5622  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  44.72 
 
 
323 aa  281  8.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.915578 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1286  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  47.43 
 
 
339 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0409  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  47.43 
 
 
339 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0741  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  47.43 
 
 
339 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.413421  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1431  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein  47.02 
 
 
360 aa  281  9e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5183  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  48.46 
 
 
333 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.641373  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0869  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  49.84 
 
 
334 aa  280  2e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6553  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  44.27 
 
 
320 aa  280  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.955062  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3513  NAD(P)H quinone oxidoreductase, PIG3 family  46.69 
 
 
332 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2964  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  46.13 
 
 
337 aa  279  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1640  zinc-binding alcohol dehydrogenase  47.15 
 
 
339 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00037111  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2276  PIG3 family NAD(P)H quinone oxidoreductase  47.15 
 
 
339 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000917722  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2252  alcohol dehydrogenase  47.15 
 
 
339 aa  279  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0476734  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1295  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  46.73 
 
 
360 aa  278  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0519873  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2816  alcohol dehydrogenase  47.19 
 
 
353 aa  278  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.500655  normal  0.149098 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0954  alcohol dehydrogenase  49.51 
 
 
334 aa  278  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000352815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>