28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0071 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0071  hypothetical protein  100 
 
 		 122 aa  227  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00440778 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0634  protein of unknown function DUF423  77.87 
 
 		 122 aa  153  7e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0815  hypothetical protein  66.95 
 
 		 125 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.837156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7328  hypothetical protein  63.11 
 
 		 123 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0681  hypothetical protein  80 
 
 		 122 aa  113  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3072  hypothetical protein  55.08 
 
 		 134 aa  107  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.628352  normal  0.840251 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3445  hypothetical protein  48.28 
 
 		 121 aa  81.6  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.104865  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3701  hypothetical protein  52.14 
 
 		 128 aa  73.9  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3501  hypothetical protein  50 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00610166 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2331  hypothetical protein  41.18 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.145053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2628  protein of unknown function DUF423  46.32 
 
 		 123 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.382663  normal  0.0718783 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2306  protein of unknown function DUF423  47.54 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.454103  normal  0.0930723 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2349  hypothetical protein  47.37 
 
 		 123 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3362  hypothetical protein  43.36 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.389012 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0629  hypothetical protein  46.23 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.198804  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2649  hypothetical protein  44.44 
 
 		 124 aa  57.8  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.831092  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5379  protein of unknown function DUF423  45.16 
 
 		 123 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0634  hypothetical protein  46.23 
 
 		 124 aa  57  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156601  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5083  hypothetical protein  50.7 
 
 		 134 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225516  normal  0.744804 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1612  membrane protein DUF423  32.46 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.221104  normal  0.524793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2013  protein of unknown function DUF423  33.06 
 
 		 125 aa  47.4  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3298  protein of unknown function DUF423  49.02 
 
 		 131 aa  44.7  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00419882 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3262  protein of unknown function DUF423  46.43 
 
 		 123 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.319272 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2499  hypothetical protein  30.08 
 
 		 128 aa  44.3  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.300029  decreased coverage  0.000130725 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3011  protein of unknown function DUF423  52.17 
 
 		 123 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1480  hypothetical protein  42.62 
 
 		 166 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1079  protein of unknown function DUF423  36.94 
 
 		 149 aa  41.6  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.871958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0964  hypothetical protein  36.94 
 
 		 187 aa  42  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>