43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4250 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4250  hypothetical protein  100 
 
 		 168 aa  335  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531589  normal  0.449683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1814  hypothetical protein  60.12 
 
 		 168 aa  209  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3379  hypothetical protein  57.14 
 
 		 190 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3923  hypothetical protein  56.55 
 
 		 168 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.000190971  normal  0.484553 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3681  hypothetical protein  55.36 
 
 		 168 aa  191  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.137304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0517  hypothetical protein  54.17 
 
 		 168 aa  187  5e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6562  hypothetical protein  50.57 
 
 		 176 aa  164  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3420  hypothetical protein  39.85 
 
 		 168 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0574183  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3004  YHS domain-containing protein  32.56 
 
 		 152 aa  85.1  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2489  hypothetical protein  32.92 
 
 		 174 aa  84.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2051  hypothetical protein  32.67 
 
 		 160 aa  82  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0814  hypothetical protein  29.93 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226428  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3825  hypothetical protein  37.5 
 
 		 137 aa  80.5  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4842  hypothetical protein  42.02 
 
 		 159 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.203705  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4039  hypothetical protein  37.93 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.285921  normal  0.0353686 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1871  hypothetical protein  30.54 
 
 		 177 aa  79  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3074  hypothetical protein  30.3 
 
 		 161 aa  78.6  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.479562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3054  YHS domain-containing protein  38.26 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.190417  hitchhiker  0.00884153 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1688  hypothetical protein  46.15 
 
 		 160 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0271736  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1901  YHS  33.63 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0342245  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3840  hypothetical protein  37.93 
 
 		 163 aa  76.3  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000166878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2511  YHS domain protein  34.78 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0278163 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0295  YHS domain-containing protein  33.06 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0661  hypothetical protein  32.54 
 
 		 190 aa  75.1  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.313662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2573  hypothetical protein  40.52 
 
 		 151 aa  74.3  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.243278  hitchhiker  0.000000387567 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1502  YHS domain-containing protein  30.83 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000768373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1716  hypothetical protein  33.64 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000302746 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3397  hypothetical protein  32.73 
 
 		 161 aa  72.4  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.492044  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0591  hypothetical protein  31.2 
 
 		 148 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2799  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  37.69 
 
 		 156 aa  69.7  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1729  YHS  26.39 
 
 		 177 aa  66.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0344  YHS domain-containing protein  32.74 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2766  hypothetical protein  30.17 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.395057  hitchhiker  0.00432931 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2513  hypothetical protein  30.89 
 
 		 158 aa  60.1  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0288069 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0281  YHS domain protein  30.16 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1237  hypothetical protein  28.7 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1237  hypothetical protein  28.7 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2517  YHS domain protein  29.75 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.483229  normal  0.0264071 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1024  hypothetical protein  29.73 
 
 		 181 aa  51.2  0.000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.476818  normal  0.586442 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0413  hypothetical protein  29.9 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.940702  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01845  hypothetical protein  26.02 
 
 		 150 aa  45.1  0.0005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.207418  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2038  Thioredoxin domain protein  29.09 
 
 		 357 aa  44.7  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.571694  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2082  hypothetical protein  33.33 
 
 		 932 aa  43.9  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.602266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>